Najczęstsze skutki uboczne ablacji endometrium to gorączka, skurcze i nudności bezpośrednio po zabiegu. Nierzadko zdarza się również, że kobiety poddawane tej procedurze odczuwają zmęczenie i częste oddawanie moczu przez krótki czas, zwykle tylko kilka dni po zabiegu ablacji. Pacjentkom poucza się, że ciąża po ablacji endometrium jest mało prawdopodobna, chociaż jeśli ona wystąpi, istnieje wysokie ryzyko poronienia. Ablacja endometrium lub macicy jest zwykle wykonywana u kobiet z nieregularnymi cyklami miesiączkowymi, charakteryzującymi się niezwykle dużą utratą krwi podczas cyklu. Operacja jest często wykonywana u pacjentów z chorobami takimi jak endometrioza i jest wykonywana dopiero po niepowodzeniu innych, bardziej zachowawczych metod leczenia.
Zabieg ablacji endometrium ma na celu zniszczenie cienkiej warstwy wyściółki macicy, co często prowadzi do bezpłodności. Po usunięciu tkanki biologicznej cykl menstruacyjny pacjentki zatrzymuje się całkowicie lub jest znacznie zmniejszony pod względem nasilenia i utraty krwi. Dostępnych jest kilka metod ablacji, w tym m.in. zamrażanie warstwy wyściółki, stosowanie ogrzanego płynu oraz chirurgia laserowa.
Większość pacjentów doświadcza typowych skutków ubocznych ablacji endometrium, takich jak ból, skurcze i nudności. W większości przypadków objawy te są krótkotrwałe i często utrzymują się przez około cztery dni. Pacjenci z ablacją często doświadczają gorączki niskiego stopnia, wraz z uczuciem zmęczenia. Wiele kobiet zauważa cienką, wodnistą, krwawą wydzielinę w ciągu kilku godzin i dni po operacji. Podobnie jak inne powszechne skutki uboczne ablacji endometrium, efekty te zwykle nie utrzymują się długo i pacjent szybko wraca do zdrowia.
Kobietom zalecanym do ablacji endometrium na wczesnym etapie procesu zaleca się, że ta procedura najprawdopodobniej spowoduje niepłodność, chociaż ciąża może wystąpić rzadko. W przypadku zajścia w ciążę po ablacji endometrium, większość ciąż ulegnie samoistnemu poronieniu lub poronieniu. Nawet w takich przypadkach fizyczne zagrożenie dla kobiety jest minimalne; jednak większość lekarzy jest zaniepokojona stanem emocjonalnym pacjenta. Z tego powodu niektórzy lekarze sugerują, że pacjentki z ablacją stosują alternatywne formy kontroli urodzeń, aby zapobiec ciąży po wyzdrowieniu po zabiegu.
Podczas gdy większość pacjentów wraca do zdrowia po operacji bez trudności, istnieją dowody na poważniejsze skutki uboczne ablacji endometrium. Pacjentki skarżyły się na ból przypominający miesiączkę, spowodowany skurczami, zmęczeniem i bólem pleców, który pojawia się kilka miesięcy po zabiegu. Inne potencjalne, ale rzadkie ryzyko związane z ablacją endometrium również obejmuje zarówno infekcję po operacji, jak i długotrwałe, obfite krwawienie.