Αν και τόσο η λοραταδίνη όσο και η σετιριζίνη είναι τύποι αντιισταμινικών, το καθένα είναι μια διαφορετική χημική ένωση που αντιμετωπίζει τα συμπτώματα των αλλεργιών με διαφορετικούς τρόπους. Και τα δύο αυτά φάρμακα χορηγούνται για τους ίδιους τύπους αλλεργιών και είναι και τα δύο αποτελεσματικά κατά του φτερνίσματος, του κνησμού της μύτης και των υγρών ματιών και αναποτελεσματικά έναντι συμπτωμάτων όπως κνίδωση και συστηματικές αλλεργικές αντιδράσεις. Παρά τις ομοιότητες στα αποτελέσματα αυτών των φαρμάκων, η χημική τους σύνθεση είναι διαφορετική και ως εκ τούτου έχουν διαφορετικές επιδράσεις στους ασθενείς που τα λαμβάνουν.
Μοριακά, αυτές οι ουσίες είναι δομημένες με διαφορετικούς τρόπους. Η λοραταδίνη αποτελείται από 22 άτομα άνθρακα, 23 άτομα υδρογόνου, δύο άτομα αζώτου, δύο άτομα οξυγόνου και ένα άτομο χλωρίου. Αυτά τα άτομα είναι διατεταγμένα σε ένα μόριο που έχει έναν αριθμό διαφορετικών διακλαδώσεων. Η σετιριζίνη αποτελείται από 21 άτομα άνθρακα, 25 άτομα υδρογόνου, τρία άτομα οξυγόνου, δύο άτομα αζώτου και ένα άτομο χλωρίου που είναι διατεταγμένα σε μια μακριά αλυσίδα και συνδέονται με δύο μόρια υδροχλωριδίου. Αν και τα δομικά στοιχεία είναι παρόμοια, η διάταξη αυτών των μορίων τους επιτρέπει να καταπολεμούν τα συμπτώματα αλλεργίας με διαφορετικούς τρόπους.
Μία από τις κύριες διαφορές μεταξύ της λοραταδίνης και της σετιριζίνης είναι οι τύποι παρενεργειών που μπορεί να εμφανίσουν οι ασθενείς κατά τη λήψη τους. Ενώ η ξηροστομία και η γαστρεντερική δυσφορία παρατηρούνται με τη χρήση και των δύο αυτών φαρμάκων, η λοραταδίνη είναι επίσης γνωστό ότι προκαλεί πονοκεφάλους, πληγές στο στόμα, νευρικότητα και ανησυχία. Η σετιριζίνη, από την άλλη πλευρά, μπορεί να προκαλέσει υπνηλία που μπορεί να είναι σοβαρή σε ορισμένους ασθενείς. Είναι επίσης πιθανό για ασθενείς που λαμβάνουν σετιριζίνη να παρουσιάσουν δυσκολία στην αναπνοή, μια ανεπιθύμητη ενέργεια που δεν παρατηρείται συνήθως σε ασθενείς που λαμβάνουν λοραταδίνη, εκτός εάν ο ασθενής βρίσκεται σε αναφυλαξία.
Μια άλλη διαφορά μεταξύ της λοραταδίνης και της σετιριζίνης είναι ο τρόπος που μπορεί να χορηγηθεί κάθε φάρμακο. Στους ενήλικες χορηγείται συνήθως μια δόση των 10 χιλιοστόγραμμα μία φορά την ημέρα ενός από αυτά τα φάρμακα, ενώ στα παιδιά ηλικίας άνω των δύο ετών χορηγείται συχνά η μισή ποσότητα αυτής της δόσης. Δεν υπάρχει τεκμηριωμένη δόση λοραταδίνης για παιδιά κάτω των δύο ετών, ενώ τα παιδιά ηλικίας μεταξύ έξι μηνών και δύο ετών μπορούν να λάβουν με ασφάλεια 2.5 χιλιοστόγραμμα σετιριζίνης.
Οι μακροπρόθεσμες επιδράσεις των υψηλών δόσεων λοραταδίνης και σετιριζίνης είναι επίσης διαφορετικές. Σε εργαστηριακές δοκιμές, η σετιριζίνη δεν αύξησε τον κίνδυνο καρκίνου ούτε μείωσε τη γονιμότητα, ακόμη και όταν χορηγήθηκε σε δόσεις πολύ μεγαλύτερες από τη συνιστώμενη μέγιστη δόση. Ωστόσο, οι εξαιρετικά υψηλές δόσεις λοραταδίνης οδήγησαν σε αυξημένο κίνδυνο καρκίνου, καθώς και σε μείωση της ανδρικής γονιμότητας.