Η διαφορά μεταξύ θάλασσας και λίμνης καταλήγει σε μεγάλο βαθμό στη μονιμότητα. Μια θάλασσα είναι ένα πιο μόνιμο χαρακτηριστικό, ενώ μια λίμνη είναι σχετικά προσωρινή. Αυτό το χρονικό πλαίσιο είναι σχετικό και πρέπει να εξεταστεί σε κλίμακα εκατομμυρίων ετών.
Σε μια γεωλογική κλίμακα που περιλαμβάνει και μετρά άλλα μαζικά, αργά γεγονότα όπως οι εποχές των παγετώνων και οι μετατοπίσεις πλάκας, μια λίμνη είναι ένα προσωρινό χαρακτηριστικό. Ο σχηματισμός μιας λίμνης μπορεί να συμβεί με διάφορους τρόπους, από τις κινήσεις ενός παγετώνα έως την εσωτερική κατάρρευση ενός ηφαιστείου. Με την πάροδο του χρόνου, η εσοχή στην επιφάνεια της Γης γεμίζει νερό, η ζωή αποκτά κατοικία και χτίζεται ένα ολόκληρο οικοσύστημα. Τελικά η λίμνη θα αποστραγγιστεί, θα αποκοπεί από τις πηγές του ποταμού ή θα στεγνώσει. Ο κύκλος ζωής μιας λίμνης είναι καλά καθορισμένος, και με τη σειρά του είναι αυτό που χωρίζει μια θάλασσα από μια λίμνη.
Μια θάλασσα, από την άλλη πλευρά, είναι ένα πιο μόνιμο υδάτινο σώμα που συνδέεται γενικά με το μόνο μεγαλύτερο νερό: έναν ωκεανό. Η ακτογραμμή μιας θάλασσας μπορεί να αλλάξει, αλλά το σώμα του νερού παραμένει. Καθώς μια θάλασσα συνδέεται με τους ωκεανούς, που είναι αλμυρό νερό, οι περισσότερες θάλασσες είναι επίσης αλμυρό νερό. Ωστόσο, αυτό δεν αποτελεί διακριτικό γνώρισμα μεταξύ θάλασσας και λίμνης, καθώς οι λίμνες είναι πιο συχνά γλυκά νερά, αλλά μπορεί να είναι αλμυρές ανάλογα με την πηγή τους και το περιβάλλον τους. Γεωλογικά στοιχεία δείχνουν ότι η κατάσταση γλυκού νερού ή αλμυρού νερού μιας λίμνης υπόκειται σε αλλαγές, όπως στη Μαύρη Θάλασσα.
Η διαφορά μεταξύ θάλασσας και λίμνης δεν ήταν πάντα τόσο ξεκάθαρη, και κατά συνέπεια πολλοί έχουν ονομαστεί λανθασμένα. Στην πραγματικότητα, η μεγαλύτερη λίμνη στον κόσμο χαρακτηρίζεται ως θάλασσα με το όνομά της. Η Κασπία Θάλασσα, η οποία βρίσκεται βόρεια του Ιράν και ανατολικά της Τουρκίας, είναι ένα θαλάσσιο υδάτινο τμήμα που θεωρείται προσωρινό, διότι δεν αδειάζει σε έναν ωκεανό, ούτε τρέφεται από ένα. Όπως πολλές λίμνες, η Κασπία Θάλασσα είναι απίστευτα ευαίσθητη στη ρύπανση και την προσθήκη διεισδυτικών ειδών. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η διάκριση μεταξύ θάλασσας και λίμνης αποκρύφθηκε περαιτέρω με τη μετάφραση. δεν μεταφράζονται καλά όλα τα ονόματα ή οι λέξεις από τη μια γλώσσα στην άλλη, και κατά συνέπεια τα υδάτινα σώματα συχνά παραγράφονται λανθασμένα.
Ο πυθμένας της κοίτης μιας λίμνης δείχνει τυπικά ένα ιστορικό σχηματισμού και ανάπτυξης της σε στρώματα ιζήματος. Τα κρεβάτια της λίμνης που έχουν στεγνώσει αφήνουν πίσω τους ίχνη από φυτά και ζώα που τα κατοικούσαν, ρύπανση, μέταλλα και επίπεδα οργανικής ύλης που αντανακλούν τη λεπτή ισορροπία που υπήρχε κατά τη διάρκεια της ζωής τους. Ενώ η ακτογραμμή μιας θάλασσας μπορεί να αλλάξει, ο πυθμένας της θάλασσας είναι γενικά πάντα κρυμμένος.