Η μινοκυκλίνη και η δοξυκυκλίνη είναι και οι δύο ευρέως φάσματος, μακράς δράσης, ημι-συνθετικά αντιβιοτικά στην οικογένεια των τετρακυκλινών. Και τα δύο είναι βακτηριοστατικά, καθώς εμποδίζουν την αναπαραγωγή των βακτηρίων παρεμβαίνοντας στη σύνθεση πρωτεϊνών. Χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία παρόμοιων καταστάσεων, συμπεριλαμβανομένων βακτηριακών και πρωτόζωων λοιμώξεων. Υπάρχουν πολλές διαφορές, ωστόσο, μεταξύ αυτών των δύο φαρμάκων. Έχουν κάποιες διαφορετικές ειδικότητες, φάσμα δράσης, παρενέργειες και θέματα ασφάλειας.
Η δοξυκυκλίνη χρησιμοποιείται επίσης ως αντιελμινθικό ή κατά των σκουληκιών φάρμακο εκτός από τις χρήσεις της για βακτηριακές και πρωτόζωες λοιμώξεις. Είναι ένα πιο βιοδραστικό φάρμακο από τα άλλα αντιβιοτικά τετρακυκλίνης, συμπεριλαμβανομένης της μινοκυκλίνης. Αντίθετα, η μινοκυκλίνη είναι φάρμακο ευρύτερου φάσματος από τη δοξυκυκλίνη και χρησιμοποιείται κατά μιας ευρύτερης ποικιλίας βακτηρίων. Η μινοκυκλίνη χρησιμοποιείται επίσης για τη θεραπεία της ρευματοειδούς αρθρίτιδας και συνιστάται για αυτόν τον ρόλο από το Αμερικανικό Κολλέγιο Ρευματολογίας.
Άλλες διαφορές μεταξύ της μινοκυκλίνης και της δοξυκυκλίνης περιλαμβάνουν τη διαλυτότητά τους και άλλα χημικά χαρακτηριστικά. Η μινοκυκλίνη είναι πιο διαλυτή στα λίπη ενώ η δοξυκυκλίνη διαλύεται πιο εύκολα στο νερό. Για το λόγο αυτό, η μινοκυκλίνη διαπερνά τον αιματοεγκεφαλικό φραγμό πιο εύκολα από τη δοξυκυκλίνη και προκαλεί περισσότερες παρενέργειες του κεντρικού νευρικού συστήματος (ΚΝΣ). Η δοξυκυκλίνη, καθώς είναι πιο διαλυτή στο νερό, είναι η καλύτερη επιλογή για λοιμώξεις του ουροποιητικού συστήματος καθώς οι ενεργοί μεταβολίτες της διαλύονται και απεκκρίνονται μέσω των ούρων. Αυτό το φάρμακο δεν πρέπει να λαμβάνεται με συμπληρώματα ασβεστίου ή τροφές πλούσιες σε ασβέστιο που εμποδίζουν την απορρόφηση, ενώ δεν υπάρχει τέτοιος περιορισμός με τη μινοκυκλίνη.
Ορισμένες ανεπιθύμητες ενέργειες διαφέρουν μεταξύ αυτών των φαρμάκων επίσης. Η μεγαλύτερη διαλυτότητα της μινοκυκλίνης στα λιπίδια προκαλεί συχνότερες παρενέργειες του κεντρικού νευρικού συστήματος, όπως ζάλη και λήθαργο. Μια γνωστή αλλά σπάνια παρενέργεια αυτού του φαρμάκου είναι η δευτεροπαθής ενδοκρανιακή υπέρταση, μια σοβαρή πάθηση που αρχικά υποδηλώνεται από πονοκεφάλους, αποπροσανατολισμό και ζάλη. Έχει επίσης συνδεθεί με την ανάπτυξη ή έξαρση του συστηματικού λύκου και του καρκίνου του θυρεοειδούς. Η σχέση μεταξύ αυτών των δύο καταστάσεων και της μινοκυκλίνης δεν έχει τεκμηριωθεί ως αιτιολογική, αλλά οι ειδικοί προειδοποιούν την προσεκτική αξιολόγηση κατά τη λήψη αυτού του φαρμάκου.
Όπως συμβαίνει με όλα τα αντιβιοτικά τετρακυκλίνης, η μινοκυκλίνη και η δοξυκυκλίνη μπορούν να προκαλέσουν αυξημένη φωτοευαισθησία —ή ηλιακό έγκαυμα— με την ονομαστική έκθεση στον ήλιο. Σε αντίθεση με τα άλλα αντιβιοτικά τετρακυκλίνης που μερικές φορές μπορεί να προκαλέσουν σημαντική νεφρική βλάβη, ωστόσο, μπορεί συνήθως να χρησιμοποιηθεί με ασφάλεια σε ασθενείς με μειωμένη νεφρική λειτουργία. Όλα τα φάρμακα της οικογένειας των αντιβιοτικών των τετρακυκλινών δεν πρέπει ποτέ να λαμβάνονται ή να χορηγούνται μετά την ημερομηνία λήξης των φαρμάκων. Τα συστατικά που χρησιμοποιούνται για την παρασκευή αυτών των φαρμάκων διασπώνται με την πάροδο του χρόνου για να σχηματίσουν τοξίνες που είναι ιδιαίτερα επικίνδυνες για τα νεφρά.