Όταν ένα άτομο τρώει φαγητό, το σώμα πρέπει να το μετατρέψει σε μοριακές αλυσίδες που μπορούν να μετατραπούν σε ενέργεια και ωμά θρεπτικά συστατικά. Το ανθρώπινο πεπτικό σύστημα ελέγχει την κατανομή των θρεπτικών συστατικών και της ενέργειας στο σώμα υποβάλλοντας το φαγητό σε χημικές αντιδράσεις καθώς ταξιδεύει μέσω του πεπτικού σωλήνα. Η δομή του πεπτικού συστήματος, γνωστή και ως πεπτικό κανάλι, επιτρέπει στα διάφορα όργανα να διασπαστούν διαδοχικά και να επεξεργαστούν την τροφή. Εκτός από το στόμα και τον οισοφάγο, υπάρχουν τρία κύρια όργανα στο πεπτικό σύστημα, καθώς και πολλά μικρότερα όργανα. Η διαδικασία της πέψης ξεκινά από το στόμα, με το σάλιο να υγραίνεται και να διασπάται η τροφή σε εύχρηστα κομμάτια.
Το στομάχι είναι το πρώτο μέρος της δομής του πεπτικού συστήματος, που αποτελείται από έναν μυϊκό κοίλο σάκο που βρίσκεται ακριβώς κάτω από το διάφραγμα και το στήθος. Διαχωρίζεται από τον οισοφάγο και το λεπτό έντερο με τον οισοφαγικό σφιγκτήρα και τον πυλωρικό σφιγκτήρα αντίστοιχα. Η δομή του πεπτικού συστήματος απαιτεί τη διάσπαση της τροφής πριν περάσει στο υπόλοιπο πεπτικό σύστημα. ένα φιλμ βλέννας καλύπτει την επένδυση του στομάχου για να προστατεύσει τα τοιχώματα του στομάχου από το υδροχλωρικό οξύ που διασπά το φαγητό. Τα τρόφιμα παραμένουν στο στομάχι μέχρι να υποστούν φυσική πέψη για να καταστούν πιο κατάλληλα για εξαγωγή θρεπτικών συστατικών στο λεπτό έντερο.
Αφού διασπαστεί το φαγητό στο στομάχι, περνά στο λεπτό έντερο αμέσως παρακάτω στη δομή του πεπτικού συστήματος. το λεπτό έντερο έχει μήκος 20 πόδια (περίπου έξι μέτρα) κατά μέσο όρο για ενήλικες. Το λεπτό έντερο κάνει το μεγαλύτερο μέρος της χημικής πέψης μέσω ενζύμων που εκκρίνονται από το πάγκρεας. Οι πρωτεΐνες διασπώνται σε αμινοξέα, τα λίπη διασπώνται σε γλυκερίνη και οι υδατάνθρακες διασπώνται σε γλυκόζη και άλλα σάκχαρα. Το εσωτερικό τοίχωμα του λεπτού εντέρου περιέχει πτυχώσεις ιστού που μοιάζουν με δάχτυλα που ονομάζονται λάχνες, οι οποίες πιάνουν μόρια τροφής και τα περνούν στα εξωτερικά τριχοειδή αγγεία και στη συνέχεια στα μεγαλύτερα αιμοφόρα αγγεία.
Το λεπτό έντερο συνδέεται με το παχύ έντερο. Το παχύ έντερο είναι το τελευταίο κύριο μέρος της δομής του πεπτικού συστήματος και είναι υπεύθυνο για την απορρόφηση της περίσσειας νερού, τη μετατροπή των στερεών αποβλήτων σε κόπρανα και την αποβολή του. Τα βακτήρια που κατοικούν στο λεπτό έντερο, γνωστά ως χλωρίδα του εντέρου, απορροφούν το στερεό υλικό που απομένει μετά την εξαγωγή όλων των θρεπτικών συστατικών και της ενέργειας από τα τρόφιμα και τα ποτά. Κατά κανόνα, τα στερεά απόβλητα χρειάζονται μια μέρα για να ταξιδέψουν μέσω του παχέος εντέρου.