Τα οιστρογόνα είναι η ορμόνη που κυριαρχεί στο πρώτο μέρος του εμμηνορροϊκού κύκλου στις γυναίκες, ενώ η προγεστερόνη τείνει να κυριαρχεί στο δεύτερο μέρος, αμέσως μετά την ωορρηξία. Και οι δύο ορμόνες πρέπει να διατηρούνται σε ισορροπία για να μπορέσουμε να συλλάβουμε, γι’ αυτό και υπάρχει αρνητική επίδραση του πολύ λίγου ή υπερβολικού οιστρογόνου στη γονιμότητα. Η ύπαρξη πολύ λίγης αυτής της ορμόνης μπορεί να προκαλέσει την υπερβολική λεπτή επένδυση της μήτρας για να πραγματοποιήσει μια εγκυμοσύνη και μπορεί ακόμη και να σταματήσει την ωορρηξία εντελώς. Η υπερβολική ποσότητα οιστρογόνων μπορεί να προκαλέσει πτώση της λίμπιντο και μπορεί ακόμη και να οδηγήσει σε αναπαραγωγικά προβλήματα όπως PCOS ή ενδομητρίωση. Οι επιδράσεις των οιστρογόνων στη γονιμότητα μπορούν επίσης να παρατηρηθούν στους άνδρες, καθώς ορισμένοι εμφανίζουν υπερβολική ποσότητα αυτής της ορμόνης.
Το πρώτο μισό του εμμηνορροϊκού κύκλου ελέγχεται από τα οιστρογόνα, τα οποία επιτρέπουν στο σώμα να έχει ωορρηξία προς τη μέση του κύκλου. Εάν δεν υπάρχουν επαρκή οιστρογόνα, το σώμα πιθανότατα δεν θα έχει ωορρηξία ή δεν θα απελευθερώσει ωάρια. Μια γυναίκα συνήθως μπορεί να πει ότι δεν έχει τακτική ωορρηξία όταν δεν παρατηρεί πολλή αυχενική βλέννα σε όλο τον κύκλο της, και επίσης σταματάει να έχει περίοδο κάθε μήνα, γεγονός που καθιστά σαφές ότι υπάρχει αρνητική επίδραση των ανεπαρκών οιστρογόνων στη γονιμότητα. Επιπλέον, μπορεί να έχει εξάψεις, νυχτερινές εφιδρώσεις και πονοκεφάλους. Τα χαμηλά επίπεδα οιστρογόνων συνήθως προκαλούνται από το ότι είναι πολύ λεπτό, η υπερβολική άσκηση ή η ύπαρξη μιας υποκείμενης ιατρικής πάθησης που δεν επιτρέπει την απελευθέρωση ωαρίων.
Ενώ υπάρχει μια προφανής επίδραση των πολύ λιγοστών οιστρογόνων στη γονιμότητα, είναι επίσης γνωστό ότι η υπερβολική ποσότητα οιστρογόνων μπορεί επίσης να βλάψει τη γονιμότητα. Περίπου στα μισά του κύκλου, αμέσως μετά την ωορρηξία, η ορμόνη προγεστερόνη θα πρέπει να αναλάβει και ο κύκλος είτε θα τελειώσει στην εγκυμοσύνη είτε στη διάσπαση του βλεννογόνου της μήτρας μέσω της εμμήνου ρύσεως. Η υπερβολική ποσότητα οιστρογόνων μπορεί να οδηγήσει σε πολύ λίγη προγεστερόνη και μπορεί επίσης να προκαλέσει ιατρικά προβλήματα που δεν ευνοούν την τακτική ωορρηξία, όπως η ενδομητρίωση, το PCOS, τα ινομυώματα της μήτρας και ο καρκίνος της μήτρας. Επιπλέον, η κυριαρχία των οιστρογόνων μπορεί να μειώσει σημαντικά τη λίμπιντο, οδηγώντας συνήθως σε λιγότερες σεξουαλικές επαφές και λιγότερες πιθανότητες σύλληψης. Τα υπερβολικά οιστρογόνα συνήθως προκαλούνται από το υπερβολικό βάρος, την κακή διατροφή και το υπερβολικό άγχος.
Οι άνδρες έχουν μια μικρή ποσότητα οιστρογόνων στο σώμα τους, που συχνά εξισορροπείται από πολλή τεστοστερόνη. Μερικοί άνδρες παράγουν υπερβολική ποσότητα αυτής της ορμόνης ή τη λαμβάνουν τεχνητά για να λύσουν ορισμένα ιατρικά ζητήματα. Δυστυχώς, υπάρχει αρνητική επίδραση των οιστρογόνων στη γονιμότητα στους άνδρες, όπως χαμηλή λίμπιντο και χαμηλός αριθμός σπερματοζωαρίων. Επομένως, είναι σημαντικό να διορθωθεί αυτό το πρόβλημα για να γίνει πιθανή η σύλληψη.