Υπάρχουν πολλές επιλογές για την αφαίρεση των κονδυλωμάτων. Ορισμένες είναι ως επί το πλείστον κερδοσκοπικές τακτικές, ενώ άλλες αποδεικνύονται ότι λειτουργούν. Μέθοδοι που κυμαίνονται από την κρυοχειρουργική έως την εφαρμογή κολλητικής ταινίας είναι γνωστές για την αφαίρεση των κονδυλωμάτων, αλλά η καλύτερη μέθοδος αφαίρεσης των κονδυλωμάτων θα εξαρτηθεί τελικά από το μέγεθος και τη θέση του κονδυλώματος και από την επαγρύπνηση για την παρακολούθηση της θεραπείας. Μια κοινή θεραπεία αφαίρεσης κονδυλωμάτων περιλαμβάνει την εφαρμογή σαλικυλικού οξέος στο κονδυλωμάτων, αλλά αυτό πρέπει να γίνεται τακτικά για αρκετές ημέρες.
Ίσως η πιο κοινή αλλά και μια από τις πιο επώδυνες μεθόδους αφαίρεσης των κονδυλωμάτων είναι η κρυοχειρουργική, η οποία περιλαμβάνει την κατάψυξη του κονδυλώματος και του δέρματος γύρω από αυτό. Αυτό δημιουργεί μια φουσκάλα κάτω από το κονδυλωμάτων, η οποία με τη σειρά της θα αποτρέψει την ανάπτυξη του κονδυλώματος. Μπορεί να χρειαστούν περισσότερες από μία θεραπείες κρυοχειρουργικής και ένας γιατρός μπορεί να κόψει το δέρμα που περιβάλλει το κονδυλωμάτων ως μέρος της διαδικασίας, πράγμα που σημαίνει ότι η διαδικασία επούλωσης μπορεί να είναι παρατεταμένη και ήπια έως μέτρια επώδυνη. Είναι γενικά αρκετά αποτελεσματικό, ωστόσο, και η υποτροπή του κονδυλώματος είναι λιγότερο πιθανή όταν ο ασθενής υποβάλλεται σε κρυοχειρουργική επέμβαση.
Η χειρουργική επέμβαση με λέιζερ είναι μια άλλη γρήγορη επιλογή που θα φροντίσει για την γρήγορη αφαίρεση των κονδυλωμάτων, αν και μπορεί επίσης να είναι επώδυνη και πολύ δαπανηρή. Είναι μια από τις πιο ακριβές θεραπευτικές επιλογές και, όπως η κρυοχειρουργική, μπορεί να αφήσει ουλές. Ο χρόνος αποθεραπείας θα ποικίλλει ανάλογα με το πόσα κονδυλώματα αφαιρέθηκαν και πού εντοπίστηκαν.
Τοπικά διαλύματα όπως το σαλικυλικό οξύ είναι αρκετά αποτελεσματικά στην αφαίρεση των κονδυλωμάτων, αν και η διαδικασία μπορεί να διαρκέσει αρκετές ημέρες ή και εβδομάδες. Το άτομο με το κονδυλωμάτων θα πρέπει να εφαρμόζει το διάλυμα στο κονδυλωμάτων σε τακτά χρονικά διαστήματα και να καταβάλλει προσπάθεια να διατηρεί την περιοχή γύρω από το κονδυλωμάτων καθαρή και στεγνή. Το κονδυλωμάτων θα πρέπει να σκοτωθεί μετά από πολλές εφαρμογές, αλλά ακόμα και όταν το κονδυλωμάτων δεν είναι πλέον ορατό, η θεραπεία μπορεί να χρειαστεί να συνεχιστεί. Αυτή η αποτελεσματική λύση απαιτεί υπομονή και επιμέλεια, και κάποιος που αναζητά μια γρήγορη λύση μπορεί να θέλει να εξετάσει άλλες επιλογές. Τα φάρμακα χωρίς ιατρική συνταγή μπορούν να εφαρμοστούν με τον ίδιο τρόπο, αλλά τείνουν να διαρκούν περισσότερο από τα φάρμακα που συνταγογραφούνται από τον γιατρό και περιέχουν σαλικυλικό οξύ.
Μερικοί άνθρωποι επιλέγουν να δοκιμάσουν τη μέθοδο αφαίρεσης κονδυλωμάτων με κολλητική ταινία, η οποία ουσιαστικά περιλαμβάνει την κάλυψη του κονδυλώματος με κολλητική ταινία για αρκετές ημέρες κάθε φορά, την αφαίρεση της ταινίας και την αντικατάστασή της όταν αρχίσει να ξεκολλάει. Αυτό θα αφαιρέσει το νεκρό δέρμα, αφαιρώντας έτσι μεγάλο μέρος του ιού που προκαλεί το κονδυλωμάτων, αν και τα αποτελέσματα της αφαίρεσης της κολλητικής ταινίας μπορούν να αναμειχθούν.