Η σχέση μεταξύ μούχλας και μύκητα είναι ότι η μούχλα είναι στην πραγματικότητα ένας τύπος μύκητα. Στην ταξινόμηση, έναν επιστημονικό τρόπο ταξινόμησης και κατάταξης της ζωής, ο μύκητας είναι ένα από τα τρία βασίλεια, μαζί με το φυτικό και το ζωικό βασίλειο. Η μούχλα και ο μύκητας έχουν κοινές και επιστημονικές χροιές, αν και ο όρος «μύκητας» είναι πιο επιστημονικός και ακριβής από τη μούχλα.
Η μούχλα είναι η κοινή ονομασία για ένα σύνολο οργανισμών που ανήκουν σε διαφορετικές φυλές, μια άλλη ταξινομική διαίρεση, μέσα στο βασίλειο των μυκήτων. Οι μύκητες είναι ευκαρυώτες, που χαρακτηρίζονται από πυρήνα κύτταρα και κυτταρικές δομές δεσμευμένες στη μεμβράνη, σε αντίθεση με τα προκαρυωτικά, τα οποία δεν έχουν πυρήνες ή κυτταρικές δομές συνδεδεμένες με τη μεμβράνη. Είναι επίσης ετερότροφα, που σημαίνει ότι δεν μπορούν να παράγουν τη δική τους ενέργεια, όπως τα φυτά, και πρέπει να ζουν από την οργανική ύλη στον βιότοπό τους. Οι φυλές μυκήτων περιλαμβάνουν τα Chytridiomycota, Ascomycota, Blastocladiomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Neocalllimastigomycota και Basidiomycota.
Είναι δύσκολο να γίνει μια ακριβής διαφοροποίηση μεταξύ μούχλας και μύκητα άλλων ειδών, καθώς η μούχλα ανήκει σε πολλές διαφορετικές φυλές και μοιράζεται αυτές τις φυλές με άλλους τύπους μυκήτων. Δεν ταιριάζει απόλυτα σε καμία κατηγορία. Σε γενικές γραμμές, η μούχλα είναι ένας τύπος μυκηλίου που παράγει κυρίως άφυλα σπόρια που ονομάζονται κονίδια, αλλά μερικές φορές περιλαμβάνει και σεξουαλικά σπόρια. Αυτό έρχεται σε αντίθεση με τα μανιτάρια, ένα σεξουαλικό καρποφόρο σώμα μυκηλίου. Το μυκήλιο είναι ένας τύπος μύκητα που αναπτύσσεται με τη μορφή πολυκύτταρων, διακλαδιζόμενων νημάτων που ονομάζονται υφές. Αυτό είναι σε αντίθεση με τις ζύμες, οι οποίες αναπτύσσονται με μονοκύτταρο τρόπο.
Η μούχλα δεν είναι ορατή με γυμνό μάτι μέχρι να σχηματίσει μια αποικία, όπως μπορεί να δει κανείς να μεγαλώνει στον τοίχο ή στο ψωμί. Συχνά, η μούχλα έχει έντονο χρώμα, συμβάλλοντας συχνά στη διαφοροποίηση της μούχλας και των άλλων ειδών μύκητες. Η μούχλα ανήκει τυπικά στα άφυλα μέλη των Basidiomycota και Ascomycota phyla.
Η μούχλα και άλλοι μύκητες μπορούν να προκαλέσουν αρνητικές επιπτώσεις στην υγεία, συμπεριλαμβανομένων αλλεργικών αντιδράσεων, λοιμώξεων και έκθεσης σε μυκοτοξίνες. Οι μυκοτοξίνες είναι χημικές ουσίες που παράγονται από ορισμένους τύπους καλουπιών με στόχο την πρόληψη της ανάπτυξης ανταγωνιστικών μικροοργανισμών. Αυτές οι χημικές ουσίες μπορούν να βλάψουν το ανοσοποιητικό σύστημα και τους πνεύμονες και να κάνουν το σώμα πιο ευαίσθητο σε βακτηριακές λοιμώξεις. Το chartarum του Stachybotry, που συχνά ονομάζεται μαύρη μούχλα, είναι ένα αρκετά κοινό παράδειγμα αυτών των τοξικών καλουπιών και είναι πολύ πιθανό να προκαλέσει προβλήματα υγείας σε υγρούς κλειστούς χώρους, όπως πλημμυρισμένα σπίτια.
Οι άνθρωποι έχουν επίσης χρησιμοποιήσει άλλα είδη μούχλας, ζύμες και μανιτάρια προς όφελός τους, στη διόγκωση του ψωμιού, των βρώσιμων μανιταριών, στην παραγωγή αλκοόλ, στην παρασκευή ναρκωτικών και στην καλλιέργεια τυριών. Η μούχλα Penicillium είναι ίσως ο πιο διάσημος από αυτούς τους «καλούς» μύκητες. Το πενικίλιο έχει χρησιμοποιηθεί στην παραγωγή τυριών για πολλά χρόνια και, το 1928, ανακαλύφθηκε ότι το βακτήριο θα μπορούσε επίσης να χρησιμοποιηθεί για την παρασκευή αντιβιοτικών. Ο Alexander Fleming, ένας Σκωτσέζος επιστήμονας στο νοσοκομείο St. Mary στο Λονδίνο, άφησε κατά λάθος ανοιχτό ένα τρυβλίο Petri που περιείχε βακτήρια Staphylococcus, επιτρέποντάς του να μολυνθεί με μια μούχλα που αργότερα αναγνωρίστηκε ως Penicillium notatum. Ο Φλέμινγκ παρατήρησε ότι η μούχλα καταπολεμούσε τα βακτήρια, οδηγώντας στην ανάπτυξη του ιδιαίτερα συνταγογραφούμενου αντιβιοτικού, της πενικιλίνης.