Το στέλεχος του εγκεφάλου και η παρεγκεφαλίδα έχουν ατομικούς ρόλους στις γνωστικές λειτουργίες και στον κινητικό έλεγχο. Παρόμοια με τα άλλα μέρη του εγκεφάλου, και το σώμα στο σύνολό του, το στέλεχος του εγκεφάλου και η παρεγκεφαλίδα έχουν ξεχωριστούς σκοπούς. Όταν συνδυάζονται οι σκοποί τους, γίνεται φανερό πόσο το στέλεχος του εγκεφάλου και η παρεγκεφαλίδα εξαρτώνται το ένα από το άλλο, και αντίστροφα, στη συνολική λειτουργία του εγκεφάλου. Η δραστηριότητα μπορεί να ξεκινήσει σε έναν τομέα ή μπορεί να είναι ταυτόχρονη.
Βρίσκεται στο πίσω μέρος του κεφαλιού και του εγκεφάλου, το εγκεφαλικό στέλεχος είναι ένα τμήμα στην κορυφή του νωτιαίου μυελού. Η κύρια ευθύνη του είναι να παρέχει αισθητηριακό και κινητικό έλεγχο στο λαιμό και το πρόσωπο. Το στέλεχος του εγκεφάλου στεγάζει όλες τις νευρικές συνδέσεις που τρέχουν από τον εγκέφαλο στο υπόλοιπο σώμα. Ελέγχει το κεντρικό νευρικό σύστημα, τις καρδιακές λειτουργίες και την αναπνοή. Επιπλέον, το εγκεφαλικό στέλεχος παίζει επίσης καθοριστικό ρόλο στη διατήρηση του κύκλου ύπνου-αφύπνισης.
Αντίθετα, η παρεγκεφαλίδα βρίσκεται στην κάτω περιοχή του εγκεφάλου, εκτεινόμενη κάτω από τα δύο ημισφαίρια, με ένα τμήμα του εγκεφαλικού στελέχους να κάθεται μπροστά. Η παρεγκεφαλίδα ρυθμίζει επίσης τον κινητικό έλεγχο, ο οποίος συνδέει το στέλεχος του εγκεφάλου και την παρεγκεφαλίδα μαζί με έναν τρόπο. Οι γνωστικές λειτουργίες, όπως η γλώσσα, ρυθμίζονται από την παρεγκεφαλίδα. Παίζει επίσης ρόλο σε μερικές αποκρίσεις συναισθημάτων. Αν και το εγκεφαλικό στέλεχος έχει τον πρωταρχικό έλεγχο της έναρξης της κίνησης. Η παρεγκεφαλίδα βοηθά τις κινήσεις βοηθώντας στη ρύθμιση του χρόνου και του συντονισμού.
Το στέλεχος του εγκεφάλου και η παρεγκεφαλίδα μπορεί να είναι υπεύθυνα για τη ρύθμιση διαφορετικών λειτουργιών, αλλά συνεργάζονται επίσης. Εάν προκύψει βλάβη στην παρεγκεφαλίδα, είναι απίθανο να προκληθεί παράλυση επειδή ο κύριος κινητικός έλεγχος χειρίζεται το εγκεφαλικό στέλεχος. Ωστόσο, η βλάβη στο εγκεφαλικό στέλεχος μπορεί να οδηγήσει σε παράλυση, αλλά μπορεί επίσης να προκαλέσει ανεπάρκεια σε άλλες λειτουργίες. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η παρεγκεφαλίδα μπορεί να αντισταθμίσει μικρούς τραυματισμούς ή βλάβες στο στέλεχος του εγκεφάλου, αλλά μόνο εάν δεν εμποδίζεται ο σημαντικός έλεγχος. Από μόνη της, η παρεγκεφαλίδα δεν έχει την ικανότητα να λειτουργεί όπως το εγκεφαλικό στέλεχος.
Όταν το εγκεφαλικό στέλεχος και η παρεγκεφαλίδα λειτουργούν κανονικά, εξαρτώνται το ένα από το άλλο. Το στέλεχος του εγκεφάλου παίζει τον πιο σημαντικό ρόλο στις λειτουργίες που εκτελούν και τα δύο όργανα. Η παρεγκεφαλίδα λειτουργεί ως δομική υποστήριξη βοηθώντας στις ίδιες λειτουργίες με το στέλεχος του εγκεφάλου, αλλά όχι με την ίδια σχεδόν ικανότητα. Εάν υπάρχει πρόβλημα με οποιοδήποτε από τα όργανα, είναι πιθανό να επηρεαστεί ο έλεγχος κινητήρα.