Παρά την επιθυμία και τις καλοπροαίρετες προσπάθειες πολλών βιολογικών κηπουρών, έρχεται μια στιγμή που πρέπει να χρησιμοποιηθούν εντομοκτόνα για την εξάλειψη των ζωυφίων που προσβάλλουν και καταστρέφουν τις καλλιέργειες κήπου. Πολλοί προτιμούν να χρησιμοποιούν ένα φυσικό εντομοκτόνο παρά ένα συνθετικά παραγόμενο χημικό εντομοκτόνο. Η ροτενόνη και το πύρεθρο είναι και τα δύο πολύ γνωστά και ευρέως χρησιμοποιούμενα φυσικά εντομοκτόνα που προέρχονται από φυτά. Άλλα φυσικά εντομοκτόνα περιλαμβάνουν τη νικοτίνη, το έλαιο neem και το σαπούνι.
Η ροτενόνη και το πύρεθρο χρησιμοποιούνται συνήθως ως φυσικά εντομοκτόνα. Η ροτενόνη προέρχεται από τη ρίζα τροπικών και υποτροπικών φυτών του γένους Derris. Η ροτενόνη δρα ως φυσικό εντομοκτόνο ευρέος φάσματος που δηλητηριάζει τόσο κατά την επαφή όσο και με την κατάποση. Η ροτενόνη χρησιμοποιείται συνήθως ως σκόνη ή ψεκασμός και ενώ δεν είναι τοξική για τα φυτά, είναι ιδιαίτερα τοξική για τα ψάρια και μέτρια τοξική για τα θερμόαιμα θηλαστικά.
Το Pyrethrum προέρχεται από το Δαλματικό χρυσάνθεμο και χρησιμοποιείται σε μορφή σκόνης ή υγρού εναιωρήματος. Σε μεγάλες συγκεντρώσεις, δρα ως φυσικό εντομοκτόνο προσβάλλοντας το κεντρικό νευρικό σύστημα ενός εντόμου. Το πύρεθρο σε μικρές συγκεντρώσεις μπορεί να μην είναι τοξικό για τα έντομα, αλλά διατηρεί την ικανότητα να απωθεί τα έντομα. Το πύρεθρο είναι τοξικό για τα ψάρια, αλλά λιγότερο τοξικό για τα θηλαστικά από τα συνθετικά φυτοφάρμακα. Είναι βιοδιασπώμενο και διασπάται εύκολα με την έκθεση στο φως.
Ορισμένοι βιολογικοί κηπουροί συνιστούν τη χρήση σαπουνιού, το οποίο χρησιμοποιείται ως φυσικό εντομοκτόνο εδώ και εκατοντάδες χρόνια. Η αραίωση υγρού απορρυπαντικού πιάτων, όπως το Ivory, με νερό σε διάλυμα 1-2% που μπορεί να ψεκαστεί για να καλύψει τα φυτά έχει βρεθεί αποτελεσματικό στον έλεγχο των εντόμων. Ωστόσο, να είστε προσεκτικοί, καθώς η επαναλαμβανόμενη και ενδελεχής κάλυψη με υψηλές συγκεντρώσεις σαπουνιού μπορεί να προκαλέσει βλάβη σε ορισμένα είδη φυτών. Το σαπούνι ως φυσικό εντομοκτόνο μπορεί να είναι πολύ λιγότερο τοξικό για τους ανθρώπους και τα ζώα από άλλες εναλλακτικές λύσεις, αλλά μπορεί επίσης να είναι πολύ λιγότερο αποτελεσματικό, ειδικά όταν αντιμετωπίζεται μια προσβολή.
Ενώ η νικοτίνη, το neem και άλλα βοτανικά εντομοκτόνα που δεν αναφέρονται εδώ έχουν βρεθεί ότι είναι αποτελεσματικά με ελάχιστη έως μέτρια επιτυχία, κάθε είδους φυσικό εντομοκτόνο θα πρέπει να χρησιμοποιείται όσο το δυνατόν λιγότερο. Ακριβώς επειδή χρησιμοποιείτε ένα φυσικό εντομοκτόνο και όχι ένα συνθετικό δεν σημαίνει ότι είναι λιγότερο επιβλαβές για τα ζώα ή τους ανθρώπους. Η εφαρμογή οποιουδήποτε τύπου φυσικού εντομοκτόνου πρέπει να γίνεται με ασφάλεια και μόνο στη συχνότητα που απαιτείται για τη διατήρηση μιας υγιούς καλλιέργειας φρούτων ή λαχανικών.