Η κυριαρχία των οιστρογόνων σημαίνει ότι υπάρχουν πάρα πολλά οιστρογόνα σε σύγκριση με την προγεστερόνη στο σώμα ενός ατόμου. Αυτή η ορμονική ανισορροπία προκαλεί πολλά συμπτώματα στις γυναίκες, όπως άγχος, αϋπνία, προβλήματα γονιμότητας, οστεοπόρωση και εξάψεις. Αν και οι γυναίκες εμφανίζουν αυτά τα συμπτώματα πιο συχνά, μερικά από αυτά μπορεί επίσης να εμφανιστούν σε άνδρες ή παιδιά. Τα περισσότερα συμπτώματα ανισορροπίας οιστρογόνων μπορούν να εμφανιστούν φυσικά μόνο από γυναίκες.
Ένα από τα πιο κοινά συμπτώματα της ανισορροπίας των οιστρογόνων που εντοπίζονται και στα δύο φύλα είναι το άγχος. Όταν υπάρχουν υπερβολικές ποσότητες οιστρογόνων στο σύστημα, προκαλεί το άτομο να βιώνει άγχος και αϋπνία. Ως αποτέλεσμα, τα επινεφρίδια υποφέρουν από κόπωση και παράγουν λιγότερη προγεστερόνη. Με την πάροδο του χρόνου, αυτό οδηγεί σε ακόμη περισσότερη παραγωγή προγεστερόνης και σε αύξηση της κυριαρχίας των οιστρογόνων. Το άγχος προκαλεί χειρότερα συμπτώματα ανισορροπίας οιστρογόνων, συμπεριλαμβανομένης της αλλαγής στα επίπεδα σακχάρου στο αίμα.
Η ανισορροπία των οιστρογόνων είναι υπεύθυνη για θέματα υπογονιμότητας στις γυναίκες. Η ύπαρξη χαμηλών επιπέδων οιστρογόνων στο σώμα μπορεί να σταματήσει τη διαδικασία της ωορρηξίας. Τα οιστρογόνα δρα ως διεγερτικό για τη βλέννα που βρίσκεται στο άνοιγμα του τραχήλου της μήτρας και τα σπερματοζωάρια δεν μπορούν να κινηθούν προς τον επιθυμητό προορισμό τους έως ότου τα οιστρογόνα αλλάξουν την υφή της βλέννας. Αφού συμβεί ο μετασχηματισμός, το σπέρμα μπορεί να κολυμπήσει εύκολα προς το ωάριο. Πρέπει να υπάρχει επαρκής ποσότητα οιστρογόνων στο σώμα για την επένδυση του τοιχώματος της μήτρας και χωρίς την επένδυση, δεν θα είναι δυνατή η εμφύτευση ενός γονιμοποιημένου ωαρίου.
Τα χαμηλά επίπεδα οιστρογόνων στο ανθρώπινο σώμα αυξάνουν τον κίνδυνο εμφάνισης οστεοπόρωσης. Τα οιστρογόνα είναι απαραίτητα για τη διατήρηση της οστικής πυκνότητας που βρίσκεται στις γυναίκες. Μετά το τέλος της εμμηνόπαυσης, τα επίπεδα οιστρογόνων συνεχίζουν να μειώνονται και η απώλεια της οστικής πυκνότητας επιταχύνεται. Οι γυναίκες μπορούν να χάσουν περισσότερο από το 25 τοις εκατό της οστικής πυκνότητας κατά τα πρώτα πέντε έως 10 χρόνια μετά την εμμηνόπαυση. Εκείνοι που έχουν αφαιρέσει και τις δύο ωοθήκες τους χειρουργικά μπορεί επίσης να εμφανίσουν αυτά τα συμπτώματα ανισορροπίας οιστρογόνων.
Οι εξάψεις αντιμετωπίζονται από την πλειοψηφία των γυναικών, συνήθως ακριβώς πριν από την έναρξη της εμμηνόπαυσης. Ο υποθάλαμος είναι υπεύθυνος για τον έλεγχο της θερμοκρασίας του σώματος. Όταν εμφανίζονται μειωμένα επίπεδα οιστρογόνων στο σώμα, προκαλείται υπερθέρμανση του υποθαλάμου. Αυτό οδηγεί τον εγκέφαλο να ελέγχει τα επίπεδα θερμότητας στέλνοντας τα απαραίτητα σήματα με ταχύτερο ρυθμό. Οι γρήγοροι καρδιακοί παλμοί επιτρέπουν στα αιμοφόρα αγγεία του σώματος να κυκλοφορούν μέχρι να παραχθεί ιδρώτας για να δροσίσει τη θερμότητα.