Οι λαμπτήρες φθορισμού έχουν γίνει πιο δημοφιλείς τα τελευταία χρόνια, λόγω του γεγονότος ότι καταναλώνουν λιγότερη ενέργεια από τους περισσότερους παραδοσιακούς λαμπτήρες. Αυτό είναι χρήσιμο για την εξοικονόμηση χρημάτων και ενέργειας και συμβάλλει στη διατήρηση του περιβάλλοντος. Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένα μειονεκτήματα των λαμπτήρων φθορισμού, όπως προβλήματα με το μέγεθος, τη διαφορά στην αντοχή και το χρώμα του λαμπτήρα σε σύγκριση με τους λαμπτήρες πυρακτώσεως και μια υψηλότερη αρχική επένδυση.
Γενικά, ένα από τα μεγαλύτερα μειονεκτήματα των λαμπτήρων φθορισμού είναι ότι συχνά κατασκευάζονται μεγαλύτερα από τους λαμπτήρες πυρακτώσεως. Αυτό καθιστά την τοποθέτησή τους σε ορισμένα φωτιστικά δύσκολη ή αδύνατη. Για φθηνά φωτιστικά, μπορεί να είναι πρακτικό να αγοράσετε ένα ανταλλακτικό που είναι κατάλληλο για χρήση με λαμπτήρα φθορισμού. Τα πιο ακριβά φωτιστικά μπορεί να μην είναι πρακτικά στην αντικατάσταση, επομένως οι συμβατικοί λαμπτήρες μπορεί να είναι καλύτερη επιλογή. Ευτυχώς, τα εξειδικευμένα φώτα φθορισμού γίνονται όλο και πιο διαθέσιμα για να ταιριάζουν σε μια ευρύτερη ποικιλία φωτιστικών.
Το χρώμα του φωτισμού είναι επίσης ένα από τα μειονεκτήματα των λαμπτήρων φθορισμού για πολλούς ανθρώπους. Η επιλογή ενός λαμπτήρα φθορισμού που έχει το ίδιο επίπεδο εμφάνισης και φωτεινότητας με έναν αντίστοιχο λαμπτήρα πυρακτώσεως μπορεί να είναι δύσκολο να γίνει. Αυτό συμβαίνει επειδή οι συγκρίσεις του κατασκευαστή μεταξύ των δύο αναφέρονται μόνο στην ισχύ και όχι στην εμφάνιση του λαμπτήρα. Επομένως, η αγορά ενός λαμπτήρα φθορισμού που ισοδυναμεί με έναν λαμπτήρα πυρακτώσεως 60 watt μπορεί να μην δίνει την ίδια ποσότητα φωτός. Ο φωτισμός που εκπέμπεται από έναν λαμπτήρα φθορισμού μπορεί επίσης να είναι πιο σκληρός και λιγότερο φυσικός στην εμφάνιση σε σύγκριση με τους λαμπτήρες πυρακτώσεως, αν και οι κατασκευαστές βγαίνουν σιγά σιγά με πιο φυσικές επιλογές.
Τα φώτα φθορισμού τείνουν επίσης να είναι πιο αμυδρά σε κρύο καιρό, καθιστώντας τα κακές επιλογές για σκληρά κλίματα όταν χρησιμοποιούνται σε εξωτερικούς χώρους. Τα γκαράζ, τα αίθρια και οι βεράντες είναι πιθανώς καλύτερα κατάλληλα για χρήση με έναν πιο παραδοσιακό λαμπτήρα, ειδικά εάν το έντονο φως είναι σημαντικό, όπως σε ένα υπαίθριο εργαστήριο.
Ένα από τα άλλα μεγαλύτερα μειονεκτήματα των λαμπτήρων φθορισμού είναι ότι είναι πιο ακριβά εκ των προτέρων σε σύγκριση με τους λαμπτήρες πυρακτώσεως. Αν και γίνονται σιγά-σιγά πιο προσιτές, οι συμπαγείς λαμπτήρες φθορισμού μπορεί να κοστίζουν έως και τρεις φορές περισσότερο από άλλους λαμπτήρες, ανάλογα με την ισχύ και τη μάρκα. Αν και είναι αλήθεια ότι οι λαμπτήρες φθορισμού εξοικονομούν χρήματα με την πάροδο του χρόνου χρησιμοποιώντας λιγότερη ενέργεια, αντισταθμίζοντας έτσι το κόστος σε σχετικά σύντομο χρονικό διάστημα, ορισμένες οικογένειες δεν έχουν τα χρήματα για την αρχική επένδυση.
Τέλος, ίσως ένα από τα μεγαλύτερα μειονεκτήματα των λαμπτήρων φθορισμού είναι το γεγονός ότι οι περισσότεροι λαμπτήρες φθορισμού περιέχουν υδράργυρο. Αυτό όχι μόνο εγκυμονεί κινδύνους εάν ένας λαμπτήρας σπάσει ή ραγίσει στο σπίτι, αλλά εγκυμονεί περιβαλλοντικούς κινδύνους εάν δεν απορριφθεί σωστά. Οι περισσότεροι κατασκευαστές αναγράφουν οδηγίες απόρριψης στο κουτί, απαιτώντας συχνά από τους καταναλωτές να τους επιστρέφουν τους χρησιμοποιημένους λαμπτήρες για τη σωστή διαχείριση των απορριμμάτων. Άλλες φορές μπορεί να εναπόκειται στον χρήστη να καθορίσει πού και πώς να απορρίψει τους χρησιμοποιημένους λαμπτήρες.