Ορισμένα μέλη της επιστημονικής ερευνητικής κοινότητας προτείνουν ότι η χρήση θεραπείας με βλαστοκύτταρα για τον αυτισμό προκαλεί φυσιολογική εκ νέου ανάπτυξη των εγκεφαλικών κυττάρων και αύξηση της ροής οξυγόνου του οργάνου. Στις περισσότερες περιπτώσεις, τα βλαστοκύτταρα από τον ομφάλιο λώρο χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία της γνωστικής διαταραχής. Τα βλαστοκύτταρα πιστεύεται επίσης ότι καταπολεμούν ορισμένους από τους πιθανούς γενετικούς παράγοντες που συμβάλλουν στον αυτισμό, όπως ο μη φυσιολογικός σχηματισμός και η φλεγμονή στα κύτταρα που επηρεάζουν τη γνωστική ανάπτυξη.
Ο αυτισμός και οι διαταραχές που σχετίζονται με τον αυτισμό, όπως το σύνδρομο Asperger, μπορούν να προκαλέσουν καθυστερήσεις και βλάβες στην ικανότητα ενός ατόμου να κοινωνικοποιείται, να επικοινωνεί και να αναπτύσσει φυσιολογικές δεξιότητες ζωής. Η διαταραχή φαίνεται να επηρεάζει την ανάπτυξη της γλώσσας και μπορεί να επηρεάσει την κατανόηση και την ερμηνεία του ατόμου των κοινωνικών ενδείξεων και της αποδεκτής κοινωνικής συμπεριφοράς. Ορισμένοι ιατροί ερευνητές και επαγγελματίες αναπτυξιακών διαταραχών πιστεύουν ότι ορισμένες από αυτές τις επιπτώσεις μπορούν να αντιστραφούν μέσω της θεραπείας με βλαστοκύτταρα για τον αυτισμό. Αυτός ο τύπος θεραπείας εγχέει ανθρώπινα βλαστοκύτταρα στο σύστημα του ασθενούς με την ελπίδα ότι αυτά τα κύτταρα θα αναγκάσουν τον εγκέφαλο να αναπτύξει νέο, άθικτο ιστό.
Μία από τις πιθανές αιτίες του αυτισμού είναι η μη φυσιολογική κυτταρική διαίρεση και ανάπτυξη στα μέρη του εγκεφάλου που επηρεάζουν την επικοινωνία και την ανάπτυξη της γλώσσας. Ως αποτέλεσμα, όσοι έχουν διαγνωστεί με τη διαταραχή τείνουν να συμπεριφέρονται με τρόπους που το μεγαλύτερο μέρος της κοινωνίας μπορεί να βρει ασυνήθιστο ή δύσκολο να ερμηνευθεί. Για παράδειγμα, τα τυπικά πρώιμα χαρακτηριστικά του αυτισμού περιλαμβάνουν την ακραία απόσυρση και την αδυναμία να μιλήσει και να ανταποκριθεί με τυπικό τρόπο. Ενώ η θεραπεία μπορεί συχνά να περιλαμβάνει τεχνικές συμπεριφοράς, όπως ο αργός εγκλιματισμός των ατόμων στην κοινωνική αλληλεπίδραση, η θεραπεία με βλαστοκύτταρα για τον αυτισμό επιχειρεί να χρησιμοποιήσει τη φυσική διαδικασία αναγέννησης του σώματος για να αντικαταστήσει μη φυσιολογικά κύτταρα προκειμένου να αποκαταστήσει ορισμένες γλωσσικές και γνωστικές ικανότητες.
Τα πιθανά οφέλη της θεραπείας με βλαστοκύτταρα για τον αυτισμό πιστεύεται ότι χρειάζονται χρόνο για να βγουν στην επιφάνεια, καθώς η θεραπεία περιλαμβάνει τη σταδιακή εκ νέου ανάπτυξη του φυσιολογικού εγκεφαλικού ιστού. Αντί να αντιγράψουν τον υπάρχοντα γενετικό κώδικα ή τις μη φυσιολογικές ιδιότητες, αυτά τα βλαστοκύτταρα αναπτύσσονται σε πλήρως λειτουργικό ιστό και πιστεύεται ότι τελικά αντικαθιστούν τα κατεστραμμένα κύτταρα. Στη θεραπεία του αυτισμού, τα βλαστοκύτταρα έχει αποδειχθεί ότι αυξάνουν την ποσότητα οξυγόνου στον εγκέφαλο, γεγονός που μπορεί να δημιουργήσει ένα πιο σταθερό περιβάλλον για την ανάπτυξη υγιών ιστών.
Παρόλο που η θεραπεία με βλαστοκύτταρα για τον αυτισμό έχει υποσχεθεί, δεν έχει καθιερωθεί ευρέως ως αποδεκτή ή επαρκής θεραπεία για τη διαταραχή. Τα άτομα που επηρεάζονται από αυτισμό εξακολουθούν να αντιμετωπίζονται σε μεγάλο βαθμό μέσω εξατομικευμένων εκπαιδευτικών προγραμμάτων και μαθημάτων συμπεριφορικών δεξιοτήτων ζωής, τα οποία μπορεί να επικεντρώνονται σε θέματα όπως η μαγειρική και η προσωπική υγιεινή. Για όσους έχουν αυτισμό και συναφείς διαταραχές, η σοβαρότητα και τα συμπτώματα που υπάρχουν μπορεί να διαφέρουν αρκετά σημαντικά. Μερικοί είναι σε θέση να επικοινωνήσουν και να βρουν δουλειά, ενώ άλλοι δεν μπορούν να μιλήσουν χωρίς τη βοήθεια τεχνολογίας ή εναλλακτικών μεθόδων επικοινωνίας.