Οι Ινδιάνοι Zuni έχουν μακρά ιστορία ως απόγονοι των Ινδιάνων Pueblo των νοτιοδυτικών Ηνωμένων Πολιτειών. Οι άνθρωποι ζούσαν στην περιοχή των Ζούνι πριν από το 2500 π.Χ. Η ιστορία των Zuni ξεκινά με τους Ινδιάνους Anasazi, οι οποίοι ζούσαν στην περιοχή Zuni 1,000 χρόνια πριν φτάσουν εκεί οι πρώτοι Ευρωπαίοι. Οι Ινδιάνοι Anasazi ζούσαν κατά μήκος ενός ποταμού στο σημερινό δυτικό Νέο Μεξικό, και ανέπτυξαν ένα σύστημα αρδευόμενης γεωργίας και κατασκεύασαν αγγεία και καλάθια, τα οποία βελτίωσαν οι Zuni. Γύρω στο έτος 900, οι αγροτικές βελτιώσεις του Zuni πυροδότησε αύξηση πληθυσμού και οι οικισμοί επεκτάθηκαν.
Ξεκινώντας από το 1100, η φυλή Zuni έχτισε τις χαρακτηριστικές κατοικίες που μοιάζουν με πλατεία, που άντεξαν για αιώνες. Ο πληθυσμός συνέχισε να επεκτείνεται. Κάπου μεταξύ 1300 και 1500, οι Ζούνι ίδρυσαν επτά πόλεις στην περιοχή. Αυτές οι πόλεις εξακολουθούν να έχουν ισχυρούς δεσμούς με την ιστορία των Zuni, καθώς η αρχιτεκτονική έχει παραμείνει σχεδόν αμετάβλητη.
Το 1539, ο Ισπανός Fray Marcos de Niza ήρθε στην κοιλάδα Zuni σε μια αναζήτηση χρυσού και πλούτου. Ο Φρέι Μάρκος έστειλε τον δούλο του Εστεμπάν να μιλήσει με τις φυλές. Ο Εστεμπάν ήθελε τυρκουάζ και ζουνί γυναίκες από τις φυλές. Οι απαιτήσεις του εξόργισαν τους Zuni και τον σκότωσαν. Ο Φρέι Μάρκος επέστρεψε στο Μεξικό και είπε για τις «Επτά χρυσές πόλεις» που φύλαγαν οι Ζούνι. Αν και αυτές οι ιστορίες είχαν ελάχιστη βάση στην αλήθεια, οι Ισπανοί ενθουσιάστηκαν.
Τον επόμενο χρόνο, ένας άλλος εξερευνητής ονόματι Francisco Vasquez de Coronado εξαπέλυσε επίθεση στα χωριά των Zuni με κανόνια και ξιφομάχους έφιππους στα άλογα. Γρήγορα νίκησε τους υπερασπιστές των Ζούνι και κατέλαβε τα χωριά. Χωρίς να βρει χρυσό, ο Coronado κατέλαβε την περιοχή μόνο για λίγο πριν πάει σε άλλες περιοχές.
Τα επόμενα εκατό χρόνια, Ισπανοί εξερευνητές πέρασαν από την κοιλάδα Zuni αναζητώντας πλούτο. Στην περιοχή ιδρύθηκε καθολική αποστολή. Πολλές από τις φυλές της περιοχής ταλαιπωρήθηκαν από την ισπανική κυριαρχία και το 1690, οι Ινδιάνοι του Πουέμπλο ξεκίνησαν μια συντονισμένη εξέγερση που ονομάζεται Εξέγερση του Πουέμπλο. Οι Ζούνι έκαψαν την καθολική αποστολή, σκοτώνοντας έναν μοναχό. Στη συνέχεια, η φυλή υποχώρησε σε ένα mesa που ονομάζεται Dowa Yalanne, που σημαίνει «Βουνό καλαμποκιού» στη γλώσσα Zuni.
Μετά από 12 χρόνια στο Dowa Yalanne, οι Zuni υπέγραψαν συνθήκη με τους Ισπανούς και πήγαν στο mesa. Έτσι ξεκίνησε μια ειρηνική περίοδος στην ιστορία των Zuni που χαρακτηρίστηκε από μικρή επαφή με τους ξένους. Οι Zuni εγκατέλειψαν τα παλιά τους χωριά και έχτισαν ένα νέο pueblo που ονομάζεται Zuni στα βόρεια του ποταμού Zuni. Οι καθολικές αποστολές της περιοχής ερήμωσαν.
Εν τω μεταξύ, η κυβέρνηση των ΗΠΑ εδραίωσε την επικράτειά της στα νοτιοδυτικά. Το 1850, οι πρεσβύτεροι των Zuni ταξίδεψαν στο Sante Fe για να υπογράψουν μια συνθήκη που προστατεύει τα εδάφη των φυλών. Έκτισαν περισσότερα χωριά και υπέγραψαν συνθήκες ειρήνης με γειτονικές φυλές. Στη δεκαετία του 1800, οι Zuni ξεκίνησαν τη σιδηρουργία και την κατασκευή κοσμημάτων. Μέχρι τη δεκαετία του 1870, η φυλή είχε μάθει πώς να στήνει τιρκουάζ πέτρες σε ασημένια βραχιόλια, περιδέραια και δαχτυλίδια.
Γύρω στις αρχές του 20ου αιώνα, ιδρύθηκαν πολλά σχολεία στην κοιλάδα Zuni. Η καθολική αποστολή άνοιξε ξανά το 1921. Οι Zuni συνεργάστηκαν με Αμερικανούς για την κατασκευή φραγμάτων και συστημάτων άρδευσης στην περιοχή και συνέχισαν να φτιάχνουν κοσμήματα: μέχρι το 1945, οι πωλήσεις κοσμημάτων αποτελούσαν το 65% του εισοδήματος σε μετρητά της φυλής Zuni.
Από τη δεκαετία του 1980 έως τις αρχές της δεκαετίας του 2000, οι Ζούνι συμμετείχαν σε μια σειρά δικαστικών μαχών για την αποκατάσταση της κατοχής των φυλετικών εδαφών από τις ΗΠΑ και σε μια πρόταση να ανοίξει ένα ανθρακωρυχείο κοντά στην ιερή Αλυκή Ζούνι. Οι Zuni κέρδισαν τον έλεγχο της λίμνης και 25 εκατομμύρια δολάρια ΗΠΑ (USD) σε αποζημιώσεις. Ο αγώνας για τη διατήρηση της ιστορίας των Zuni συνεχίζεται καθώς η φυλή διατηρεί την κυριαρχία της και ανοίγει νέες οικονομικές ευκαιρίες για τους ανθρώπους της.