Η κύρια διαφορά μεταξύ των σπόρων και των σπορόφυτων είναι ότι οι σπόροι φυτεύονται στο έδαφος για να αναπτυχθούν νέα φυτά και τα σπορόφυτα είναι στην πραγματικότητα νεαρά φυτά, που έχουν ήδη φυτρώσει από τους σπόρους. Γενικά, οι σπόροι είναι πιο κατάλληλοι για φύτευση εσωτερικά και τα σπορόφυτα μπορούν εύκολα να φυτευτούν είτε μέσα είτε έξω. Τα σπορόφυτα απαιτούν «σκλήρυνση» πριν φυτευτούν εντελώς έξω, κάτι που μπορεί να θεωρηθεί ότι τα εισάγει σταδιακά στον σκληρό, έξω κόσμο. Οι σπόροι, αντίθετα, είναι καλύτερο να βλαστήσουν για να δημιουργήσουν σπορόφυτα τυλίγοντάς τα σε μια υγρή χαρτοπετσέτα ή σε ένα δίσκο σπόρων σε εσωτερικούς χώρους.
Οι κηπουροί συνήθως δεν έχουν κανένα πρόβλημα να διακρίνουν τους σπόρους από τα σπορόφυτα, επειδή είναι πολύ διαφορετικοί στην εμφάνιση λόγω των διαφορετικών σταδίων της ζωής τους. Οι σπόροι είναι συνήθως μικροί και σκληροί, συχνά καφέ ή μαύρου χρώματος. Τα σπορόφυτα είναι μικρά φυτά, που συνήθως αποτελούνται από ένα μόνο μίσχο που στηρίζει μερικά μικρά φύλλα. Ουσιαστικά, οι σπόροι είναι ισοδύναμοι με το αυγό μέσα στη μήτρα μιας γυναίκας και τα σπορόφυτα ισοδυναμούν με ένα αναπτυσσόμενο έμβρυο. Ενώ τα συστατικά μέσα τους είναι ουσιαστικά τα ίδια, βρίσκονται σε διαφορετικό στάδιο ανάπτυξης.
Οι παραλλαγές στη φροντίδα των φυτών προέρχονται από τις εγγενείς διαφορές μεταξύ των σπόρων και των φυταρίων. Για παράδειγμα, όταν μεγαλώνετε έναν σπόρο σε σπορόφυτο, προτιμάται ένα εσωτερικό περιβάλλον. Αυτό συμβαίνει επειδή η καλλιέργεια σε εσωτερικούς χώρους παρέχει στον κηπουρό περισσότερο έλεγχο των γενικών περιβαλλοντικών παραγόντων, όπως η θερμοκρασία, η υγρασία και το ηλιακό φως. Η βλάστηση των σπόρων μπορεί να γίνει τοποθετώντας τους σπόρους στο κέντρο μιας υγρής χαρτοπετσέτας ή φυτεύοντάς τους στο χώμα χρησιμοποιώντας ένα δίσκο σπόρων. Οι σπόροι απαιτούν περισσότερη προσοχή όταν βλασταίνουν, επειδή είναι επιρρεπείς σε ζημιές από διάφορους παράγοντες.
Τα μέρη που πρέπει να καλλιεργούνται οι σπόροι και τα σπορόφυτα διαφέρουν ανάλογα με πολλούς παράγοντες, αλλά τα σπορόφυτα είναι γενικά καλύτερα έξω. Αυτό τους δίνει μεγαλύτερη πρόσβαση στο ηλιακό φως και συνήθως τους επιτρέπει να μεγαλώσουν πολύ. Προτού τα σπορόφυτα μεταφερθούν για πάντα έξω, πρέπει να περάσουν από μια διαδικασία γνωστή ως σκλήρυνση, η οποία σταδιακά τα εισάγει στον έξω κόσμο. Αυτό γίνεται βγάζοντας τα σπορόφυτα έξω για μεγάλο μέρος της ημέρας και φέρνοντάς τα μέσα τη νύχτα. Σε εσωτερικούς χώρους, τα φυτά είναι πολύ πιο ασφαλή από περιβαλλοντικούς παράγοντες, επομένως απαιτείται σταδιακή εισαγωγή για μια ομαλή μετάβαση.
Μια σημαντική διαφορά μεταξύ των σπόρων και των σπορόφυτων είναι ότι οι σπόροι επωφελούνται από την επικάλυψη και τα σπορόφυτα συχνά πληγώνονται από αυτό. Αυτό συμβαίνει επειδή η κάλυψη των γλάστρων διατηρεί το έδαφος υγρό και γενικά παρέχει ένα υγρό περιβάλλον, το οποίο είναι καλό για τους σπόρους. Η υγρασία είναι το ιδανικό έδαφος αναπαραγωγής για διάφορους τύπους μυκήτων και αφίδων, ωστόσο, που μπορεί να βλάψουν τα σπορόφυτα. Μόλις φυτρώσουν, οι κηπουροί πρέπει να αφαιρέσουν το κάλυμμα για να δώσουν στα φυτά φρέσκο αέρα.