Οι περισσότεροι πόνοι στις αμυγδαλές προκαλούνται από ερεθισμό λόγω αλλεργιών ή από μόλυνση. Οι λοιμώξεις των αμυγδαλών προκαλούνται συχνά από βακτήρια στρεπτόκοκκου της ομάδας Α, καθώς και από άλλα βακτήρια και ιούς. Μερικές φορές ο πόνος στις αμυγδαλές μπορεί επίσης να προκληθεί από μια δευτερογενή λοίμωξη όπως το κοινό κρυολόγημα ή η γρίπη. Αυτό οφείλεται γενικά στην αποστράγγιση, όπως συμβαίνει με τις αλλεργίες.
Οι αλλεργίες μπορεί να προκαλέσουν πόνο στις αμυγδαλές λόγω συμφόρησης στις ρινικές οδούς που προκαλεί ερεθισμό. Άλλες φορές τα ίδια τα αλλεργιογόνα, όπως η γύρη, μπορεί να προσκολληθούν στις αμυγδαλές, στο λαιμό και στις ρινικές μεμβράνες και να οδηγήσουν σε φλεγμονή και πόνο. Οι επιλογές θεραπείας περιλαμβάνουν φάρμακα που έχουν σχεδιαστεί για αλλεργίες και μερικές φορές εμβόλια αλλεργίας για άτομα με σοβαρές εποχιακές ή συνεχείς αλλεργίες.
Συχνότερα, οι βακτηριακές λοιμώξεις είναι η αιτία αυτού του πόνου. Τα βακτήρια μπορούν να εισπνεύσουν από το στόμα ή τα φυσικά βακτήρια στις ρινικές οδούς ή αλλού στο σώμα μπορεί να υπεραναπτυχθούν στις αμυγδαλές και να οδηγήσουν σε φλεγμονή και δυσφορία. Άλλα συμπτώματα μιας λοίμωξης αμυγδαλών μπορεί να περιλαμβάνουν πυρετό, έντονο πονόλαιμο, συσσώρευση πύου στις αμυγδαλές, ερυθρότητα, ρίγη και πρήξιμο. Οι βακτηριακές λοιμώξεις μπορούν συχνά να αντιμετωπιστούν με αντιβιοτικά.
Οι ιογενείς λοιμώξεις μπορούν επίσης να μολύνουν τις αμυγδαλές και να προκαλέσουν πόνο, αλλά αυτές συχνά υποχωρούν από μόνες τους. Η φαρμακευτική αγωγή μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανακούφιση των συμπτωμάτων, αλλά δεν υπάρχει γνωστό φάρμακο που να μπορεί να σκοτώσει έναν ιό. Πολλοί άνθρωποι προσπαθούν να χρησιμοποιήσουν αντιβιοτικά, αλλά αυτά δεν είναι αποτελεσματικά για ιογενείς λοιμώξεις.
Τις περισσότερες φορές, αυτή η κατάσταση θα υποχωρήσει τελικά μόνη της χωρίς παρέμβαση. Οι ασθενείς μπορούν να πίνουν κρύα υγρά, να τρώνε κατεψυγμένες λιχουδιές ή να παίρνουν αντίθετα φάρμακα για να ανακουφίσουν τα συμπτώματα στο μεταξύ. Μόνο όταν η ενόχληση γίνεται πολύ σοβαρή ή παρατεταμένη είναι συνήθως απαραίτητη η φροντίδα του γιατρού. Μπορεί επίσης να χρειαστεί γιατρός για όσους έχουν επίσης άλλα συμπτώματα.
Εκτός από τις αλλεργίες, οι περισσότερες αιτίες του πόνου στις αμυγδαλές είναι μεταδοτικές, που σημαίνει ότι μπορούν να μεταδοθούν από το ένα άτομο στο άλλο. Όσοι έχουν σοβαρή ενόχληση στο λαιμό που διαρκεί περισσότερο από μία ή δύο ημέρες θα πρέπει να συμβουλευτούν έναν γιατρό για να βρουν την υποκείμενη αιτία. Θα πρέπει επίσης να αποφεύγουν τα πλήθη ανθρώπων για να αποτρέψουν τη μετάδοση του ιού ή των βακτηρίων. Στις περισσότερες περιπτώσεις ο πόνος μπορεί να αντιμετωπιστεί με φάρμακα, είτε για τον πόνο είτε για να σκοτωθούν τα βακτήρια. Περιστασιακά, μπορεί να προκύψουν μακροχρόνια προβλήματα και οι αμυγδαλές θα χρειαστεί να αφαιρεθούν χειρουργικά.