Λαμβάνοντας υπόψη την επεμβατικότητα της διαδικασίας, οι περισσότερες επιπλοκές της οσφυϊκής παρακέντησης είναι σπάνιες. Η πιο συχνή επιπλοκή είναι ο πονοκέφαλος, ο οποίος εμφανίζεται σε περίπου τέσσερις στους δέκα ασθενείς με οσφυονωτιαία παρακέντηση και συνήθως υποχωρεί μέσα σε μία εβδομάδα. Άλλες επιπλοκές είναι πιο σοβαρές αλλά εμφανίζονται με πολύ μικρότερη συχνότητα. Η μηνιγγίτιδα, ο τραυματισμός της νευρικής ρίζας και η παρατεταμένη οσφυαλγία είναι από τις πιθανές, αν και σπάνιες, επιπλοκές της οσφυϊκής παρακέντησης.
Ο πονοκέφαλος που εμφανίζεται μετά από μια οσφυονωτιαία παρακέντηση ονομάζεται μετασκληριδιακή κεφαλαλγία. Τα αίτια της δεν είναι γνωστά. Εμφανίζεται συχνότερα στις γυναίκες παρά στους άνδρες και λιγότερο συχνά σε νεότερους και ηλικιωμένους ασθενείς. Αρκετές μελέτες δείχνουν ότι η επιλογή της βελόνας που χρησιμοποιείται για την οσφυϊκή παρακέντηση επηρεάζει τη συχνότητα εμφάνισης αυτών των τύπων επιπλοκών της οσφυϊκής παρακέντησης. Οι βελόνες με μολύβι, σε αντίθεση με τις βελόνες με λοξότμητο σημείο, φαίνεται να μειώνουν σημαντικά την εμφάνιση πονοκεφάλων μετά από παρακέντηση.
Μελέτες δείχνουν ότι ούτε η ανάπαυση στο κρεβάτι ούτε η παραμονή σε επιρρεπή για παρατεταμένη χρονική περίοδο αποτρέπουν τον πονοκέφαλο μετά από παρακέντηση. Η από του στόματος καφεΐνη προσφέρει κάποια παροδική ανακούφιση, αλλά είναι βραχείας δράσης και δεν εξαλείφει τον πονοκέφαλο. Η πιο αποτελεσματική θεραπεία είναι ένα επισκληρίδιο έμπλαστρο αίματος. Το έμπλαστρο εφαρμόζεται μετά την παρακέντηση και παρέχει ανακούφιση σε έως και 98 τοις εκατό των ασθενών που εμφανίζουν πονοκέφαλο μετά από παρακέντηση.
Οι σοβαρές επιπλοκές της οσφυϊκής παρακέντησης περιλαμβάνουν κήλη αμυγδαλών, ενδοκρανιακή αιμορραγία και λοιμώξεις. Αυτού του είδους οι επιπλοκές είναι σπάνιες. Ορισμένες επιπλοκές εμφανίζονται πιο συχνά σε ασθενείς των οποίων η υγεία ή η κατάσταση είναι σε κίνδυνο. Οι ασθενείς με σοβαρές υπάρχουσες ιατρικές παθήσεις είναι πιο επιρρεπείς να αναπτύξουν επικίνδυνες επιπλοκές ως αποτέλεσμα οσφυϊκών παρακεντήσεων.
Δείγματα εγκεφαλονωτιαίου υγρού λαμβάνονται από οσφυονωτιαία παρακέντηση. Αυτό το υγρό περιβάλλει τον εγκέφαλο και το νωτιαίο μυελό. Η εξέταση του υγρού μπορεί να βοηθήσει στη διάγνωση ασθενειών όπως η μηνιγγίτιδα, η σκλήρυνση κατά πλάκας και η εγκεφαλική αιμορραγία. Η διαδικασία μερικές φορές εκτελείται για να προσδιοριστούν οι αλλαγές στην εγκεφαλονωτιαία πίεση. Η διαφορά στην πίεση πριν από την αφαίρεση υγρού και μετά την αφαίρεση υγρού μπορεί να βοηθήσει στη διάγνωση όγκου εγκεφάλου ή λοίμωξης.
Οι νευρολόγοι ή άλλο εκπαιδευμένο ιατρικό προσωπικό εκτελούν οσφυονωτικές παρακεντήσεις. Η διαδικασία συνήθως πραγματοποιείται στο κάτω μέρος της πλάτης. Οι γιατροί πρώτα καθαρίζουν, αποστειρώνουν και μερικές φορές αναισθητοποιούν την περιοχή γύρω από το σημείο που έχει επιλεγεί για την παρακέντηση. Εισάγουν μια βελόνα μεταξύ των σπονδύλων και μετακινούνται στον χώρο που είναι γεμάτος με εγκεφαλονωτιαίο υγρό. Μόλις αποσυρθεί το υγρό, οι γιατροί αφαιρούν τη βελόνα και καλύπτουν την παρακέντηση με έναν αποστειρωμένο επίδεσμο.