Οι παρενέργειες της ανοσοθεραπείας ποικίλλουν ανάλογα με τη συγκεκριμένη θεραπεία. Αυτή η θεραπεία περιλαμβάνει τη χρήση φαρμάκων που είτε ενεργοποιούν είτε καταστέλλουν το ανοσοποιητικό σύστημα. Οι ασθενείς που υποβάλλονται σε ανοσοθεραπείες ενεργοποίησης παρουσιάζουν συνήθως ρίγη, πυρετό και αντιδράσεις στο σημείο της ένεσης. Οι συχνές παρενέργειες των κατασταλτικών ανοσοθεραπειών περιλαμβάνουν γενικά — αλλά δεν περιορίζονται σε — ερεθισμό του δέρματος, κόπωση και μόλυνση.
Οι θεραπείες για την ενεργοποίηση του ανοσοποιητικού συστήματος περιλαμβάνουν εμβολιασμό και θεραπείες καταπολέμησης του καρκίνου. Η θεραπεία εμβολιασμού περιλαμβάνει τη χορήγηση ενός ενεργού ή ανενεργού παθογόνου για την παραγωγή ανοσίας έναντι ενός συγκεκριμένου παράγοντα που προκαλεί νόσο. Παρά τα πολλά οφέλη, τα εμβόλια έχουν συσχετιστεί με πολλές κοινές και σοβαρές παρενέργειες.
Οι συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες του εμβολιασμού περιλαμβάνουν πόνο, πόνο και οίδημα στο σημείο της ένεσης. Λιγότερο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες είναι η κόπωση, οι μυϊκοί πόνοι και ο πυρετός. Ανάλογα με τη δόση και τον τύπο του εμβολίου που χορηγείται, τα συμπτώματα πρέπει να διαρκέσουν από μερικές ώρες έως αρκετές ημέρες. Οι σοβαρές παρενέργειες της ανοσοθεραπείας από τα εμβόλια μπορεί να περιλαμβάνουν σοβαρές αλλεργικές αντιδράσεις, επιληπτικές κρίσεις και ακόμη και εγκεφαλική βλάβη.
Η ανοσοθεραπεία του καρκίνου διεγείρει το σώμα του ασθενούς να επιτεθεί σε κακοήθη καρκινικά κύτταρα. Μία από τις πιο κοινές ανοσοθεραπείες καρκίνου περιλαμβάνει τη χρήση μονοκλωνικών αντισωμάτων, τα οποία βοηθούν το ανοσοποιητικό σύστημα να επιτεθεί στα καρκινικά κύτταρα. Οι παρενέργειες που σχετίζονται με αυτήν τη θεραπεία με αντισώματα περιλαμβάνουν δερματικά εξανθήματα, συμπτώματα που μοιάζουν με γρίπη και χαμηλή αρτηριακή πίεση. Λιγότερο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες περιλαμβάνουν θέματα αιμορραγίας, χαμηλούς ηλεκτρολύτες και σοβαρές καρδιακές παθήσεις, συμπεριλαμβανομένης της καρδιακής ανεπάρκειας.
Οι κατασταλτικές ανοσοθεραπείες χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία ποικίλων καταστάσεων, συμπεριλαμβανομένων των αλλεργιών, των αυτοάνοσων διαταραχών και της απόρριψης μοσχεύματος οργάνων. Στην περίπτωση των αλλεργιών, οι παράγοντες απευαισθητοποίησης του ανοσοποιητικού συνήθως εγχέονται στο σώμα του ασθενούς με σκοπό τη μείωση των αλλεργικών κρίσεων. Οι πιο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες ανοσοθεραπείας με θεραπείες αλλεργίας είναι ερυθρότητα, οίδημα και πόνος στο σημείο της ένεσης. Μερικοί άνθρωποι εμφανίζουν πιο σοβαρές αντιδράσεις όπως κνίδωση, συριγμό και σφίξιμο στο στήθος.
Η ανοσοθεραπεία είναι απαραίτητη για μεταμόσχευση οργάνων και σοβαρές μορφές αυτοάνοσων διαταραχών λόγω της καταστροφικής δύναμης του ανοσοποιητικού συστήματος. Το σώμα μπορεί να δει το μεταμοσχευμένο όργανο ως έναν ξένο παράγοντα που πρέπει να καταστραφεί. Ομοίως, αυτοάνοσες διαταραχές όπως ο συστηματικός ερυθηματώδης λύκος (ΣΕΛ), περιλαμβάνουν ένα υπερδραστήριο ανοσοποιητικό σύστημα που στοχεύει, επιτίθεται και καταστρέφει οποιαδήποτε μορφή ιστού, μυός ή οργάνου. Οι ανοσοκατασταλτικοί παράγοντες όπως οι κυκλοσπορίνες και τα κορτικοστεροειδή υποτάσσουν ορισμένους παράγοντες που είναι υπεύθυνοι για την απόρριψη οργάνων και τις αυτοάνοσες διαταραχές.
Αυτοί οι κατασταλτικοί παράγοντες έχουν πιστωθεί στην παράταση της ζωής των μεταμοσχευμένων οργάνων και στη μείωση της βλάβης των οργάνων σε αυτοάνοσες διαταραχές, αλλά τα φάρμακα συχνά έχουν σοβαρές παρενέργειες. Μια κοινή παρενέργεια όλων αυτών των φαρμάκων είναι ο αυξημένος κίνδυνος μόλυνσης. Σε ασθενείς των οποίων το ανοσοποιητικό σύστημα έχει κατασταλεί, μια λοίμωξη μπορεί να αποτελέσει σημαντικό κίνδυνο για την υγεία. Άλλες κοινές παρενέργειες της κατασταλτικής ανοσοθεραπείας είναι η ναυτία και η κόπωση. Επιπλέον, οι παρενέργειες που αποδίδονται στη μακροχρόνια χρήση ανοσοκατασταλτικών φαρμάκων περιλαμβάνουν καρκίνο και δυσλειτουργία οργάνων.