Οι αιτίες των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων ανήκουν όλες στην ίδια κατηγορία—οι ιοί. Διάφοροι τύποι του ιού των ανθρωπίνων θηλωμάτων (HPV) είναι υπεύθυνοι για την ανάπτυξη των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων. Ωστόσο, τα κονδυλώματα μεταδίδονται κυρίως μέσω της σεξουαλικής επαφής. Ένα σεξουαλικό επεισόδιο με ένα άτομο που έχει HPV μπορεί να είναι αρκετό για να προκαλέσει κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων. Η σεξουαλική επαφή με πολλούς συντρόφους μπορεί να αυξήσει τον κίνδυνο προσβολής από HPV και κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων.
Συχνά, οι άνθρωποι μιλούν για τον HPV σαν ένας ιός να είναι ικανός να προκαλέσει κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων. Η πραγματικότητα είναι ότι οι ιοί HPV συνολικά περισσότεροι από 100, και πολλοί από αυτούς συγκαταλέγονται στις αιτίες των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων. Επιστήμονες ανακάλυψαν ότι τουλάχιστον 40 διαφορετικοί HPV έχουν την ικανότητα να προκαλούν κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων. Ακόμη πιο ανησυχητικό είναι το γεγονός ότι ορισμένες υποομάδες αυτών των ιών έχουν επίσης την ικανότητα να προκαλούν καρκίνο της μήτρας και του τραχήλου της μήτρας. Στην πραγματικότητα, ορισμένοι από αυτούς τους καρκίνους μπορεί ακόμη και να αποδειχθούν ικανοί να συμβάλλουν στην ανάπτυξη καρκίνου του πέους και του πρωκτού.
Υπάρχουν πολλοί τύποι HPV που θεωρούνται μεταξύ των αιτιών των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων, αλλά οι περισσότερες περιπτώσεις προκαλούνται από τους HPV-6 και HPV-11. Είναι ενδιαφέρον ότι αυτοί οι δύο τύποι HPV έχουν χαμηλό κίνδυνο πρόκλησης καρκίνου. Ορισμένοι άλλοι τύποι HPV που συγκαταλέγονται στις αιτίες των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων είναι πιο πιθανό να προκαλέσουν καρκίνο. Για παράδειγμα, ο HPV-16 προκαλεί κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων και είναι επίσης συχνή αιτία καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Ο HPV-18 είναι ένας ακόμη τύπος HPV που προκαλεί κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων και έχει υψηλότερους κινδύνους πρόκλησης καρκίνου.
Ενώ οι HPV είναι οι τεχνικές αιτίες των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων, πολλοί άνθρωποι συζητούν τις αιτίες όσον αφορά τον τρόπο με τον οποίο ένα άτομο εκτίθεται στον ιό που τα οδηγεί. Στις περισσότερες περιπτώσεις, ο τρόπος μετάδοσης είναι η σεξουαλική επαφή χωρίς προστασία. Ένα άτομο συνήθως κολλάει HPV, και τελικά κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων, από έναν σεξουαλικό σύντροφο. Τυπικά, το χρονικό διάστημα που μεσολαβεί μεταξύ της έκθεσης και της ανάπτυξης των κονδυλωμάτων είναι περίπου τρεις μήνες. Ενώ μια σεξουαλική επαφή είναι αρκετή για να οδηγήσει στην εξάπλωση του HPV και των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων, η ύπαρξη πολλαπλών σεξουαλικών συντρόφων αυξάνει τον κίνδυνο εμφάνισης HPV και τον κίνδυνο ανάπτυξης κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων.
Ο HPV και τα κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων μεταδίδονται εύκολα μέσω της σεξουαλικής επαφής. Είναι, ωστόσο, δυνατό για ένα άτομο να έχει σεξουαλική επαφή με έναν μολυσμένο σύντροφο και να παραμείνει απαλλαγμένο από κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων. Ο μέσος άνθρωπος έχει περίπου 40 τοις εκατό πιθανότητες να αποφύγει τα κονδυλώματα των γεννητικών οργάνων σε ένα σεξουαλικό επεισόδιο με έναν μολυσμένο σύντροφο.