Το υπεροξείδιο του βενζοϋλίου χρησιμοποιείται συχνά για την εξάλειψη της ακμής, αλλά πολλοί ασθενείς εμφανίζουν ορισμένες παρενέργειες κατά τη διάρκεια της θεραπείας. Η πλειονότητα των πιο κοινών παρενεργειών του υπεροξειδίου του βενζοϋλίου είναι τοπικές, επηρεάζοντας μόνο το δέρμα του προσώπου. Για παράδειγμα, θεωρείται φυσιολογικό να παρατηρείτε ξηρό δέρμα που αισθάνεται τρυφερό και εμφανίζεται κόκκινο μετά την εφαρμογή αυτού του τύπου θεραπείας ακμής. Πιο σοβαρές παρενέργειες περιλαμβάνουν φουσκάλες και σχηματισμό κρούστας, μαζί με ακμή που φαίνεται να επιδεινώνεται μετά την εφαρμογή υπεροξειδίου του βενζοϋλίου. Από την άλλη πλευρά, όσοι είναι αλλεργικοί σε αυτό το φάρμακο μπορεί να παρατηρήσουν κάτι περισσότερο από τοπικές παρενέργειες, καθώς μπορεί ακόμη και να δυσκολεύονται να αναπνεύσουν.
Ορισμένες παρενέργειες του υπεροξειδίου του βενζοϋλίου εμφανίζονται μόνο στην αρχή της θεραπείας και θα εξαφανιστούν καθώς το δέρμα συνηθίσει στη φαρμακευτική αγωγή. Για παράδειγμα, θεωρείται τυπικό το δέρμα να αισθάνεται ξηρό και ελαφρώς ερεθισμένο μετά την εφαρμογή αυτού του φαρμάκου. Μπορεί επίσης να αισθάνεται τρυφερό και να φαίνεται κόκκινο κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου. Δυστυχώς, μερικοί άνθρωποι παρατηρούν επίσης ότι το δέρμα τους αρχίζει να ξεφλουδίζει καθώς σιγά-σιγά συνηθίζει το φάρμακο, αν και θα πρέπει επίσης να παρατηρήσουν ότι η ακμή τους σταδιακά εξαφανίζεται ταυτόχρονα. Λόγω της εμφάνισης αυτών των ήπιων παρενεργειών του υπεροξειδίου του βενζοϋλίου, πολλοί ασθενείς συμβουλεύονται από τον γιατρό τους να εφαρμόζουν το φάρμακο μόνο κάθε δεύτερη μέρα μέχρι το δέρμα τους να το συνηθίσει.
Υπάρχουν ασθενείς που παρατηρούν πιο ακραίες παρενέργειες που είναι δύσκολο να αγνοηθούν. Το δέρμα μπορεί να αρχίσει να σχηματίζει φουσκάλες ή να σχηματίζει κρούστα και μπορεί να έχει μια σταθερή κόκκινη απόχρωση. Δεν αποτελεί έκπληξη το γεγονός ότι ένα κόκκινο πρόσωπο μπορεί να συνοδεύεται από μια αίσθηση ζεστασιάς, καθώς και από μια αίσθηση τσιμπήματος. Αυτές οι παρενέργειες του υπεροξειδίου του βενζοϋλίου πρέπει συνήθως να αναφέρονται σε γιατρό, ειδικά εάν φαίνεται ότι η ακμή δεν έχει αρχίσει να υποχωρεί. Μάλιστα, μερικοί άνθρωποι παρατηρούν ότι η ακμή τους γίνεται ακόμη χειρότερη, γεγονός που μπορεί να υποδηλώνει ότι αυτό δεν είναι το καλύτερο φάρμακο για αυτούς.
Ενώ ορισμένες παρενέργειες του υπεροξειδίου του βενζοϋλίου θεωρούνται ήσσονος σημασίας, ακόμη και αναμενόμενες, άλλες είναι σημάδια αλλεργίας, πράγμα που σημαίνει ότι ορισμένοι ασθενείς θα πρέπει να σταματήσουν να παίρνουν το φάρμακο αμέσως. Για παράδειγμα, η ανάπτυξη κνίδωσης, ένα κόκκινο εξάνθημα στο πρόσωπο ή ένα συνεχές αίσθημα κνησμού δεν θεωρείται συνήθως φυσιολογικό. Αυτό ισχύει ιδιαίτερα εάν αυτές οι παρενέργειες συνοδεύονται από μια αίσθηση σφιξίματος στο στήθος που δυσκολεύει την αναπνοή, καθώς και ζάλη. Τέτοιες παρενέργειες υπεροξειδίου του βενζοϋλίου συνήθως υποδηλώνουν αλλεργία και συνήθως απαιτούν άμεση ιατρική φροντίδα.