Ο Φρόιντ και ο Γιουνγκ μοιράζονταν μια σχέση πολλών δεκαετιών, καθώς ο Γιουνγκ, ο μικρότερος σύντροφος, έμαθε περισσότερα για τις θεωρίες του Φρόιντ για το ασυνείδητο. Ίσως ευτυχώς, στη σύγχρονη ψυχολογία, ο Γιουνγκ αργότερα απέρριψε μερικές από τις θεωρίες του Φρόιντ και έσκυψε προς τη δική του μέθοδο ψυχολογίας την οποία ονόμασε αναλυτική. Και οι δύο άντρες βασίστηκαν στην έννοια του ασυνείδητου ως τρόπο εξήγησης των ονείρων, αλλά ο Γιουνγκ βασίστηκε περισσότερο σε μια πολυεπίπεδη έννοια του υποσυνείδητου. Οι πρωταρχικές διαφορές μεταξύ Φρόυντ και Γιουνγκ είναι ενδιαφέρον να παρατηρηθούν.
Ένα κύριο σχίσμα που χωρίζει τους δύο ψυχιάτρους αφορά τη θρησκεία. Ο Φρόυντ ένιωσε ότι η θρησκεία ήταν μια απόδραση και μια πλάνη, που δεν έπρεπε να διαδοθεί. Η σχέση του με τη θρησκεία μοιάζει με αυτή του Καρλ Μαρξ. Η θρησκεία ήταν «όπιο» των μαζών. Η πίστη του ήταν πλήρως στην ικανότητα του νου να έχει πρόσβαση στις ασυνείδητες σκέψεις του, θεραπεύοντας έτσι τυχόν νευρώσεις.
Ο Γιουνγκ πίστευε αντίστροφα ότι η θρησκεία ήταν ένας σημαντικός χώρος ασφάλειας για το άτομο καθώς ξεκίνησε τη διαδικασία της εξατομίκευσης, εξερευνώντας και αποδεχόμενος όλα τα μέρη του εαυτού του. Επιπλέον, η θρησκεία ήταν ένα μέσο επικοινωνίας μεταξύ όλων των τύπων ανθρώπων, γιατί παρόλο που οι θρησκείες διέφεραν, τα αρχέτυπα και τα σύμβολα παρέμειναν τα ίδια.
Ο Γιουνγκ δεν ασκούσε μια παραδοσιακή χριστιανική θρησκεία, αλλά μάλλον έκλινε προς την εξερεύνηση του αποκρυφισμού. Σε ορισμένες από τις επιστολές του Φρόιντ, κατηγορεί τον Γιουνγκ για αντισημιτισμό, βασισμένος όχι τόσο στην αποδοχή του Ιουδαϊσμού ως θρησκείας, αλλά μάλλον στις διακρίσεις κατά των Εβραίων γενικότερα. Ωστόσο, ο σεβασμός του Γιουνγκ για τις θρησκευτικές πτυχές της εβραϊκής ζωής ήταν μεγαλύτερος από τον σεβασμό του Φρόυντ.
Ο Φρόιντ και ο Γιουνγκ διαφώνησαν σχετικά με το τι αποτελούσε το ασυνείδητο. Ο Φρόιντ έβλεπε το ασυνείδητο ως μια συλλογή εικόνων, σκέψεων και εμπειριών που το άτομο αρνιόταν να επεξεργαστεί, οι οποίες οδηγούσαν σε νευρώσεις. Ο Jung πρόσθεσε σε αυτόν τον ορισμό δηλώνοντας ότι κάθε άτομο κατείχε επίσης ένα συλλογικό ασυνείδητο, μια ομάδα κοινών εικόνων και αρχέτυπων κοινών σε όλους τους ανθρώπους. Αυτά συχνά έφθαναν στην επιφάνεια του προσωπικού ασυνείδητου. Τα όνειρα θα μπορούσαν να ερμηνευτούν καλύτερα με την κατανόηση των συμβολικών σημείων αναφοράς των συμβόλων που μοιράζονται παγκοσμίως.
Ο Φρόιντ πίστευε ότι η κύρια κινητήρια δύναμη πίσω από τις δραστηριότητες των ανδρών και των γυναικών ήταν η καταστολή ή η έκφραση της σεξουαλικότητας. Η ανεκπλήρωτη σεξουαλικότητα οδήγησε σε παθολογικές καταστάσεις. Ο Γιουνγκ πίστευε ότι το σεξ αποτελούσε μόνο ένα από τα πολλά πράγματα που οδηγούν τους ανθρώπους. Το πιο σημαντικό, οι άνθρωποι οδηγούνται από την ανάγκη τους να επιτύχουν εξατομίκευση, ολότητα ή πλήρη γνώση του εαυτού τους. Πολλά συναισθήματα οδηγούν τους ανθρώπους να ενεργούν με ψυχολογικά ανθυγιεινούς τρόπους, αλλά όλοι αυτοί οι τρόποι ήταν μια λαχτάρα για την επιθυμία να νιώσουν ολοκληρωμένοι.
Το ασυνείδητο για τον Φρόιντ ήταν η εγκατάσταση αποθήκευσης για όλες τις καταπιεσμένες σεξουαλικές επιθυμίες, με αποτέλεσμα παθολογικές ή ψυχικές ασθένειες. Μόνο με την αποκάλυψη του ασυνείδητου θα μπορούσε ένα άτομο να ανακαλύψει πώς να ζήσει ευτυχισμένο και να αναρρώσει από ψυχικές ασθένειες. Ο Γιουνγκ, αντίθετα, ένιωθε ότι το ασυνείδητο συχνά προσπαθούσε μόνο του για την ολότητα και ότι η ψυχική ασθένεια δεν ήταν παθολογία, αλλά μια ασυνείδητη ρύθμιση των συναισθημάτων και η αποθηκευμένη εμπειρία που τείνει προς την εξατομίκευση.
Ο στόχος του θεραπευτή, σύμφωνα με τον Jung, ήταν να βοηθήσει το άτομο να αναγνωρίσει το έργο του ασυνείδητου και έτσι να βοηθήσει τον ασθενή να καταλάβει πώς καλύτερα να αγωνιστεί για εξατομίκευση που θα παρήγαγε ένα «ολόκληρο» άτομο.
Ενώ ο Φρόιντ τείνει προς έναν πολύ αριστοτεχνικό τρόπο να καταιγίζει το ασυνείδητο για να το απογυμνώσει από καταπιεσμένα συναισθήματα, η πορεία του Γιουνγκ είναι περισσότερο σύμφωνη με τους μεταγενέστερους ουμανιστές ψυχολόγους. Εμπνέει την ολιστική σχολή Gestalt και αργότερα τις θεραπευτικές σχολές.
Η ιδέα του ασυνείδητου είναι γενικά σχεδόν καθολικά αποδεκτή, ωστόσο ούτε ο Φρόιντ ούτε ο Γιουνγκ θεώρησαν ότι μετά από μια εξήγηση, ήταν απαραίτητη η συνέχιση της θεραπευτικής εργασίας. Μεταγενέστερες ψυχαναλυτικές σχολές, όπως αυτές που θέτουν αλλαγές στη συμπεριφορά, αποδείχθηκαν πιο επιτυχημένες στη θεραπεία ψυχικών ασθενειών. Μόλις γίνουν κατανοητά τα υποκείμενα συναισθήματα, το έργο έγκειται στο να βοηθήσουμε στην άρνηση αυτών των συναισθημάτων και στην αντικατάστασή τους με πιο θετικές σκέψεις. Αυτό το έργο είναι κάτι που τόσο ο Φρόυντ όσο και ο Γιουνγκ αγνόησαν. Ωστόσο, είμαστε υπόχρεοι και στους δύο θεωρητικούς για τη συμβολή τους στην ψυχιατρική. Στην πραγματικότητα, πιστώνεται ότι ξεκίνησαν τον τομέα της ψυχιατρικής.