Οι παρενέργειες της ομεπραζόλης κυμαίνονται από ήπια και κοινά σε πιο σοβαρά προβλήματα υγείας. Σε ορισμένες περιπτώσεις, αυτές οι παρενέργειες μπορεί να επηρεάσουν άλλες προϋπάρχουσες καταστάσεις. Μικρά παράπονα περιλαμβάνουν ναυτία και πόνο στο στομάχι, με συμπτώματα όπως οίδημα του στόματος και δυσκολία στην αναπνοή που υποδηλώνουν πιο σοβαρές αντιδράσεις στο φάρμακο. Η ομεπραζόλη χρησιμοποιείται συνήθως ως θεραπεία για χρόνια καούρα και παθήσεις παλινδρόμησης οξέος. Όπως με κάθε τύπο συνταγογραφούμενων φαρμάκων, η ιατρική κοινότητα συμβουλεύει θερμά τους ασθενείς να αναφέρουν οποιαδήποτε μικρή ή σοβαρή επιπλοκή από τη λήψη του φαρμάκου που αποδεικνύεται ότι είναι μακροχρόνια ή ενοχλητική.
Μεταξύ των πιο κοινών από τις παρενέργειες της ομεπραζόλης, η ναυτία και ο πόνος στο στομάχι είναι χαρακτηριστικές. Άλλοι τύποι στομαχικών διαταραχών μπορεί επίσης να εμφανιστούν, ειδικά έμετος και ήπιες κράμπες. Τα ασυνήθιστα συμπτώματα του αερίου μπορεί επίσης να αποτελέσουν πρόβλημα για ορισμένα άτομα που ξεκίνησαν πρόσφατα αυτό το είδος θεραπείας. Μερικοί ασθενείς στους οποίους συνταγογραφήθηκε αυτό το φάρμακο για την παλινδρόμηση οξέος αναφέρουν μικρά προβλήματα με πονοκεφάλους που εμφανίζονται συχνά. Οι περισσότεροι ιατροί δεν βλέπουν αυτά τα συμπτώματα ως ιδιαίτερα επικίνδυνα, αν και συνιστάται ο ασθενής να επικοινωνήσει με το γιατρό του εάν τα ερεθιστικά συμπτώματα δεν υποχωρήσουν μόνα τους σε κατάλληλο χρονικό διάστημα.
Αν και ασυνήθιστες, μέτριες παρενέργειες της ομεπραζόλης έχουν αναφερθεί και από ασθενείς. Μερικοί άνθρωποι έχουν παρουσιάσει αντιδράσεις στην ομεπραζόλη που μιμούνται στενά τα συμπτώματα κοινών αλλεργικών κρίσεων όπως δερματικό εξάνθημα, κνίδωση και αισθήματα σφίξιμο στο στήθος. Αυτοί οι ασθενείς μπορεί επίσης να παρατηρήσουν κάποια δυσκολία στην αναπνοή και πρήξιμο του στόματος, συμπεριλαμβανομένης της γλώσσας και των χειλιών. Άλλες εκδηλώσεις ανεπιθύμητων ενεργειών είναι συμπτώματα που μοιάζουν με γρίπη, όπως πυρετός, ρίγη και πονόλαιμος. Οι ασθενείς που παρουσιάζουν αυτές τις ανεπιθύμητες ενέργειες θα πρέπει να καλέσουν τον συνταγογραφούντα γιατρό το συντομότερο δυνατό για οδηγίες σχετικά με τη συνέχιση ή όχι της φαρμακευτικής αγωγής.
Σε πολύ σπάνιες περιπτώσεις, έχουν αναφερθεί απίστευτα σοβαρές παρενέργειες της ομεπραζόλης, συμπεριλαμβανομένων έντονου πόνου στα οστά, επιληπτικών κρίσεων και ανεξήγητων και ασυνήθιστων μώλωπες και αιμορραγία. Μερικοί ασθενείς παρουσίασαν επίσης κόκκινο δέρμα και φουσκάλες, σοβαρές αλλαγές στην όραση και υπερβολική κόπωση κατά τη λήψη ομεπραζόλης. Το στομάχι μπορεί επίσης να επηρεαστεί με επώδυνες και χρόνιες κράμπες και διάρροια. Επιπρόσθετες σοβαρές αντιδράσεις είναι η παρουσία ασυνήθιστα σκούρα ούρα, πρήξιμο των χεριών και των ποδιών, καθώς και η ξαφνική αύξηση βάρους. Αυτές οι φαρμακευτικές αλλεργικές αντιδράσεις υποδεικνύουν την πιθανότητα προβλημάτων με τα νεφρά και το συκώτι και ο ασθενής θα πρέπει να ενημερώσει το γιατρό του και να αναζητήσει άμεση ιατρική βοήθεια εάν εμφανιστούν αυτά τα συμπτώματα.