Τα χλαμύδια είναι από τις πιο κοινές σεξουαλικά μεταδιδόμενες λοιμώξεις και υπάρχουν διάφοροι τύποι αντιβιοτικών φαρμάκων που διατίθενται για τη θεραπεία τους. Τα δύο πιο δημοφιλή φάρμακα για τα χλαμύδια είναι η δοξυκυκλίνη και η αζιθρομυκίνη, αντιβιοτικά που θεωρούνται τα πιο αποτελεσματικά. Η οφλοξασίνη και η λεβοφλοξασίνη είναι επίσης συνήθως επιτυχείς στην εξάλειψη της λοίμωξης, αλλά συχνά είναι πιο ακριβά από τα δύο κορυφαία φάρμακα. Οι έγκυες ασθενείς συνήθως πρέπει να χρησιμοποιούν άλλες επιλογές όταν πρόκειται για φαρμακευτική αγωγή για χλαμύδια, επειδή μια από τις πιο δημοφιλείς θεραπείες, η δοξυκυκλίνη, δεν θεωρείται ασφαλής κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης. Έτσι, οι έγκυες γυναίκες είναι πιο πιθανό να συνταγογραφηθούν ερυθρομυκίνη ή αμοξικιλλίνη.
Η δοξυκυκλίνη ήταν από καιρό το προτιμώμενο φάρμακο για τα χλαμύδια, επειδή έχει αποδειχθεί ότι είναι το πιο επιτυχημένο στην εξάλειψη της νόσου, σύμφωνα με μελέτες. Συχνά είναι το φθηνότερο διαθέσιμο φάρμακο για τα χλαμύδια, αλλά ένα από τα μειονεκτήματά του είναι ότι πρέπει να λαμβάνεται δύο φορές την ημέρα για επτά ημέρες. Δεν χορηγείται σε έγκυες ή θηλάζουσες ασθενείς, γιατί δεν θεωρείται ασφαλές για αγέννητα μωρά και βρέφη. Αντίθετα, σε αυτούς τους ασθενείς μπορεί να προσφερθεί αζιθρομυκίνη, η οποία είναι το επόμενο πιο δημοφιλές φάρμακο για τα χλαμύδια. Το κύριο πλεονέκτημά του είναι ότι οι ασθενείς χρειάζονται μόνο μία δόση για να καταπολεμήσουν τη μόλυνση, αλλά το μειονέκτημα είναι ότι πρέπει να περιμένουν μια εβδομάδα για να έχουν σεξουαλική επαφή μετά τη λήψη αυτού του φαρμάκου.
Η οφλοξασίνη είναι ένας άλλος τύπος φαρμάκου για τα χλαμύδια και ενώ θεωρείται εξίσου αποτελεσματική με τη δοξυκυκλίνη και την αζιθρομυκίνη, είναι συνήθως πιο ακριβή. Αυτός είναι ο κύριος λόγος που δεν χορηγείται συχνά από τους γιατρούς. Όπως η δοξυκυκλίνη, η οφλοξασίνη πρέπει να λαμβάνεται δύο φορές την ημέρα για μια εβδομάδα και δεν μπορεί να ληφθεί από έγκυες ή θηλάζουσες γυναίκες. Η λεβοφλοξασίνη είναι ένα παρόμοιο φάρμακο που μερικές φορές αντικαθιστά άλλα φάρμακα για τα χλαμύδια, αλλά συνήθως είναι εξίσου ακριβό με την οφλοξασίνη.
Η αζιθρομυκίνη είναι μόνο ένας από τους τύπους φαρμάκων για τα χλαμύδια που θεωρείται ασφαλής για χρήση κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης, αλλά υπάρχουν φθηνότερες επιλογές. Οι γιατροί μπορεί επίσης να συνταγογραφήσουν τη λιγότερο ακριβή αμοξικιλλίνη, αν και αυτός ο τύπος πενικιλίνης σπάνια χορηγείται σε ασθενείς που δεν είναι έγκυες επειδή δεν είναι τόσο αποτελεσματική όσο άλλα φάρμακα για τα χλαμύδια. Μια άλλη επιλογή που είναι φθηνή και συνήθως αποτελεσματική στις έγκυες γυναίκες είναι η ερυθρομυκίνη. Θεωρείται ένας από τους λιγότερο δημοφιλείς τύπους φαρμάκων για χλαμύδια επειδή πρέπει να λαμβάνεται τέσσερις φορές την ημέρα για επτά ημέρες. Η τάση του να προκαλεί γαστρεντερικά προβλήματα προσθέτει επίσης στην έλλειψη δημοτικότητάς του μεταξύ των εγκύων ασθενών και των γιατρών.