Τα cupcakes είναι η τέλεια εναλλακτική για μία μερίδα στα παραδοσιακά κέικ και πίτες. Λόγω της λεπτής φύσης τους, τα cupcakes συνήθως αποθηκεύονται και μεταφέρονται σε ειδικά σχεδιασμένα κουτιά που βοηθούν στην αποφυγή ζημιών. Οι αγοραστές μπορούν να επιλέξουν από πολλούς τύπους κουτιών cupcake κατά τη μεταφορά αυτών των κέικ, συμπεριλαμβανομένων βασικών και εξαιρετικά διακοσμητικών μονάδων. Τόσο τα πλαστικά όσο και τα χαρτόκουτα είναι διαθέσιμα, ανάλογα με το πόση προστασία χρειάζεται, και καθένα από αυτά τα υλικά μπορεί να κατασκευαστεί για να μεταφέρει οπουδήποτε από ένα έως δώδεκα cupcakes ή περισσότερα.
Τα πλαστικά κουτιά cupcakes κατασκευασμένα από υλικά όπως το πολυαιθυλένιο χρησιμεύουν ως μια από τις πιο παραδοσιακές επιλογές για τη μεταφορά cupcakes. Αυτές οι μονάδες διαθέτουν συνήθως σχέδιο με όστρακο, με καπάκι που κουμπώνει σταθερά στη θέση του και παραμένει στη θέση του. Τα πλαστικά κουτιά μπορούν να προ-καλουπωθούν για να χωρέσουν έναν ορισμένο αριθμό cupcakes ή μπορεί να διαθέτουν ένα λείο εσωτερικό που μπορεί να χωρέσει οποιοδήποτε αριθμό μονάδων σε ένα μόνο διαμέρισμα. Αυτά τα κουτιά είναι ιδιαίτερα δημοφιλή στους χονδρεμπόρους και τους αρτοποιούς που πωλούν προσυσκευασμένα cupcakes. Τα πλαστικά κουτιά cupcakes προσφέρουν ανώτερη αντοχή και αντοχή στην υγρασία και μπορούν να βρεθούν σε μεγέθη μίας μερίδας ή μεγαλύτερα.
Τα χαρτόκουτα cupcakes προσφέρουν συνήθως μια πιο διακοσμητική εμφάνιση από τα πλαστικά, καθιστώντας τη συσκευασία αναπόσπαστο μέρος της εμπειρίας. Ορισμένα διαθέτουν συμπαγές εξωτερικό, ενώ άλλα ενσωματώνουν πλαστικό καπάκι ώστε οι αγοραστές να μπορούν να δουν ακριβώς τι παίρνουν χωρίς να ανοίξουν το κουτί. Τα αρτοποιεία συχνά ενσωματώνουν ειδικά ένθετα σε αυτά τα κουτιά για να διατηρούν τα cupcakes χωριστά και όρθια κατά τη διάρκεια της αποστολής. Μερικά έχουν μέγεθος για να χωρέσουν ένα μόνο cupcake, ενώ άλλα χωράνε μια ντουζίνα ή περισσότερα.
Σε εξειδικευμένα αρτοποιεία, στους πελάτες που αγοράζουν μόνο ένα cupcake μπορεί να δοθεί ένα ειδικό δώρο ή ένα κουτί προβολής. Αυτά τα κουτιά για cupcakes μπορούν να κατασκευαστούν από διακοσμητικό χαρτόνι ή διαφανές πλαστικό και μπορούν να διακοσμηθούν με κορδέλα ή άλλα αντικείμενα. Τα κουτιά δώρου μίας μερίδας διευκολύνουν τους αγοραστές να αντιμετωπίσουν το cupcake ως μια πολυτελή εμπειρία ή να μεταφέρουν ένα cupcake σε έναν φίλο ως ξεχωριστή απόλαυση. Αυτά τα κουτιά χρησιμοποιούνται επίσης σε πάρτι και άλλες εκδηλώσεις για την παροχή cupcakes στους επισκέπτες ως μπομπονιέρα για πάρτι.
Ενώ το τυπικό κουτί cupcake έχει τετράγωνο ή ορθογώνιο σχήμα με επίπεδο καπάκι, άλλα είναι πιο εξειδικευμένα. Ορισμένα δοχεία μίας μερίδας είναι στρογγυλά με καπάκι που κουμπώνει από διαφανές πλαστικό. Τα χαρτόκουτα οποιουδήποτε μεγέθους μπορεί να έχουν ένα πιο διακοσμητικό σχέδιο καπακιού, όπου διαφορετικά τμήματα διπλώνουν μεταξύ τους και συμπλέκονται για να σχηματίσουν ένα καπάκι με αέτωμα ή ακόμη και ένα σχέδιο που μοιάζει με κορδέλα. Ορισμένα κουτιά για cupcakes υψηλών προδιαγραφών διαθέτουν ακόμη και ενσωματωμένη λαβή, η οποία δημιουργείται διπλώνοντας το καπάκι χρησιμοποιώντας μια ειδική τεχνική.