Τα τσάκρα είναι σημεία μέσα και πάνω στο ανθρώπινο σώμα που παραδοσιακά συνδέονται με διάφορες πτυχές της ενέργειας και των δυνάμεων της ζωής. Κάθε ένα από τα επτά τσάκρα θεωρείται ότι συνδέεται με ένα συγκεκριμένο χρώμα και με τη σειρά του ορισμένους τύπους πολύτιμων λίθων τσάκρα που καθορίζονται από το χρώμα του εστιακού σημείου. Η εφαρμογή των πολύτιμων λίθων στα κατάλληλα μέρη του σώματος θεωρείται ότι βοηθά στην ευθυγράμμιση των τσάκρα του ατόμου με τον έξω κόσμο. καθώς αυτές οι επιλογές πολύτιμων λίθων βασίζονται σε μεγάλο βαθμό στο χρώμα, μια μεγάλη ποικιλία γίνεται αποδεκτή ως ακριβής.
Το τσάκρα της ρίζας σχετίζεται με τη σπονδυλική στήλη και την περιοχή γύρω από το κάτω μέρος της πλάτης και αντιπροσωπεύεται με κόκκινο. Επομένως, όλοι οι πολύτιμοι λίθοι τσάκρα που σχετίζονται με αυτό το εστιακό σημείο είναι κόκκινοι. Μερικά από τα πιο συχνά παρατηρούμενα είναι το ρουμπίνι, ο κόκκινος ίασπις και ο γρανάτης, αν και μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν ροζ πέτρες όπως ο ροδοχρωσίτης και ο ροζ χαλαζίας. Πάνω από αυτό είναι το τσάκρα που σχετίζεται με το πορτοκάλι και με τα αναπαραγωγικά όργανα και τα εντόσθια. Ο χαλαζίας Carnelian, οπάλιο φωτιάς, κεχριμπάρι και μανταρινιού χαλαζίας συνδέονται με αυτό το ιερό τσάκρα.
Στο ηλιακό πλέγμα βρίσκεται το τρίτο τσάκρα, η μανιπούρα. Οι πολύτιμοι λίθοι κίτρινου τσάκρα όπως το τοπάζι, η κιτρίνη και το κεχριμπάρι χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία παθήσεων που επικεντρώνονται σε αυτό το τσάκρα. Τοποθετημένο ακριβώς πάνω από αυτό στο σώμα, το τσάκρα της καρδιάς, ή anahata, συνδέεται ίσως εκπληκτικά με το πράσινο. Υπάρχουν πολλές πράσινες πέτρες που χρησιμοποιούνται σε συνδυασμό με το τσάκρα της καρδιάς, όπως το σμαράγδι, ο μαλαχίτης, ο νεφρίτης, ο πράσινος χαλαζίας και η χρυσοπράση. Το τσάκρα του λαιμού είναι μπλε και πέτρες όπως το λάπις λάζουλι και τα ζαφείρια χρησιμοποιούνται συνήθως σε συνδυασμό με αυτό.
Το τσάκρα του τρίτου ματιού, που βρίσκεται στο μέτωπο, είναι indigo και συνήθως συνδέεται με ζαφείρια, αζουρίτη και αμέθυστο. Το τελικό τσάκρα, το στέμμα, θεωρείται ότι είναι στενά δεμένο με το μωβ χρώμα. Οι πέτρες είναι παρόμοιες με αυτές που χρησιμοποιούνται με το τσάκρα του τρίτου ματιού, αν και η απόχρωση των πολύτιμων λίθων του τσάκρα είναι σημαντική. Οι πιο σκούρες μοβ πέτρες όπως ο οψιανός είναι μια αντανάκλαση της θλίψης, ενώ οι ανοιχτόχρωμες πέτρες όπως ο αμέθυστος μπορούν να αντιπροσωπεύουν την αγάπη του ατόμου για τους συνανθρώπους του.
Οι διαφορετικοί πολύτιμοι λίθοι τσάκρα χρησιμοποιούνται για διαφορετικούς σκοπούς. Οι πέτρες indigo που σχετίζονται με το τσάκρα του τρίτου ματιού μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την αύξηση του βάθους του διαλογισμού, ενώ η χρήση των κίτρινων λίθων στο ηλιακό πλέγμα πιστεύεται ότι βοηθά ένα άτομο να οργανώσει τις σκέψεις και να εστιάσει το μυαλό. Καθώς το χρώμα της πέτρας είναι το πιο σημαντικό, η επιλογή των λίθων μπορεί να προσαρμοστεί στις ανάγκες και τα γούστα του ατόμου.