Τα στερεοσκοπικά μικροσκόπια είναι επίσης γνωστά ως στερεοσκοπικά μικροσκόπια, μικροσκόπια επιθεώρησης και μικροσκόπια ανατομής. Μοιάζουν με διόφθαλμα σύνθετα μικροσκόπια, αλλά έχουν μια ουσιαστική διαφορά. Ένα διόφθαλμο σύνθετο μικροσκόπιο έχει έναν στόχο και ένα ταιριαστό ζευγάρι προσοφθάλμιων φακών. Ένα πρίσμα χρησιμοποιείται για να χωρίσει τη δέσμη φωτός από την εικόνα που σχηματίζεται από τον αντικειμενικό στόχο σε κάθε μάτι. Αυτό δεν είναι το ίδιο με ένα στερεοσκοπικό μικροσκόπιο, παρόλο που έχει δύο προσοφθάλμιους φακούς.
Η βασική διαφορά στη δομή μεταξύ ενός διόφθαλμου σύνθετου μικροσκοπίου και ενός στερεοσκοπικού μικροσκοπίου είναι ότι ένα στερεοσκοπικό μικροσκόπιο δεν έχει μόνο δύο προσοφθάλμιους φακούς αλλά και δύο στόχους. Εξαιτίας αυτού, ο θεατής χρησιμοποιώντας ένα στερεοσκοπικό μικροσκόπιο βλέπει το αντικείμενο από δύο ελαφρώς διαφορετικές γωνίες, κάνοντας το αντικείμενο να εμφανίζεται τρισδιάστατα. Ωστόσο, δύο διαφορετικοί τύποι στερεοσκοπικών μικροσκοπίων —σταθερά και ζουμ— εξακολουθούν να προσφέρουν παραλλαγές στη μεγέθυνση και στο αν μπορεί κανείς να την αλλάξει. Συχνά, τα στερεοσκοπικά μικροσκόπια έχουν μικρότερη ισχύ από τα σύνθετα μικροσκόπια. Είτε έχουν σταθερή μεγέθυνση είτε με ζουμ, είναι γενικά κάτω από 100x μεγέθυνση. Υπάρχει, ωστόσο, ένας τύπος στερεοσκοπικού μικροσκοπίου που έχει αρθρωτό σχεδιασμό, επιτρέποντας στον χρήστη να συναρμολογήσει τη βάση, τη συσκευή φωτισμού, τους αντικειμενικούς φακούς και τους προσοφθάλμιους φακούς που ταιριάζουν στις ανάγκες.
Υπάρχουν και άλλες σημαντικές διαφορές μεταξύ των στερεοσκοπικών μικροσκοπίων και των σύνθετων μικροσκοπίων επίσης. Ένα στερεοσκοπικό μικροσκόπιο παρέχει στον θεατή μια όρθια και πλευρικά σωστή εικόνα σε αντίθεση με την ανάποδη και προς τα πίσω εικόνα που παρέχει ένα σύνθετο μικροσκόπιο. Το στερεοσκοπικό μικροσκόπιο έχει επίσης μεγαλύτερη απόσταση στις περισσότερες περιπτώσεις μεταξύ της σκηνής και του αντικειμενικού φακού, έτσι ώστε το δείγμα να μπορεί να εργαστεί ή να ανατομευτεί κατά την προβολή του. Επιπλέον, ένα σύστημα flex-arm δημιουργεί έναν διαφορετικό τύπο στερεοσκοπικού μικροσκοπίου: ένα στο οποίο η σκηνή είναι οποιαδήποτε επιφάνεια θέλετε και πολύ περισσότερος χώρος εργασίας είναι διαθέσιμος. Με αυτό το σύστημα, η βάση του στερεοσκοπικού μικροσκοπίου απουσιάζει και το πάνω μέρος με τους προσοφθάλμιους φακούς και τους αντικειμενικούς φακούς είναι τοποθετημένο σε έναν εύκαμπτο βραχίονα που μπορεί να ανυψωθεί σε ύψος 2.5 ποδιών (762 μέτρα). Τα προσαρμοσμένα συστήματα μπορούν επίσης να σχεδιαστούν με την κεφαλή του στερεοσκοπικού μικροσκοπίου τοποθετημένη σε βάση μπούμας.
Μια άλλη διαφορά στους τύπους στερεοσκοπικών μικροσκοπίων είναι ο τύπος φωτισμού που χρησιμοποιούν—για παράδειγμα, δακτυλιοειδής λυχνία LED, λαμπτήρας φθορισμού ή οπτικές ίνες, εάν είναι εξοπλισμένα με ψηφιακή κάμερα ή/και δυνατότητα βίντεο και εάν περιλαμβάνουν οθόνη βίντεο. Διάφοροι τύποι στερεοσκοπικών μικροσκοπίων κατασκευάζονται για χρήστες από παιδιά έως επαγγελματίες. Οι τιμές κυμαίνονται από λιγότερο από $100 δολάρια ΗΠΑ (USD) έως τουλάχιστον $14,000 USD—αυτό ισχύει για ένα Leica M125 Trinocular Zoom Stereo Microscope με εργονομική κεκλιμένη κεφαλή, βάση μεταδιδόμενου φωτός με οπτικές ίνες φωτεινού πεδίου/σκοτεινού πεδίου και εύρος ζουμ 8x έως 100x.