Τα συστήματα χρηματοοικονομικής λογιστικής μπορεί να είναι χειροκίνητα συστήματα, αλλά συνήθως είναι προγράμματα λογισμικού. Κανονικά, ένα σύστημα χρηματοοικονομικής λογιστικής είναι μέρος ενός μεγαλύτερου συστήματος λογισμικού που είναι αφιερωμένο στην παροχή συνολικών διοικητικών υπηρεσιών για έναν οργανισμό, αλλά μπορεί επίσης να είναι αυτόνομα προγράμματα. Τα λογιστικά συστήματα μπορούν να ταξινομηθούν ανάλογα με τον τύπο του οργανισμού που τα χρησιμοποιεί, τη μέθοδο που χρησιμοποιείται για την οργάνωση των οικονομικών και τον τρόπο με τον οποίο το λογιστικό σύστημα αναγνωρίζει τις συναλλαγές, συμπεριλαμβανομένης της απόκτησης μετρητών και της πραγματοποίησης πληρωμών. Οι συνήθεις τύποι μεθόδων συστημάτων χρηματοοικονομικής λογιστικής περιλαμβάνουν συστήματα ανάλυσης διεργασιών, λογαριασμών και συναλλαγών. Αυτά τα συστήματα μπορούν επίσης να ανταποκριθούν στον τύπο του οργανισμού, είτε ο οργανισμός είναι κυβερνητικό τμήμα, σχολείο ή επιχείρηση λιανικής.
Οι διαδικασίες που διεξάγονται από αυτά τα συστήματα είναι πολλές, αλλά περιλαμβάνουν διαδικασίες διαχείρισης μετρητών, διαδικασίες μισθοδοσίας και φορολογικές διαδικασίες. Μπορούν επίσης να χειριστούν τα έξοδα των εργαζομένων, συμπεριλαμβανομένων των επιστροφών για έξοδα εργασίας, όπως γεύματα και ταξίδια. Ανάλογα με τον οργανισμό, ένα σύστημα χρηματοοικονομικής λογιστικής μπορεί να περιλαμβάνει πρόσθετες λειτουργίες για τη διαχείριση άλλων πτυχών της καθημερινής επιχείρησης.
Τα χαρακτηριστικά διαφέρουν μεταξύ των συστημάτων, πράγμα που σημαίνει ότι κανένα σύστημα δεν είναι το καλύτερο για όλους τους τύπους οργανισμών. Είναι σημαντικό να ταιριάζουν οι δυνατότητες ενός λογιστικού συστήματος με τις ανάγκες του χρήστη του. Για παράδειγμα, τα συστήματα χρηματοοικονομικής λογιστικής για τα εκπαιδευτικά ιδρύματα διαχειρίζονται γενικά τα λειτουργικά οικονομικά εκτός από το χειρισμό οικονομικών συνεισφορών. Τα οικονομικά ενός σχολείου ή πανεπιστημίου θα περιλαμβάνουν εκπαιδευτικά και γενικά έξοδα, ενώ ένα λογιστικό σύστημα για μια επιχείρηση λιανικής μπορεί να χρειαστεί να διαχειρίζεται κατηγορίες για πρώτες ύλες και λιανικές πωλήσεις.
Η απόκτηση του σωστού τύπου λογιστικού συστήματος είναι ιδιαίτερα σημαντική όταν πρόκειται για χρηματοδότηση για έναν μεγάλο οργανισμό όπως ένα πανεπιστήμιο ή ένα δημόσιο σχολικό σύστημα. Κατά τον χειρισμό τύπων χρηματοδότησης για έναν εκπαιδευτικό οργανισμό, οι κατηγορίες μπορεί να περιλαμβάνουν δάνεια, δωρεές και χρηματοδότηση από κυβερνητικούς οργανισμούς. Αυτές οι πηγές χρηματοδότησης πρέπει συχνά να καταγράφονται και να υποβάλλονται σε επεξεργασία ξεχωριστά, επειδή ορισμένα κεφάλαια έχουν περιορισμένους σκοπούς ή όρους χρηματοδότησης που αλλάζουν τον τρόπο με τον οποίο ένας λογιστής πρέπει να καταγράφει τις συναλλαγές του.
Τα συστήματα χρηματοοικονομικής λογιστικής συχνά διαφέρουν όταν χρησιμοποιούνται για διαφορετικούς σκοπούς. Τα συστήματα ανάλυσης των οικονομικών μιας επιχείρησης για επενδυτικούς σκοπούς από έναν χρήστη εκτός εταιρείας θα διαφέρουν ως προς τη διεπαφή και τη λειτουργία από τα συστήματα διαχείρισης λογιστικών που ασχολούνται με την εισαγωγή οικονομικών δεδομένων και τη χρήση οικονομικών πληροφοριών εντός της εταιρείας. Αυτό οφείλεται κυρίως στο ότι ένας επενδυτής που εξετάζει οικονομικές πληροφορίες για μια εταιρεία απαιτεί διαφορετικό σύνολο πληροφοριών και χαρακτηριστικών από ό,τι απαιτεί ένας διαχειριστής εταιρείας από εσωτερικά συστήματα οικονομικής διαχείρισης.
Τα προγράμματα λογισμικού που διαθέτουν συστήματα χρηματοοικονομικής λογιστικής έχουν γενικά χαρακτηριστικά που περιλαμβάνουν λειτουργίες ανθρώπινων πόρων, προγραμματισμού και διαχείρισης διαδικασιών. Τα πολυλειτουργικά συστήματα λογισμικού διαχείρισης έχουν σχεδιαστεί για να επιτρέπουν σε έναν οργανισμό να ενσωματώνει και να μοιράζεται πληροφορίες σε διάφορα τμήματα της εταιρείας. Χρησιμοποιώντας αυτούς τους τύπους συστημάτων, ένας οργανισμός όπως ένα σχολείο μπορεί να έχει τη διοίκηση να εισάγει απευθείας πληροφορίες που είναι διαθέσιμες σε όλα τα εξουσιοδοτημένα μέρη εντός του συστήματος, επιταχύνοντας τις λειτουργίες και ενδεχομένως αυξάνοντας την ακρίβεια των πληροφοριών εντός του συστήματος.