Σχεδόν όλη η επιστημονική έρευνα συνοδεύεται από κινδύνους, και η νανοεπιστήμη σίγουρα δεν διαφέρει από αυτή την άποψη. Ωστόσο, οι κίνδυνοι αυτού του τομέα μπορεί να ακούγονται πιο τρομακτικοί από άλλες επιστημονικές έρευνες, επειδή συχνά ακούγονται περισσότερο σαν επιστημονική φαντασία παρά με γεγονότα. Οι κίνδυνοι που συνδέονται συχνότερα με αυτό το πεδίο περιλαμβάνουν τις ανεξέλεγκτες νανομηχανές, τα νανοόπλα και τους χειρότερους, απρόβλεπτους κινδύνους. Το εάν κάποιος από αυτούς τους κινδύνους είναι πολύ σοβαρός μένει να φανεί.
Η νανοεπιστήμη είναι η μελέτη μικροσκοπικών μηχανών, καθεμία από τις οποίες έχει την ικανότητα να εκτελεί λειτουργίες σε κυτταρικό επίπεδο, σε μοριακό επίπεδο ή ακόμα και σε ατομικό επίπεδο. Η Nanoscience δημιουργεί αυτά τα μικροσκοπικά μηχανήματα με στόχο να εκτελούν λειτουργίες που θα φαινόταν σχεδόν θαυματουργές με τυπικές διαδικασίες. Οι νανομηχανές έχουν τη δυνατότητα να κάνουν λεπτές χειρουργικές επεμβάσεις, να θεραπεύουν ασθένειες που δεν σταμάτησαν στο παρελθόν, να μετατρέπουν τα τοξικά απόβλητα σε αβλαβή και χρήσιμα υλικά και να κατασκευάζουν σχεδόν οτιδήποτε μπορεί να φανταστεί κανείς από βασικά υλικά. Εάν αξιοποιήσει πλήρως τις δυνατότητές της, η νανοεπιστήμη μπορεί να αλλάξει τον κόσμο με φανταστικούς και υπέροχους τρόπους.
Φυσικά, με τόσες πολλές δυνατότητες να κάνει μεγάλο καλό, η νανοεπιστήμη έχει ίσες δυνατότητες να κάνει μεγάλο κακό. Ο πιο συζητημένος πιθανός κίνδυνος αναφέρεται συχνά απλώς ως Grey Goo. Πρωταρχικός στόχος αυτού του τομέα είναι η δημιουργία μικροσκοπικών νανομηχανών, οι οποίες μπορούν να αλλάξουν τα πράγματα σε μοριακό ή ατομικό επίπεδο. Ο καρκινικός ιστός στο σώμα ενός ατόμου θα μπορούσε να μετατραπεί σε υγιή ιστό ή ένα σκουριασμένο εργαλείο θα μπορούσε να γίνει ξανά υγιής χάλυβας.
Ο φόβος είναι ότι οι ανεξέλεγκτες νανομηχανές θα μπορούσαν να λειτουργήσουν ανεξέλεγκτες, κάνοντας ανεπιθύμητες αλλαγές. Αντί να θεραπεύουν τον καρκίνο, μπορεί να μετατρέψουν τα υγιή κύτταρα σε καρκίνο. Αντί να επισκευάσουν σπασμένα μηχανήματα, μπορεί να αλλάξουν τα πάντα σε άχαρο, γκρι σκούρο.
Ένας άλλος κίνδυνος της νανοεπιστήμης είναι ότι οι άνθρωποι μπορεί να προσπαθήσουν να μετατρέψουν τις νανομηχανές σε όπλα. Αυτά τα μικροσκοπικά μηχανήματα θα μπορούσαν να κατασκευαστούν για να καταστρέφουν κτίρια και μηχανές, να μετατρέπουν τα τρόφιμα σε δηλητήριο, να ακτινοβολούν τα αποθέματα νερού, να κόβουν καλώδια ρεύματος ή απλά να σκοτώνουν ανθρώπους. Καμία τυπική άμυνα ενάντια σε αυτά τα νανοόπλα δεν θα ήταν αποτελεσματική, επομένως θα πρέπει να αναπτυχθούν νανο-αντίμετρα. Η νανοεπιστήμη είναι πολύ επικίνδυνη για να στραφεί σε καταστροφικούς σκοπούς.
Ίσως ο πιο επικίνδυνος κίνδυνος της νανοεπιστήμης είναι αυτός που δεν είναι ακόμη πλήρως κατανοητός. Επειδή είναι ένα τόσο νέο πεδίο, μπορεί να υπάρχουν απρόβλεπτοι κίνδυνοι που δεν έχουν ακόμη διερευνηθεί πλήρως. Είναι σημαντικό ο κόσμος να αντιμετωπίζει αυτόν τον τομέα με τον μέγιστο σεβασμό και προσοχή.