Ο μισθός ενός θαλάσσιου βιολόγου μπορεί να εξαρτάται από την ειδικότητα, την τοποθεσία και τον εργοδότη, καθώς και την εμπειρία και τα προσόντα. Οι θέσεις εισόδου για άτομα με χαμηλά προσόντα τείνουν να πληρώνουν λιγότερο, με την κλίμακα αποδοχών να αυξάνεται καθώς οι άνθρωποι αποκτούν εμπειρία και πρόσθετα πτυχία ή πιστοποιήσεις. Η σταδιοδρομία σε αυτόν τον τομέα μπορεί να απαιτήσει προηγμένα πτυχία με επτά ή περισσότερα έτη εκπαίδευσης, μια σημαντική επένδυση, πριν αρχίσουν οι άνθρωποι να εργάζονται. Σε ορισμένες περιπτώσεις είναι δυνατό να διατηρηθεί μια θέση εισόδου ενώ βρίσκεστε στο σχολείο, αν και μπορεί να χρειαστεί περισσότερος χρόνος για να αποφοιτήσετε.
Ένας σημαντικός παράγοντας είναι σε τι εστιάζει ο θαλάσσιος βιολόγος. Εάν ένα θέμα είναι ασαφές, ειδικά στον τομέα της καθαρής έρευνας, μπορεί να μην υπάρχουν πολλά χρήματα και ο μισθός του βιολόγου θαλάσσης να είναι σχετικά χαμηλός. Αντίθετα, τα θέματα ενδιαφέροντος, ιδίως τα πράγματα που επηρεάζουν τις βιομηχανίες που βασίζονται σε θαλάσσιους οργανισμούς, μπορούν να πληρώσουν καλά. Κάποιος που εστιάζει στην αλιεία, για παράδειγμα, μπορεί να κάνει περισσότερα από ένα άτομο που μελετά ένα σκοτεινό ψάρι χωρίς εμπορική αξία.
Η τοποθεσία παίζει επίσης ρόλο στον μισθό ενός θαλάσσιου βιολόγου. Οι κλίμακες αμοιβών μπορεί να διαφέρουν ανάλογα με το έθνος και αυτό που μπορεί να θεωρηθεί καλή ή αποδεκτή αμοιβή σε ένα μέρος δεν είναι σε άλλο. Οι διαφορές στο κόστος ζωής, οι κοινωνικές υπηρεσίες που διατίθενται στους κατοίκους και άλλοι παράγοντες μπορούν να επηρεάσουν το πόσο είναι πρόθυμος να προσφέρει ένας εργοδότης. Οι άνθρωποι που εργάζονται διεθνώς μπορεί να θέλουν να εξετάσουν αυτό το ζήτημα. η εργασία στο εξωτερικό θα μπορούσε να προσφέρει ενδιαφέρουσες ευκαιρίες, αλλά μπορεί να μην πληρώνει όσο επιθυμούμε.
Η επιλογή του εργοδότη είναι μια άλλη βασική επιρροή στον μισθό ενός θαλάσσιου βιολόγου. Τα ιδιωτικά ιδρύματα, ειδικά αυτά που δραστηριοποιούνται στη βιομηχανία, τείνουν να πληρώνουν περισσότερα. Οι κυβερνητικές υπηρεσίες μπορεί να προσφέρουν λιγότερες αμοιβές και μερικές φορές να απαιτούν από τους θαλάσσιους βιολόγους να συντάσσουν επιχορηγήσεις για να υποστηρίξουν το έργο τους, κάτι που μπορεί να καταναλώσει πολύτιμο ερευνητικό χρόνο. Στα ακαδημαϊκά ιδρύματα, ο μισθός ενός θαλάσσιου βιολόγου μπορεί να διαφέρει ανάλογα με την εμπειρία και τη φήμη. Τα άτομα που ενδιαφέρονται να ακολουθήσουν σταδιοδρομία στον ακαδημαϊκό χώρο θα πρέπει να λάβουν πιστώσεις δημοσίευσης για να ενισχύσουν τη θέση τους στις διαπραγματεύσεις για τις αμοιβές.
Τα διαπιστευτήρια, η εμπειρία και η φήμη είναι επίσης κρίσιμα. Κάποιος με προχωρημένο πτυχίο, συμμετοχή σε αναγνωρισμένους οργανισμούς και επίσημες αναγνωρισμένες αξίες μπορεί να δικαιούται περισσότερες αμοιβές, όπως και κάποιος με περισσότερη εμπειρία στην κοινότητα της θαλάσσιας βιολογίας. Τα άτομα που θεωρούνται αξιόπιστοι και αξιόπιστοι ερευνητές τείνουν επίσης να πληρώνονται καλύτερα. Άλλοι θαλάσσιοι βιολόγοι επιβάλλουν υψηλούς μισθούς επειδή έχουν εκλαϊκεύσει το πεδίο μέσω βιβλίων, ταινιών και άλλων μέσων ενημέρωσης, και έχουν έτσι την αναγνώριση από το νοικοκυριό, γεγονός που καθιστά τα ιδρύματα πρόθυμα να τους προσλάβουν και πρόθυμοι να πληρώσουν για το προνόμιο.