Υπάρχει ένας αριθμός τεχνικών για τον έλεγχο της μύγας στην κουζίνα, συμπεριλαμβανομένων μεθόδων για την πρόληψη των προσβολών και για τον γρήγορο τερματισμό τους. Είναι σημαντικό να αναγνωρίζετε τις μύγες με ακρίβεια πριν ξεκινήσετε μια εκστρατεία εκρίζωσης, καθώς οι τεχνικές αποτελεσματικές για τις μύγες των φρούτων ενδέχεται να μην λειτουργούν με άλλα είδη. Οι μύγες των φρούτων είναι μικρές και τείνουν να έλκονται από φρούτα και γλυκά πράγματα που αφήνονται έξω στον πάγκο. Τείνουν επίσης να είναι πιο συχνές το φθινόπωρο.
Για να αποφευχθεί η προσβολή από μύγες φρούτων, είναι σημαντικό να αφαιρέσετε πηγές τροφής και νερού. Θα πρέπει να αντιμετωπιστούν οι διαρροές και άλλες πιθανές οδούς για την υγρασία. Αυτό θα περιορίσει επίσης τα μυρμήγκια και άλλους ανεπιθύμητους επισκέπτες. Εάν τα φρέσκα φρούτα πρέπει να μείνουν έξω και δεν μπορούν να σφραγιστούν σε δοχεία, θα πρέπει να φυλάσσονται σε κλειστό δοχείο για να μην υπάρχουν μύγες. Συνιστάται επίσης να ελέγχετε τυχόν ανοιχτά παράθυρα για να κρατήσετε τις μύγες των φρούτων και άλλα έντομα έξω από το σπίτι. Η διατήρηση της κουζίνας σχολαστικά καθαρή και το σχολαστικό ξέπλυμα όλων των ανακυκλώσεων, ειδικά των κουτιών και των μπουκαλιών αναψυκτικών, θα βοηθήσει επίσης. Αυτό εξαλείφει πιθανά αξιοθέατα, καθιστώντας μια κουζίνα λιγότερο ενδιαφέρουσα για τις μύγες των φρούτων.
Για άτομα που παρουσιάζουν πρόβλημα με μύγες φρούτων στην κουζίνα, το μυγόχαρτο μπορεί να βοηθήσει στην παγίδευση μυγών για αφαίρεση. Οι παγίδες είναι επίσης χρήσιμες. Μια πολύ απλή παγίδα μπορεί να γίνει ρίχνοντας μερικές ουγγιές ξύδι ή βάζοντας ένα μικρό κομμάτι φρούτου σε ένα βάζο και τοποθετώντας ένα χάρτινο χωνί, με μικρό άνοιγμα προς τα κάτω, πάνω του. Οι μύγες μπορούν να μπουν στο χωνί αλλά δυσκολεύονται να ξεφύγουν. Όταν η παγίδα είναι γεμάτη, οι φρουτόμυγες μπορούν να βγουν έξω.
Το εντομοκτόνο είναι επίσης μια επιλογή, αλλά πρέπει να χρησιμοποιείται προσεκτικά. Τα χημικά σπρέι μπορεί να είναι επικίνδυνα για παιδιά και κατοικίδια. Οι παγίδες μυγών με δολώματα πρέπει να φυλάσσονται μακριά από τρόφιμα και μακριά από νήπια και ζώα για ασφάλεια, και θα πρέπει επίσης να αδειάζονται αμέσως για να αποφευχθεί η συσσώρευση νεκρών μυγών.
Οι αποχετεύσεις μερικές φορές στοχεύουν ως πηγή ή ελκυστικό για μύγες φρούτων στην κουζίνα. Μερικά σφάλματα αναπαράγονται σε αποχετεύσεις, αλλά πιο συχνά, παγιδευμένο οργανικό υλικό στην αποχέτευση παρασύρει μύγες και οι άνθρωποι πιστεύουν ότι οι μύγες προέρχονται από τις αποχετεύσεις επειδή τις βλέπουν να αιωρούνται γύρω από τα ανοίγματα. Ένα ενζυματικό καθαριστικό μπορεί να χυθεί στην αποχέτευση για να διαλυθεί το φαγητό σε κέικ και να αφεθεί να ξεπλυθεί. Το να ρίξετε μαγειρική σόδα και ξύδι στην αποχέτευση και να ξεπλύνετε με βραστό νερό μπορεί επίσης να είναι αποτελεσματικό.