Η επιλογή του καλύτερου αυτοκινήτου βιοκαυσίμου μπορεί να εξαρτάται από τον τύπο της πηγής καυσίμου που θέλετε να χρησιμοποιήσετε. Οι δύο κύριοι τύποι βιοκαυσίμων που είναι συνήθως διαθέσιμοι είναι η αιθανόλη και το βιοντίζελ. Εάν θέλετε να χρησιμοποιείτε αιθανόλη στο αυτοκίνητο ή το φορτηγό σας, τότε πρέπει να βρείτε ένα όχημα ευέλικτου καυσίμου (FFV) που έχει σχεδιαστεί για να λειτουργεί με οποιονδήποτε συνδυασμό βενζίνης και αιθανόλης. Το βιοντίζελ μπορεί συνήθως να λειτουργήσει σε οποιονδήποτε κινητήρα ντίζελ που κατασκευάστηκε μετά το 1994, αν και μπορεί να είναι χρήσιμο να επικοινωνήσετε με τον κατασκευαστή για να επαληθεύσετε τη συγκεκριμένη συμβατότητα. Τόσο το βιοντίζελ όσο και η αιθανόλη έχουν παρόμοια χαρακτηριστικά με τα αντίστοιχα ορυκτά καύσιμα, αλλά οι διαφορές μπορεί να προκαλέσουν προβλήματα υπό ορισμένες συνθήκες.
Η αιθανόλη είναι ένα εναλλακτικό βιοκαύσιμο στη βενζίνη ή τη βενζίνη που μπορεί να προέρχεται από μια μεγάλη ποικιλία διαφορετικών φυτικών πηγών. Η βιομάζα μετατρέπεται σε αλκοόλη, αποστάζεται και στη συνέχεια εξευγενίζεται σε υψηλό βαθμό καθαρότητας. Αυτή η καθαρή αιθανόλη προστίθεται συχνά στη βενζίνη και μεγάλο μέρος του αερίου που αγοράζετε στην αντλία περιέχει κάποια ποσότητα. Η ευθεία αιθανόλη μπορεί να προκαλέσει προβλήματα εάν δεν χρησιμοποιηθεί σε ειδικό αυτοκίνητο βιοκαυσίμων. Αυτό οφείλεται κυρίως στο γεγονός ότι η αιθανόλη έχει χαμηλότερη ενεργειακή πυκνότητα από τη βενζίνη και επίσης στερείται λιπαντικών της ιδιοτήτων.
Για να ξεπεράσετε τα προβλήματα που σχετίζονται με τη χρήση ευθείας αιθανόλης, μπορείτε να αποκτήσετε ένα αυτοκίνητο βιοκαυσίμων γνωστό ως όχημα εύκαμπτου καυσίμου. Αυτά τα ειδικά οχήματα μπορούν να λειτουργούν με 100% καθαρή αιθανόλη ή οποιοδήποτε μείγμα αιθανόλης και βενζίνης. Πολλοί διαφορετικοί κατασκευαστές οχημάτων κατασκευάζουν αυτοκίνητα και φορτηγά FFV σε μια ποικιλία διαφορετικών διαμορφώσεων, οπότε θα έχετε συνήθως ορισμένες επιλογές για να επιλέξετε το καλύτερο αυτοκίνητο βιοκαυσίμων για τις ανάγκες σας. Μπορείτε επίσης να μετατρέψετε ένα υπάρχον όχημα ώστε να λειτουργεί με αιθανόλη, αν και τείνει να είναι μια περίπλοκη και κάπως δαπανηρή διαδικασία.
Το άλλο κύριο βιοκαύσιμο που μπορεί να σας ενδιαφέρει είναι το βιοντίζελ. Αυτό το καύσιμο συνήθως παράγεται με τη διεργασία μετεστεροποίησης σε φυτικό έλαιο ή ζωικό λίπος και μπορεί συχνά να χρησιμοποιηθεί σε μη τροποποιημένους κινητήρες ντίζελ. Η αγορά ενός αυτοκινήτου βιοκαυσίμου για να λειτουργεί με βιοντίζελ τείνει να είναι μια αρκετά εύκολη διαδικασία επειδή τα περισσότερα αυτοκίνητα και φορτηγά που κατασκευάστηκαν μετά το 1994 δεν απαιτούν τροποποιήσεις για να αλλάξουν από το πετροντίζελ. Η επιλογή του καλύτερου αυτοκινήτου βιοντίζελ μπορεί να είναι περισσότερο συνάρτηση του τι σκοπεύετε να χρησιμοποιήσετε το όχημα και του είδους των χιλιομέτρων που θέλετε να πάρετε. Μπορεί ακόμα να θέλετε να επικοινωνήσετε με τον κατασκευαστή για να επαληθεύσετε ότι ένας συγκεκριμένος κινητήρας δεν θα έχει προβλήματα με το βιοντίζελ, ειδικά αν ζείτε σε πολύ κρύο κλίμα.