Το βιοντίζελ είναι μια ουσία που μοιάζει πολύ με το πετρέλαιο ντίζελ, εκτός από το ότι παρασκευάζεται από φυτικές πηγές όπως μικροφύκη και καρύδες αντί για πετρέλαιο. Ενώ το βιοντίζελ μπορεί να εμφανιστεί φυσικά υπό συγκεκριμένες συνθήκες, αυτές οι περιπτώσεις είναι σπάνιες και μπορεί να χρειαστούν χρόνια. Ένας αντιδραστήρας βιοντίζελ μειώνει το χρόνο και καθιστά τη διαδικασία ημι-αυτοματοποιημένη ή πλήρως αυτοματοποιημένη, ώστε να μπορούν να δημιουργηθούν εμπορικές ποσότητες βιοντίζελ. Υπάρχουν δύο κύριοι τύποι μονάδων αντιδραστήρων βιοντίζελ: διάτμησης και υπερήχων. Και οι δύο εργάζονται στο βιοντίζελ με διαφορετικούς τρόπους, αλλά και οι δύο οδηγούν στη δημιουργία μεγάλων ποσοτήτων βιοντίζελ με λίγη εργασία από την πλευρά του χειριστή του αντιδραστήρα.
Όλο το βιοντίζελ ξεκινάει ως πρώτη ύλη φυτικής προέλευσης. Ορισμένες πρώτες ύλες περιλαμβάνουν μικροφύκη, καρύδες και χρησιμοποιημένα ή παρθένα φυτικά έλαια. Στη συνέχεια, ένας αντιδραστήρας βιοντίζελ εργάζεται στην πρώτη ύλη για να προκαλέσει μια χημική αντίδραση που ονομάζεται μετεστεροποίηση. Σε αυτή τη διαδικασία, η πρώτη ύλη διαχωρίζεται σε δύο ουσίες: τη γλυκερίνη και τους μεθυλεστέρες.
Η γλυκερίνη είναι υποπροϊόν της διαδικασίας και είναι μια γλυκιά αλκοόλη. Μετά την παραγωγή, η γλυκερίνη χρησιμοποιείται συνήθως από άλλες βιομηχανίες για τη δημιουργία ενυδατικών ή σαπουνιών, έτσι ώστε η γλυκερίνη να μην σπαταλάται ή να πετιέται. Η άλλη ουσία, ο μεθυλεστέρας, είναι η χημική ονομασία του βιοντίζελ. Σε αυτό το στάδιο το βιοντίζελ διυλίζεται περαιτέρω για τη δημιουργία άλλων βιοκαυσίμων, αναμιγνύεται με το πετρελαϊκό ντίζελ για να δημιουργηθεί ένα μείγμα ντίζελ που προσφέρει βιωσιμότητα και χρηστικότητα σε χαμηλές θερμοκρασίες ή χρησιμοποιείται αμέσως χωρίς το μείγμα ή την πρόσθετη επεξεργασία.
Ένας αντιδραστήρας βιοντίζελ υπερήχων χρησιμοποιεί υπερηχητικά κύματα για να δημιουργήσει φούσκα πρώτης ύλης βιοντίζελ. Οι φυσαλίδες παράγονται και καταρρέουν εξαιτίας των υπερηχητικών κυμάτων, προκαλώντας μια αντίδραση από τη θερμότητα και την πίεση που κάνει την πρώτη ύλη μετεστεροποιημένη. Ένας αντιδραστήρας βιοντίζελ υπερήχων χρησιμοποιείται συνήθως για μεγάλες ή εμπορικές ανάγκες, επειδή αυτές οι μονάδες δυσκολεύονται να δημιουργήσουν μικρότερες ποσότητες βιοντίζελ. Αυτές οι μονάδες τείνουν επίσης να απαιτούν λιγότερη εργασία από τους χειριστές και να λειτουργούν με πιο αυτόματο ρυθμό από τους αντιδραστήρες διάτμησης.
Ένας διατμητικός αντιδραστήρας βιοντίζελ χρησιμοποιείται σε εργαστήρια που χρειάζονται μικρές ποσότητες βιοντίζελ για δοκιμές, μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε ένα σπίτι από εξειδικευμένο άτομο και μπορεί επίσης να ενισχυθεί για εμπορική χρήση. Αυτές οι μονάδες χρησιμοποιούν θερμότητα και μειώνουν το μέγεθος των σταγονιδίων της πρώτης ύλης βιοντίζελ για να προκαλέσουν μετεστεροποίηση. Το βιοντίζελ διαρκεί συνήθως από 30 λεπτά έως τέσσερις ώρες για να κατασκευαστεί, ανάλογα με τη μονάδα. Αυτές οι μονάδες απαιτούν περισσότερη εργασία από τους χειριστές, αλλά η ίδια η μονάδα είναι πιο ευέλικτη στη δημιουργία διαφορετικών αποδόσεων και λειτουργεί καλύτερα με στερεά πρώτη ύλη από ό,τι οι μονάδες αντιδραστήρων βιοντίζελ υπερήχων.