Η ρύθμιση της διάταξης και του σχεδιασμού για μια πλακέτα κυκλώματος μπορεί να είναι δύσκολη, αλλά ένα σωστό πρόγραμμα σχεδίασης πλακέτας κυκλώματος μπορεί να διευκολύνει την εργασία. Οι περισσότερες πλακέτες κυκλωμάτων κατασκευάζονται με διαφορετικό αριθμό εξαρτημάτων, επομένως μια μεγάλη βιβλιοθήκη ανταλλακτικών μπορεί να κάνει πιο χρήσιμο ένα πρόγραμμα σχεδίασης πλακέτας κυκλωμάτων. Συχνά χρειάζεται να προστεθούν δεδομένα για να λειτουργήσει η πλακέτα και η λήψη ενός προγράμματος σχεδίασης με λειτουργία εισαγωγής μπορεί να επιταχύνει την παραγωγή. Η κατασκευή μιας πλακέτας κυκλώματος με πολλά στρώματα συχνά επιτρέπει στους σχεδιαστές να κάνουν την πλακέτα πιο ασφαλή και αποτελεσματική, και κάθε πρόγραμμα σχεδίασης έχει διαφορετικό αριθμό μέγιστων στρωμάτων. Ένα πρόγραμμα που προσφέρει εύκολη ανίχνευση μπορεί να εμποδίσει τους σχεδιαστές να κάνουν μεγάλα λάθη ανίχνευσης.
Οι πλακέτες κυκλωμάτων κατασκευάζονται με πολλά διαφορετικά μέρη και τα εξαρτήματα που είναι κατάλληλα για μια ανάγκη μπορεί να μην είναι κατάλληλα για μια άλλη. Για να επιτρέπεται στους σχεδιαστές να κατασκευάζουν πλακέτες κυκλωμάτων για οποιονδήποτε σκοπό, το πρόγραμμα σχεδίασης πλακέτας κυκλωμάτων θα πρέπει να συνοδεύεται από μια μεγάλη βιβλιοθήκη ανταλλακτικών. Αυτό δίνει τη δυνατότητα στους χρήστες να επιλέξουν υπάρχοντα εξαρτήματα πλακέτας για να διευκολύνουν τη μαζική παραγωγή. Ένα πρόγραμμα σχεδίασης που διαθέτει επίσης μια λίστα ενημέρωσης ανταλλακτικών θα διευκολύνει τους χρήστες να υιοθετήσουν νέα στοιχεία.
Ενώ τα εξαρτήματα σε μια πλακέτα κυκλώματος είναι συνήθως το κύριο μέλημα, η ίδια η πλακέτα συχνά δεν λειτουργεί χωρίς τον κατάλληλο προγραμματισμό. Ο προγραμματισμός μπορεί να προστεθεί σε κάθε πλακέτα κυκλώματος ξεχωριστά μετά την παραγωγή, η οποία μπορεί να λειτουργήσει με μικρό αριθμό πλακών, αλλά πιθανότατα δεν θα λειτουργήσει το ίδιο καλά με πλακέτες μαζικής παραγωγής. Για να γίνει αυτό πιο εύκολο, το πρόγραμμα σχεδίασης πλακέτας κυκλώματος θα πρέπει να συνοδεύεται από έναν εισαγωγέα δεδομένων που θα επιτρέπει στους χρήστες να προσθέτουν τον προγραμματισμό πριν από την παραγωγή.
Οι περισσότερες πλακέτες κυκλωμάτων έχουν πάχος τουλάχιστον δύο στρώσεων — το ένα στρώμα για εξαρτήματα και το άλλο για ασφάλεια. Αν και αυτό είναι δυνατό, οι περισσότερες πλακέτες κυκλωμάτων απαιτούν περισσότερα στρώματα, ώστε να μπορούν να εφαρμοστούν περισσότερα εξαρτήματα, τα οποία ενισχύουν τις μονάδες. Κάθε πρόγραμμα σχεδίασης πλακέτας κυκλώματος έχει ποικίλο αριθμό μέγιστων επιπέδων και οι χρήστες θα πρέπει να επιλέξουν ένα πρόγραμμα με αρκετά επίπεδα για σωστό σχεδιασμό.
Η ανίχνευση μιας πλακέτας κυκλώματος είναι ένα σημαντικό βήμα για τη διασφάλιση ότι η πλακέτα θα λειτουργεί μετά την παραγωγή, επειδή, εάν η ιχνηλάτηση δεν γίνει, τότε η πλακέτα είτε δεν θα λειτουργήσει είτε θα λειτουργήσει μόνο εν μέρει. Μια εύκολη λειτουργία ανίχνευσης θα δείχνει στους χρήστες ποια μέρη πρέπει να ανιχνευθούν ακόμα, ώστε να μην ξεχνούν καμία ενότητα. Αν και δεν είναι απαραίτητο χαρακτηριστικό, ένα πρόγραμμα σχεδιασμού πλακέτας κυκλώματος που το προσφέρει μπορεί να εμποδίσει τους χρήστες να κάνουν δαπανηρά λάθη.