Ένα διδακτορικό μικροβιολογίας δεσμεύεται να κερδίσει και οι φοιτητές θα πρέπει να κάνουν επιλογές σχετικά με το τι θα ήθελαν τελικά να κάνουν με αυτό το διδακτορικό. Ορισμένα προγράμματα μικροβιολογίας έχουν συγκεκριμένη εστίαση, όπως η έρευνα για τον καρκίνο, ή προσφέρουν διπλά πτυχία σε πράγματα όπως η μικροβιολογία και η ανοσολογία. Οι υποψήφιοι θα πρέπει να διερευνήσουν διάφορα προγράμματα για να βρουν αυτά που ταιριάζουν πολύ με το ενδιαφέρον τους ή θα πρέπει να αναζητήσουν καλά γενικά σχολεία που ανέχονται την ευελιξία και την εξερεύνηση σε πολλούς τομείς. Αυτή δεν είναι η μόνη απαίτηση και οι μαθητές πρέπει να πληρούν πολλές άλλες σχολικές απαιτήσεις προτού γίνουν δεκτοί σε ένα σχολείο.
Τα τμήματα που προσφέρουν διδακτορικό μικροβιολογίας προσδιορίζουν ακριβώς τι απαιτούν από τους φοιτητές. Πολλά προγράμματα δέχονται φοιτητές μόνο με πτυχίο. Αυτός ο βαθμός πρέπει συνήθως να έχει παρόμοιο επίκεντρο και οι σπουδές στη βιολογία, τη βιοχημεία, τη μικροβιολογία ή την προ-ιατρική θα μπορούσαν να είναι οι πιο κοινά αποδεκτοί βαθμοί. Ορισμένα κολέγια σπάνια δέχονται εκείνους που έχουν μόνο πτυχίο και αναζητούν φοιτητές με μεταπτυχιακά ειδικά στη μικροβιολογία ή σε τομείς όπως η γενετική, η ανοσολογία ή η δημόσια υγεία. Μερικά από τα πιο διάσημα σχολεία δεν θα δέχονται υποψήφιους εκτός εάν έχουν πτυχίο μεταπτυχιακού επιπέδου και αρκετά χρόνια εργασιακής εμπειρίας.
Υπάρχουν πρόσθετες απαιτήσεις εφαρμογής. Πολλά πανεπιστήμια απαιτούν από τους φοιτητές να δώσουν τις γενικές και θεματικές εξετάσεις μεταπτυχιακών εγγραφών (GRE). Οι ισχυροί βαθμοί, ειδικά στις επιστήμες, μπορούν να εκτιμηθούν ιδιαίτερα. Οι μαθητές χρειάζονται επίσης ακαδημαϊκές ή επαγγελματικές συστατικές επιστολές που πιστοποιούν την ικανότητά τους για διδακτορικό έργο. Οι μαθητές που έχουν γεννηθεί στο εξωτερικό μπορεί επίσης να χρειαστεί να κάνουν εξετάσεις για να αποδείξουν τη γλωσσική ευχέρεια.
Οι μαθητές που έχουν κάνει καλή έρευνα και έχουν βρει τα σχολεία που ανταποκρίνονται περισσότερο στις απαιτήσεις είναι πιθανό να βρεθούν στο δρόμο για να κερδίσουν διδακτορικό μικροβιολογίας. Όπως συμβαίνει με οποιοδήποτε διδακτορικό πρόγραμμα, οι φοιτητές παρακολουθούν μαθήματα και περνούν επίσης αρκετό χρόνο εργασίας σε εργαστήρια. Πολλά σχολεία θέλουν οι μαθητές τους να διδάξουν ή να εργαστούν ως βοηθός διδασκαλίας για ένα έτος ή περισσότερο, και αυτό είναι πραγματικά επωφελές για πολλούς μαθητές επειδή πληρώνονται συχνά ένα επίδομα, το οποίο μπορεί να βοηθήσει στη μείωση του κόστους του κολλεγίου.
Κατά το δεύτερο ή το τρίτο έτος του σχολείου, τα περισσότερα κολέγια που προσφέρουν διδακτορικό μικροβιολογίας ζητούν από τους μαθητές να κάνουν μια ολοκληρωμένη εξέταση. Αυτό γίνεται για να κάνουν ορισμένοι μαθητές να διαθέτουν επαρκείς γνώσεις για να συνεχίσουν στον τομέα. Ορισμένα σχολεία θα επιτρέψουν στους μαθητές να επαναλάβουν την εξέταση εάν αποτύχουν. Μόλις περάσει επιτυχώς αυτή η εξέταση, οι φοιτητές προχωρούν σε υποψηφιότητα για διδακτορικό και αρχίζουν να εργάζονται στη διατριβή τους, η οποία είναι ένα μακρύ έργο που περιλαμβάνει πρωτότυπη έρευνα που παρουσιάζεται στη σχολή. Η σχολή πρέπει να εγκρίνει αυτή τη διατριβή πριν από την απονομή του διδακτορικού.
Συνολικά, οι περισσότεροι φοιτητές περνούν περίπου τέσσερα έως πέντε χρόνια κερδίζοντας διδακτορικό μικροβιολογίας. Ο χρόνος μπορεί να παραταθεί εάν μια διατριβή είναι εξαιρετικά περίπλοκη ή δεν είναι αρχικά αποδεκτή από την επιτροπή αναθεώρησης της σχολής. Η απόκτηση αυτού του πτυχίου αξίζει τον χρόνο για πολλούς ανθρώπους, οι οποίοι μπορούν στη συνέχεια να ακολουθήσουν καριέρα σε ιδιωτική έρευνα, πανεπιστημιακή διδασκαλία ή σε πολλούς άλλους τομείς.