Το απολυμαντικό χεριών λειτουργεί λόγω της υψηλής συγκέντρωσης αλκοόλ. Ωστόσο, δεν είναι κατάλληλο για τον καθαρισμό όλων των τύπων βρωμιάς ή χώματος. Ο τρόπος εφαρμογής του μπορεί επίσης να επηρεάσει τα οφέλη του.
Το αλκοόλ σκοτώνει τα περισσότερα βακτήρια και το απολυμαντικό χεριών περιέχει μεγάλη ποσότητα αλκοόλ. Όταν τρίβεται στα χέρια για περίπου 30 δευτερόλεπτα, πραγματικά θα εξαλείψει πολλές μορφές βακτηρίων και επίσης πολλούς ιούς. Έχει αποδειχθεί πολύ αποτελεσματικό ενάντια σε ορισμένες επικίνδυνες μορφές βακτηρίων, όπως ο ανθεκτικός στη μεθικιλλίνη staphylococcus aureus (MRSA), που μπορεί να προκαλέσει τα θανατηφόρα και τρομακτικά βακτήρια που τρώνε σάρκα.
Ένα άτομο που χρησιμοποιεί απολυμαντικό χεριών είναι επίσης πιθανό να παρουσιάσει βραδύτερη ανάπτυξη των βακτηρίων. Όλοι οι άνθρωποι έχουν κάποια βακτήρια στα χέρια τους ανά πάσα στιγμή. Το απολυμαντικό χεριών τείνει να επιβραδύνει την ανάπτυξη των βακτηρίων στα χέρια μετά από κατάλληλη χρήση. Μπορεί να μην είναι εξίσου αποτελεσματικό στην πρόληψη όλων των μικροβίων, καθώς ορισμένοι ιοί μεταδίδονται μέσω εισπνοής των ρινικών σταγονιδίων μολυσμένων ατόμων, όπως και με το κοινό κρυολόγημα. Ωστόσο, η χρήση απολυμαντικού στα σχολεία σχετίζεται με πτώση των ποσοστών ασθενειών και καλύτερη καταγραφή.
Ένας άλλος λόγος που το απολυμαντικό χεριών μπορεί να είναι πιο αποτελεσματικό σε ορισμένες περιπτώσεις από το πλύσιμο των χεριών, είναι ότι είναι ευκολότερο και γρηγορότερο στη χρήση. Το πραγματικά αποτελεσματικό πλύσιμο των χεριών απαιτεί ζεστό νερό, σαπούνι και αφρό και τρίψιμο για περίπου δύο λεπτά. Το απολυμαντικό χεριών μπορεί να μεταφερθεί σε μικρά μπουκάλια και χρειάζονται περίπου 30 δευτερόλεπτα τρίψιμο για να επιτευχθούν, σε πολλές περιπτώσεις, τα ίδια οφέλη με το σαπούνι και το νερό.
Ωστόσο, το απολυμαντικό χεριών δεν είναι αποτελεσματικό για όλες τις ανάγκες καθαρισμού. Ορισμένα βακτήρια καθιστούν σημαντική τη χρήση του σε νοσοκομειακές ρυθμίσεις. Ωστόσο, δεν μπορεί να καθαρίσει αποτελεσματικά τα χέρια όταν εκτίθενται σε αίμα ή κόπρανα.
Το απολυμαντικό χεριών δεν είναι αποτελεσματικό στη βιομηχανία υπηρεσιών τροφίμων, όπου τα χέρια διατηρούνται συχνά υγρά κατά την προετοιμασία του φαγητού. Δεν μπορεί να απομακρύνει αποτελεσματικά τα κόπρανα στα χέρια από το κακό πλύσιμο των χεριών μετά τη χρήση του μπάνιου ή από το χειρισμό λαχανικών που καλλιεργούνται σε κοπριά. Η επαφή με σωματικά υγρά ή βρωμιά απαιτεί αυστηρό πλύσιμο των χεριών.
Αυτό το προϊόν δεν πρέπει επίσης να αντικαθιστά το πλύσιμο των χεριών σε νοσοκομειακό περιβάλλον ή σε οποιοδήποτε περιβάλλον. Σε γενικές γραμμές, το απολυμαντικό χεριών παρέχει τα καλύτερα αποτελέσματα όταν χρησιμοποιείται αφού πλύνετε καλά τα χέρια σας. Αυτό ισχύει ιδιαίτερα μετά τη χρήση του μπάνιου. Πολλά νοσοκομεία έχουν πλέον θεσπίσει πολιτικές που απαιτούν χρήση αντισηπτικού μεταξύ ασθενών και πλύσιμο των χεριών μετά από τέσσερις χρήσεις. Επιπλέον, κάθε φορά που ένας ιατρός έρχεται σε επαφή με σωματικά υγρά, πρέπει να πλένονται τα χέρια.
Το απολυμαντικό χεριών δεν λειτουργεί αποτελεσματικά εάν δεν εφαρμόζεται σωστά. Οι άνθρωποι χρειάζονται τουλάχιστον μια κούκλα μεγέθους και πρέπει να μπορούν να τρίβουν τα χέρια μαζί για 30 δευτερόλεπτα. Εάν το απολυμαντικό στεγνώσει σε λιγότερο χρόνο, είναι πιθανό ότι δεν χρησιμοποιήθηκε αρκετό, και το άτομο πρέπει να επαναλάβει τη διαδικασία.