Υπάρχουν 18 νησιά διάσπαρτα σε όλο τον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο, συμπεριλαμβανομένων ακατοίκητων βράχων, προστατευμένων καταφυγίων άγριας ζωής και ανεπτυγμένων νησιών με μεγάλους πληθυσμούς. Μερικά από τα νησιά του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο είναι αρκετά διάσημα, όπως συμβαίνει με το Αλκατράζ. Πολλά είναι προσβάσιμα μόνο με ιδιωτικά σκάφη, όπως ιστιοπλοϊκά, και το καθένα έχει μοναδικά χαρακτηριστικά που το κάνουν να αξίζει να επισκεφτείτε, αν μπορείτε να φτάσετε εκεί.
Πολλά από τα νησιά παραμερίζονται ως πάρκα και καταφύγια. Το Angel Island είναι ένα κρατικό πάρκο προσβάσιμο με φέρι από πολλές τοποθεσίες γύρω από τον κόλπο, και το Alcatraz είναι ένα εθνικό πάρκο. Οι επισκέπτες σε αυτά τα νησιά είναι ευπρόσδεκτοι όλο το χρόνο, αν και το καλοκαίρι είναι η εποχή αιχμής για επίσκεψη. Υπάρχουν επίσης πολλά καταφύγια άγριας ζωής, συμπεριλαμβανομένων των νησιών East και West Marin, Brooks Island και Bair Island. Το νησί Μπρουκς είναι μέρος της Περιφερειακής Περιοχής Πάρκων του East Bay και φιλοξενεί μεταναστευτικά πουλιά, υγροτόπους και μονοπάτια πεζοπορίας. Το νησί Bair είναι ένα εκτεταμένο καταφύγιο άγριας ζωής στο South Bay και αποτελεί σημαντικό μέρος της οικολογίας της περιοχής Bay.
Υπάρχουν επίσης πολλά νησιά του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο που είναι κάτι περισσότερο από δοξασμένες βραχώδεις εκβολές. Αυτά περιλαμβάνουν το Red Rock Island, στη δυτική πλευρά της γέφυρας Richmond, μαζί με τις East and West Sisters, το Ballena Bay Island δίπλα στην Alameda και το Pat Rock. Το Red Rock Island είναι επίσης το μόνο ιδιόκτητο από τα νησιά στον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο, αν και το γεγονός ότι τεχνικά βρίσκεται σε τρεις κομητείες καθιστά την πιθανή ανάπτυξη πρόκληση.
Στον κόλπο υπάρχουν και κατοικημένα νησιά. Το ένα, το νησί της ακτοφυλακής, προορίζεται μόνο για στρατιωτική χρήση. Τα άλλα κατοικημένα νησιά είναι όλα ανοιχτά για το κοινό. Το νησί Yerba Buena βρίσκεται στη μέση της γέφυρας του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο και φιλοξενεί έναν άμαχο πληθυσμό μαζί με έναν μικρό σταθμό της ακτοφυλακής. Το Treasure Island, ένα τεχνητό νησί που συνδέεται με το Yerba Buena μέσω ενός πεζοδρομίου, είναι μια πρώην ναυτική βάση με κατοικίες πολιτών που βρίσκεται στο βόρειο άκρο του. Η Alameda, ένα νησί που βρίσκεται ακριβώς έξω από τις ακτές του Όκλαντ, είναι προσβάσιμο μέσω πολλών πεζοδρομίων και διαθέτει μια αρκετά μεγάλη συλλογή από παραδείγματα βικτωριανής αρχιτεκτονικής και αρχιτεκτονικής Queen Anne.
Αυτά τα νησιά, όπως φαίνεται, είναι αρκετά ποικίλα. Πολλοί κάτοικοι της περιοχής του κόλπου μπορούν να ονομάσουν μόνο λίγα από τα 18 νησιά, οπότε προετοιμαστείτε να εντυπωσιάσετε τους ανθρώπους με τις τοπικές σας γνώσεις. Οι ποικίλες κατοικίες και τα φυσικά καταφύγια στα νησιά του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο παρέχουν επίσης μια ενδιαφέρουσα διατομή της ζωής στην περιοχή του κόλπου, τόσο σε ανθρώπους όσο και σε ζώα.