Antisepticele și antibioticele sunt adesea considerate a fi aceleași datorită proprietăților lor comune, dar există câteva diferențe cheie care le disting pe cele două. De obicei, antisepticele slăbesc și încetinesc creșterea bacteriilor și a altor microorganisme, ceea ce, la rândul său, ajută la prevenirea bacteriilor să provoace infecții suplimentare. Antibioticele, cu toate acestea, ucid bacteriile, precum și unele tipuri de ciuperci și paraziți. Spre deosebire de majoritatea antisepticelor, bacteriile pot deveni rezistente la antibiotice după o utilizare prelungită. Unele antiseptice pot împiedica procesul de vindecare și pot agrava starea unei răni.
Una dintre diferențele principale dintre antiseptice și antibiotice este modul în care acţionează împotriva bacteriilor și a altor microorganisme. Antisepticele nu fac decât să încetinească creșterea bacteriilor, în loc să o omoare efectiv. Spre deosebire de antibiotice, antisepticele sunt însă eficiente și asupra altor microorganisme, făcându-l potențial benefic în combaterea altor infecții. Antibioticele ucid bacteriile, dar se crede că sunt ineficiente față de multe alte tipuri de infecții. Se crede că antibioticele pot lupta împotriva anumitor paraziți și ciuperci din organism, dar în mod normal necesită o rețetă, deoarece sunt considerate a fi mai puternice.
O diferență importantă între antiseptice și antibiotice este că bacteriile sunt susceptibile de a dezvolta imunitate la anumite antibiotice după o utilizare prelungită sau dacă terapia cu antibiotice nu a fost finalizată. Nu este confirmat faptul că bacteriile au aceeași reacție cu utilizarea antiseptică extinsă. Pentru a preveni imunitatea la antibiotice, un profesionist din domeniul sănătății poate recomanda finalizarea completă a terapiei cu antibiotice pentru a se asigura că toate bacteriile au fost distruse sau utilizarea diferitelor antibiotice pentru anumite boli.
Anumite tipuri de antiseptice pot, de asemenea, inhiba vindecarea și irita pielea și necesită adesea metode specifice de utilizare. De exemplu, peroxidul de hidrogen poate necesita ca zona să se usuce complet înainte de a fi utilizat un bandaj, în timp ce fenolul poate provoca leziuni suplimentare ale pielii dacă este utilizat un bandaj. Nu se cunosc efecte secundare similare ale antibioticelor. Ca atare, dacă există o opțiune de a alege între antiseptice și antibiotice pentru tratarea rănilor cutanate, se recomandă, în general, utilizarea unei creme cu antibiotice.
Datorită funcției limitate a antisepticelor, acestea sunt de obicei utilizate local pentru a preveni intrarea mai multor bacterii și alte microorganisme în răni deschise, dar există unele antiseptice orale. Există câteva cazuri rare în care antisepticele și antibioticele pot fi opțiuni pentru tratarea aceleiași infecții, cum ar fi anumite infecții urinare. În acest caz, severitatea și tipul infecției urinare pot determina tratamentul exact. Antibioticele sunt administrate în principal pe cale orală, de obicei sub formă de penicilină, pentru a ucide infecția din interiorul corpului. Există puține antibiotice care pot fi luate local și, ca și în cazul antibioticelor orale, acestea necesită de obicei o rețetă.