La om, intestinul subțire este de obicei format din trei secțiuni; primul, pe măsură ce alimentele trec din stomac, este duodenul. Jejunul și ileonul sunt alte părți, diferențiate de obicei prin tipurile de celule care căptușesc interiorul tractului. Această primă secțiune este o structură în formă de tub, care are în general 9.8 până la 11.8 inchi (25 până la 30 de centimetri) lungime. Este de obicei compus din mai multe straturi. Histologia duodenului este, de asemenea, caracterizată prin structuri microscopice numite glande Brunner, care pot secreta mucus care neutralizează acizii din stomac.
Alimentele intră adesea în organ după până la patru ore după masă. Canalele mici pot permite enzimelor pancreatice și bilei să curgă înăuntru, care, de asemenea, neutralizează acizii și ajută la digestia. Histologia duodenului reprezintă în mod obișnuit o structură pliată, în special în stratul de mucoasă, care este de obicei alcătuit din pliuri circulare sau transversale. Există, de asemenea, proiecții numite vilozități, care au o lungime de până la 0.04 inci (1 milimetru). La baza lor se află limfa și vasele de sânge, precum și nervii.
De obicei, în interiorul vilozităților este un strat microscopic numit margine de perie, care este alcătuit din părți de celule asemănătoare părului numite microvilozități. Există, de asemenea, celule caliciforme, care secretă mucoase pentru a ajuta alimentele să treacă prin tub. Celulele microfold alcătuiesc, de asemenea, histologia duodenului; ele funcţionează în mod normal prezentând antigene şi căptuiesc o serie de noduli limfatici. Celulele numite limfocite se găsesc adesea într-un strat mai profund numit lamina propria, care constă și din țesuturi conjunctive. Structurile limfatice pot fi concentrate în anumite zone, în timp ce glande tipice intestinelor se găsesc și în acest strat.
Glandele intestinale, numite Criptele lui Liberkuhn, sunt în general în formă de tub și sunt deschise la suprafața interioară a duodenului. Există, de obicei, celule mucoase și alte celule secretoare endocrine. Stratul submucoasa este de obicei locația glandelor Brunner, care se găsesc doar în histologia duodenului. Identificate în general printr-o formă tubulară încolăcită, ramificată, acestea sunt căptușite de celule secretoare de mucoase și se conectează de obicei cu canalele care duc la glandele intestinale.
Un strat circular și un strat longitudinal de mușchi constituie de obicei o parte semnificativă a histologiei duodenului numită muscularis. Stratul exterior este tipic pentru cel găsit în intestinul subțire, în timp ce serosa formează în general partea exterioară a duodenului. Acest strat este, de asemenea, o componentă a peritoneului sau a țesutului care înconjoară organele abdominale.