Relația dintre estrogen și acnee este oarecum complexă, deoarece fluctuațiile hormonale din ciclul menstrual normal feminin pot provoca acnee în momente diferite. Nivelurile scăzute de estrogen și nivelurile proporțional mai mari de hormoni androgeni cauzează, în general, acnee chistică legată de estrogen. Dezechilibrele hormonale care scad nivelul de estrogen sau cresc nivelul androgenului vor crește probabilitatea formării acneei, deoarece cresc cantitatea de ulei produsă de glandele sebacee de sub suprafața pielii. Pilulele contraceptive pot atenua unele acnee severă, deoarece mențin cu atenție nivelurile de estrogen și androgeni din sânge.
Androgenii sunt cauza principală a acneei legate de hormoni la multe femei. Acești hormoni sunt cei care stimulează glandele sebacee să producă o substanță uleioasă cunoscută sub numele de sebum. Prea multă substanță poate rămâne adesea blocată în pori, oferind un teren propice pentru bacteriile comune ale pielii care se înmulțesc sub suprafața pielii. Odată ce bacteriile s-au înmulțit, ele pot provoca adesea inflamații, ceea ce duce la acnee chistică. Estrogenul este capabil să anuleze sau să mascheze efectele androgenilor asupra organismului.
Nivelurile ridicate de estrogen și acnee apar în momente opuse într-un ciclu menstrual tipic. În prima jumătate a ciclului, înainte de ovulația, nivelul de estrogen crește treptat. Acest lucru nu numai că reduce efectele androgenilor în organism, dar reduce și apariția acneei. Corpul atinge vârful de estrogen chiar înainte de ovulație, după care nivelul de estrogen scade treptat. Acneea crește de obicei după ovulație în perioada cunoscută sub numele de faza luteală și devine cea mai gravă chiar înainte de menstruație.
În timpul fazei luteale a ciclului, progesteronul, un hormon care posedă atât proprietăți asemănătoare estrogenului, cât și androgenului, crește treptat. Fluctuațiile progesteronului pot crește balonarea și nivelul fluidelor, care, la rândul lor, stoarce porii de pe față. Această reducere a dimensiunii porilor agravează adesea simptomele acneei, deoarece limitează și mai mult capacitatea organismului de a elimina excesul de ulei.
Pilulele contraceptive asigură nivelurile de estrogen și progesteron atent controlate în sânge. Prin menținerea nivelului de estrogen constant pe parcursul lunii, pastilele sunt capabile să reducă efectele androgenilor în timpul fazei luteale, în plus față de reducerea fluctuațiilor hormonale generale. Acest lucru duce în cele din urmă la o reducere a acneei pentru multe femei, în special pentru cele care au experimentat dezechilibre hormonale severe înainte de a începe tratamentul.