Avantajele și dezavantajele papayaului modificat genetic sunt subiect de dezbatere. În ansamblu, alimentele modificate genetic sunt de obicei rezistente la anumite insecte și alte infestări. Dezavantajele au de-a face în primul rând cu faptul că aceste alimente nu s-au dovedit sigure pe termen lung, așa că există unele grupuri de mediu și organizații de sănătate care cred că alimentele modificate genetic ar putea fi dăunătoare sănătății umane atunci când sunt consumate în cantități mari.
Papaya modificată genetic au fost dezvoltate pentru a fi rezistente la virusul petei inele de papaya, care poate fi devastator pentru culturile plantei. Ele au fost dezvoltate și, la momentul scrierii acestui articol, sunt disponibile într-o varietate de țări. Există încă mai multe națiuni care nu s-au urcat pe val, dar oficialii din industrie încearcă să stabilească ce pași trebuie să fie luați pentru a le face disponibile pe scară largă. Multe dintre țările în care papaya modificată genetic au fost vândute pentru prima dată sunt industrializate, țările în curs de dezvoltare fiind printre cele care au rămas în urmă.
Există dezbateri intense cu privire la producția și distribuția de papaya și alte alimente modificate genetic. Pe de o parte, capacitatea de a cultiva mai multe culturi fără teama de viruși și alți agenți patogeni care distrug plantele înseamnă că pot fi cultivate mai multe alimente în general. Mai multă hrană cultivată înseamnă că există mai multe de făcut. Acesta este un aspect important al dezbaterii, deoarece populația lumii este în creștere, iar culturile convenționale ar putea să nu fie suficient de fructuoase pentru a hrăni pe toată lumea la infinit.
La scară mică, pierderea mai mică a recoltei înseamnă că fermierii pot câștiga mai mulți bani pentru a-și întreține propriile familii prin vânzarea culturilor. Acest lucru este foarte important pentru cultivatorii care pot avea dificultăți financiare din cauza pierderilor pe scară largă a culturilor. În ceea ce privește papaya, virusul papaya ringspot poate fi foarte devastator și poate distruge culturi întregi.
Principalul dezavantaj al folosirii papayalor modificate genetic și a altor alimente modificate este că nu s-au dovedit sigure pe termen lung. Unele organizații de sănătate susțin că riscurile pentru sănătatea umană sunt mari și că toate alimentele modificate genetic ar trebui interzise pe rafturile supermarketurilor. Alții susțin că sunt la fel de sigure și sănătoase ca și culturile cultivate în mod convențional. Adevărul problemei poate să nu fie cunoscut de ceva timp.