Detectarea bacteriilor este importantă în multe industrii pentru a proteja alimentele, aerul și apa de contaminare sau pentru a identifica sursa de infecție într-un cadru medical. Metodele tradiționale de detectare a bacteriilor, cum ar fi colectarea culturilor, sunt eficiente, dar pot dura ore sau zile pentru a afișa rezultate și pot rata majoritatea tipurilor de bacterii. Există metode mai noi și mai rapide de detectare a bacteriilor în curs de dezvoltare pentru a eficientiza procesul și a crește ratele de detectare. Unele dintre acestea includ reacția în lanț a polimerazei (PCR), dispozitive cu infraroșu care detectează bacteriile din alimente și scanări rapide care detectează contaminarea bacteriană în trombocitele din sânge. Multe dintre aceste metode detectează bacteriile prin măsurarea nivelului de oxigen sau a unor perturbări electrice minuscule care indică prezența bacteriilor.
Tehnica tradițională de detectare a bacteriilor este de a preleva o probă, de a crește o cultură de bacterii și de a număra bacteriile care cresc. Această metodă este folosită în mod obișnuit în mediile medicale care adăpostesc produse trombocite din sânge. Deoarece produsele plachetare trebuie păstrate la temperatura camerei, acestea prezintă un risc ridicat de contaminare bacteriană.
Tehnicile tradiționale de cultură detectează modificări ale nivelului de oxigen care indică prezența bacteriilor, dar rezultatele pot dura șapte zile. Există sisteme mai noi și mai rapide pentru detectarea bacteriilor, cum ar fi citometria în fază solidă, care detectează și numără toate bacteriile marcate fluorescent în trei minute.
Asemenea metodelor utilizate pentru detectarea bacteriilor în produsele plachetare, detectarea bacteriilor în apă sau aer necesită de obicei numărarea trombocitelor, în care apa este plasată pe o suprafață de agar și o cultură este lăsată să crească. După un timp suficient pentru a permite bacteriilor să se înmulțească, coloniile bacteriene sunt numărate. O altă modalitate de a identifica bacteriile din apă este utilizarea unui virus pentru a infecta bacteriile cu molecule reporter fluorescente care pot fi identificate prin spectroscopie de fluorescență.
O metodă mai nouă de detectare a bacteriilor care are potențial pentru o gamă largă de aplicații este un senzor care este acoperit cu anticorpi bacterieni care trece prin el un curent electric. Când acest senzor intră în contact cu bacteriile, senzorul detectează modificări ale frecvenței care indică prezența bacteriilor. Această tehnologie a fost utilizată pentru a îmbunătăți detectarea bacteriilor Escherichia coli (E. coli) în instalațiile de procesare a cărnii, precum și pentru detectarea toxinei microcystin-LR (MC-LR) în apa de băut. Această tehnologie detectează bacteriile în câteva minute, în timp ce metoda mai veche de cultură durează de la ore la zile.
PCR este o tehnică moleculară de identificare a bacteriilor care are mai multe beneficii față de alte metode de detectare a bacteriilor. Unele estimări afirmă că mai mult de 99 la sută din toate bacteriile din corpul uman nu pot fi cultivate, ceea ce face tehnicile tradiționale inadecvate pentru multe aplicații. PCR poate detecta foarte rapid cantități mici de bacterii folosind tehnici de amplificare a ARN și ADN.