Biodieselul este o sursă majoră de energie alternativă realizată din materii prime „verzi” și durabile. Avantajele biodieselului sunt că reduce dependența de combustibilii fosili, produce mai puțină poluare și este regenerabilă. Unul dintre dezavantajele combustibilului biodiesel este cantitatea de deșeuri care este produsă. Deșeurile de biodiesel constă în principal din glicerol, cunoscut și sub numele de glicerină, și metanol, cu cantități mai mici de alte impurități. Deși glicerolul este inofensiv și potențial util, deșeurile din producția de biomotorină sunt de puritate scăzută și devin inutilizabile și toxice prin prezența metanolului și a altor substanțe.
Producerea combustibilului biodiesel implică un proces cunoscut sub numele de transesterificare în care uleiul vegetal reacţionează cu metanol, folosind hidroxid de sodiu sau potasiu ca catalizator, pentru a produce amestecul de esteri graşi care conţin combustibilul biodiesel. Celălalt produs al acestei reacții este glicerolul. De obicei, o parte de glicerol este produsă pentru fiecare zece părți de biodiesel. În practică, cei mai mulți producători de biomotorină folosesc până la de două ori mai mult metanol decât este, în principiu, necesar pentru reacție, pentru a se asigura că tot uleiul este transformat. Glicerolul rămas conține așadar o proporție mare de metanol și cantități mici de săpunuri rezultate din reacția catalizatorului cu uleiul vegetal.
Metanolul poate fi recuperat prin distilare și reutilizat; totuși, glicerolul rămas va conține în continuare urme de metanol și alte impurități. Purificarea glicerolului pentru a-l face comercializabil este costisitoare, iar din 2011, atât de mult glicerol este produs în acest fel încât este dificil să găsești o piață pentru el. Aceasta înseamnă că producătorii de biodiesel pot avea de eliminat cantități mari de glicerol de calitate scăzută. Datorită prezenței impurităților toxice, acesta nu poate fi spălat, răspândit pe pământ sau îngropat în gropile de gunoi, iar producătorii ar putea fi nevoiți să plătească pentru a fi îndepărtat.
Utilizarea deșeurilor de biomotorină reprezintă o provocare, dar începând cu 2011, au fost înaintate o serie de propuneri. O idee este de a folosi o tulpină a bacteriei comune E. coli pentru a transforma glicerolul rezidual, prin fermentație, în succinați și formiați – substanțe chimice cu o gamă largă de aplicații. O altă sugestie este combinarea deșeurilor de biomotorină cu deșeurile de biomasă din agricultură pentru a crea un combustibil solid – aceasta are avantajul de a reutiliza două produse reziduale. Utilizarea reziduurilor de glicerol, combinată cu alte produse din biomasă, ca materie primă pentru producția de spumă poliuretanică a fost sugerată ca o modalitate ieftină de fabricare a acestui produs utilizat pe scară largă. Experimentele au confirmat că un tip de algă numită Schizochytrium limacinum poate transforma glicerolul brut în acid docosahexanoic (DHA), un tip de acid gras polinesaturat omega-3 cu beneficii cunoscute pentru sănătate pentru oameni – aceasta reprezintă o altă oportunitate de a folosi deșeurile de biodiesel.