Există mai multe tipuri diferite de furaje pentru acvacultură, inclusiv furaje naturale și artificiale. Furajele naturale se încadrează în una dintre cele trei categorii: animale și plante naturale, pești de gunoi și organisme alimentare vii. Fermierii acvatici cresc alimente naturale pentru animale și plante cu pește, spre deosebire de peștele de gunoi, care nu este un aliment viu. Organismele alimentare vii sunt un aliment specializat, în general hrănit cu pești foarte mici sau cu produse din fermă acvatică în stadiile lor larvare. Unele furaje de specialitate au aditivi, cum ar fi vitamine, medicamente sau vaccinuri.
Animalele naturale sau peștii și plantele au mai multe avantaje și dezavantaje. Adesea, aceste alimente sunt mai ieftine decât unele dintre celelalte opțiuni. Peștii sau alte fructe de mare sunt libere să se hrănească ori de câte ori le este foame, deoarece produsele naturale co-habitat cu produsul aqua-farm. Agricultorul de acvacultură are mai puțin control asupra acestor furaje pentru acvacultură și este posibil ca acestea să nu îndeplinească cerințele nutriționale complete ale culturii de acvacultură.
Furajele aspre sau de gunoi pentru pești, care sunt pești necomerciali, sunt mai scumpe decât furajele naturale de acvacultură. Un fermier acvatic trebuie să ia în considerare costul păstrării peștelui de gunoi la frigider sau congelat. Unii pești sau fructe de mare nu acceptă alimente artificiale și, prin urmare, unii crescători acvatici se bazează pe peștele de gunoi. Dezavantajul folosirii peștilor de gunoi este că acești pești îngrășează lent peștele. O perioadă mai lungă între ecloziune și recoltare înseamnă un profit mai mic.
Producătorii oferă furaje artificiale pentru acvacultură sub formă de pelete plutitoare sau care se scufundă, sfărâmături și fulgi, precum și forme de pastă și umede. De obicei, furajele artificiale conțin un procent ridicat de făină de pește. Mâncarea artificială crește relativ rapid. Un dezavantaj major este că fermierul acvatic trebuie să-l personalizeze pentru cultura alimentară, folosind speciile, vârsta și alți factori ca linii directoare. Este posibil ca unii pești sau fructe de mare să nu mănânce furajele artificiale.
Organismele alimentare vii diferă de furajele naturale de acvacultură deoarece sunt microorganisme precum microalgele, animalele microscopice numite rotifere și altele. Acest tip de hrană este benefic pentru peștii proaspăt eclozați și fazele larvare ale unor specii. În funcție de specie, organismele alimentare vii pot fi plante sau animale de apă. Există multe dezavantaje în utilizarea organismelor alimentare vii. De obicei, o persoană are nevoie de abilități și cunoștințe speciale pentru a crește organismele, iar procesul este foarte consumator de timp, ceea ce crește cheltuielile salariale.
Furajele suplimentare pentru acvacultură sunt mai ieftine și mai abundente decât multe furaje. Nu sunt potrivite pentru a fi singura sursă de hrană, dar completează hrana normală. De obicei, aceste furaje conțin numai cereale, cum ar fi soia, grâul și orezul. Dezavantajul de a avea costul suplimentar al unui furaj suplimentar este compensat de creșterea crescută pe care o produce furajul.
Fermierii acvatici își oferă culturilor de pește hrană medicamentoasă pentru a combate multe boli și alți factori de stres care atacă sănătatea culturii lor. Peștii și alte culturi de acvacultură sunt susceptibile la stres din cauza suprapopulării, a alimentației proaste și a altor probleme. Calitatea proastă a apei, cum ar fi oxigenul scăzut și amoniacul sau nitriții mari, pot afecta sănătatea culturii. Producătorii formulează unele furaje medicamentoase pentru acvacultură pentru a contracara aceste probleme. Ei proiectează furaje medicamentoase special pentru fiecare specie, iar fermierii acvatici trebuie să aibă în vedere acest lucru atunci când cumpără acest tip de furaj.