Medicii de medicină internă pediatrică pot alege să-și continue studiile alegând una sau mai multe subspecialități. La fel ca medicii care se concentrează pe bolile adulților, pediatrii pot alege o specialitate medicală dintr-un număr de domenii. Endocrinologia, gastroenterologia, bolile infectioase, hematologia, oncologia si reumatologia sunt printre cele mai populare subspecialitati alese de medicii care practica medicina interna pediatrica.
Endocrinologii sunt specializați în bolile care afectează glandele și producția de hormoni a organismului. Diabetul juvenil este un exemplu de boală glandulare; este cauzată de incapacitatea pancreasului de a produce o cantitate adecvată de insulină, de care organismul are nevoie pentru a utiliza zahărul din sânge. Alte afecțiuni pe care le poate trata un endocrinolog pediatru includ tulburări ale glandelor tiroide, pituitare sau suprarenale. Un endocrinolog poate trata, de asemenea, pacienții cu tulburări care implică testiculele sau ovarele, în special problemele care apar în perioada pubertății. Medicii endocrinologi pediatri tratează și copiii care nu cresc corespunzător sau care au probleme cu greutatea lor.
Gastroenterologii tratează problemele care implică sistemul digestiv, concentrându-se în primul rând pe tulburările care afectează intestinele, stomacul și intestinele. Practica gastroenterologiei include și tulburări care afectează vezica biliară, ficatul și pancreasul. Icterul, hepatita și colita se numără printre bolile care pot fi tratate de un gastroenterolog pediatru.
Medicii specializați în boli infecțioase se concentrează asupra bolilor care suprimă sistemul imunitar. Bolile pot fi cauzate de un virus, paraziți, bacterii sau ciuperci. Specialiștii în boli infecțioase sunt experți în modul în care se răspândesc infecțiile, modul în care sistemul imunitar al organismului luptă împotriva infecțiilor și medicamentele folosite pentru a trata infecțiile. Unii medici în boli infecțioase pediatrice aleg să se specializeze pe pacienții născuți cu virusul imunodeficienței umane (HIV). Alții se concentrează asupra bolilor care sunt cele mai răspândite în rândul copiilor, cum ar fi difteria și rujeola.
Hematologii tratează bolile care afectează sângele, cum ar fi boala secerică și anemia. Oncologii sunt specialiști în tratamentul cancerului. Unii medici de medicină internă pediatrică aleg să combine cele două și aleg hematologia/oncologia pediatrică ca subspecialitate. Acești medici tratează copiii cu leucemie, tumori și cancere.
Deși reumatologia este în primul rând studiul mușchilor, oaselor și articulațiilor, unii medici reumatologi pediatri încorporează subspecialitatea cu medicina internă pediatrică. Boli precum artrita reumatoidă juvenilă sunt cauzate de un defect al sistemului imunitar al organismului, chiar dacă efectele sunt cel mai vizibile la nivelul articulațiilor pacientului; aproape 300,000 de copii din SUA suferă de artrită juvenilă. Medicii pediatri reumatologi tratează și pacienții cu febră reumatică, boala Kawasaki, lupus și boala Raynaud.