Software-ul de tranzacționare automată poate fi clasificat în funcție de piața pe care o tranzacționează sau în funcție de tipul de utilizator. Tipurile generale de piață sunt acțiunile, mărfurile și moneda. Utilizatorii sunt fie comercianți individuali, fie fonduri mari de tranzacționare. Comercianții individuali folosesc adesea software de vânzare cu amănuntul, iar fondurile își dezvoltă propriul.
Fondurile tranzacționează acțiuni, valută și futures pe mărfuri folosind algoritmi pe care i-au dezvoltat și încorporați în software-ul lor de tranzacționare automată. Mecanica exactă a acestor algoritmi este păzită cu grijă. Fondurile de tranzacționare cu acțiuni folosesc frecvent așa-numiții algoritmi de impuls, adesea combinați cu tranzacționarea în perechi. Algoritmii Momentum valorifică modificările de prețuri de volum mare pe termen scurt. Tranzacționarea în perechi înseamnă selectarea a două acțiuni din același sector, apoi cumpărarea celor mai puternice și scurtarea celor mai slabe.
Fondurile de tranzacționare valutară sunt susceptibile să utilizeze algoritmi bazați pe detectarea expansiunii prețului și a volatilității într-o direcție. Caracteristicile de distribuție a prețurilor pe piața valutară permit acestei abordări să aibă succes, în timp ce este marginală în tranzacționarea cu acțiuni. Tranzacționarea Momentum este utilizată în unele software de tranzacționare automatizate pe care fondurile le folosesc pentru a tranzacționa contracte futures de cereale. Cel puțin un fond utilizează fizica dinamicii fluidelor pentru a tranzacționa contracte futures pe bursă.
Software-ul de vânzare cu amănuntul, în schimb, tinde să ofere un aspect frumos pe ecranul computerului, combinat cu capacitatea de a plasa mai multe comenzi simultan cu apăsarea unui buton de pe ecran și susțin că acesta este un software de tranzacționare „automatizat”. Comerciantul trebuie să monitorizeze piața, să decidă ce acțiuni, futures sau valute aparțin coșului său de tranzacționare cu butoane și apoi să decidă când să intre în tranzacție. Unele software de vânzare cu amănuntul oferă o interfață de codare pe care comerciantul o poate folosi pentru a scrie și a testa propriii algoritmi.
O altă varietate de software de tranzacționare automată cu amănuntul este denumită tranzacționare cu cutie neagră. Algoritmii utilizați de software nu sunt dezvăluiți cumpărătorului și, adesea, nu i se oferă o oportunitate adecvată de a testa dacă software-ul este efectiv profitabil. Cumpărătorilor li se cere să accepte cu încredere că software-ul a fost profitabil în trecut și va fi în viitor. Sistemele de tranzacționare cu cutie neagră sunt oferite pentru tranzacționarea acțiunilor, futures pe mărfuri și valută.
Fondurile care utilizează software de tranzacționare automată îl testează pe larg. Ei folosesc atât testarea bootstrap, cât și testarea Monte Carlo pentru a vedea dacă sistemul este profitabil în laborator. Când găsesc algoritmi care reușesc în regimul lor de testare, îl testează în timp real. Software-ul generat de fonduri controlează toate aspectele tranzacționării: determină cât de mult să tranzacționeze, ce să tranzacționeze și când să tranzacționeze și plasează comenzile direct pe bursă. Un comerciant individual trebuie să imite strategia de testare a fondurilor dacă dorește să aibă perspective rezonabile de a tranzacționa profitabil.