Există foarte puține pericole de a păstra șobolani de companie, dar numai dacă acești șobolani sunt domesticiți și ținuți în cuști. Șobolanii care au fost vreodată sălbatici pot purta o serie de boli care pot fi transmise la oameni. Când animalele nu au trăit niciodată în sălbăticie, pericolele de a obține o boală de la ele sunt aproape eradicate. Chiar și așa, oamenii nu ar trebui să se ocupe de rozătoarele care pot avea o boală dacă există vreun risc de transmitere.
În timp ce șobolanii pot purta multe boli diferite, cei ținuți ca animale de companie foarte rar au vreo modalitate de a le prinde. Bolile se pot răspândi prin mușcături și zgârieturi și ocazional prin contactul cu pielea. Este posibil ca un șobolan să poarte o boală periculoasă pentru oameni fără a prezenta niciun simptom, ceea ce face dificilă aprecierea dacă animalul este sigur de manipulat. Cel mai bun mod pentru un proprietar de animale de companie de a evita să se îmbolnăvească este să-și păstreze șobolanii sănătoși și curați.
Șobolanii care aleargă liber într-o casă sunt mult mai periculoși decât cei ținuți în cuști. Bolile pot fi transportate de urina și fecalele de șobolan, pe care șobolanii le aruncă adesea oriunde merg. De asemenea, deoarece șobolanii pot primi urină și fecale pe picioare, este posibil ca o persoană să se îmbolnăvească din cauza manipulării unuia și a atingerii faței sau a alimentelor fără să se spele pe mâini.
În afară de boli, pericolele ținerii șobolanilor de companie sunt similare cu cele ale ținerii altor animale de companie. Șobolanii pot mușca sau zgâria și pot fi agresivi dacă sunt manipulați sau crescuți necorespunzător. Majoritatea sunt relativ mici, ceea ce înseamnă că capacitatea unui șobolan de a răni un om este probabil mai mică decât cea a unui câine. Chiar și așa, mușcăturile pot fi dureroase și se pot infecta grav, așa că nu este o idee bună să atingeți sau să manipulați un șobolan decât dacă acesta este familiar.
Cele mai multe preocupări cu privire la pericolele ținerii șobolanilor ca animale de companie sunt legate de istoria șobolanilor sălbatici care răspândesc boli, nu de șobolanii domestici. Nu numai că este puțin probabil ca cei domestici să răspândească boli, dar dieta și comportamentele lor naturale le pot face chiar mai sigure decât animalele precum pisicile și câinii. Chiar și așa, un șobolan care pare bolnav sau care a fost în sălbăticie pentru orice perioadă de timp ar trebui să fie inspectat de un medic veterinar. Când răspândesc boli, acele boli au tendința de a fi grave și nu sunt întotdeauna ușor de diagnosticat, deoarece sunt adesea rare.