Companiile care desfășoară afaceri la nivel internațional trebuie să se ocupe de chestiuni referitoare la sistemele juridice străine, obiceiuri diferite și, eventual, limbi diferite. Acest lucru poate cauza probleme în comerțul internațional, în special companiilor mici și mijlocii care nu au resursele necesare pentru a obține sfatul profesional necesar. Alte probleme includ tranzacționarea într-o monedă diferită și confruntarea cu riscuri de la fluctuațiile ratelor de schimb. Neînțelegerile pot apărea în cazul contractelor de tranzacționare și poate fi dificil să întreprindeți proceduri de soluționare a litigiilor sau să obțineți despăgubiri. Finanțarea și decontarea plății pentru contractele internaționale este mai complexă și mai riscantă decât pentru contractele interne.
Companiile care desfășoară activități de comerț internațional se confruntă cu diverse riscuri de afaceri în plus față de cele prezente pe piața internă. Este mai dificil să știi despre clientul dintr-o altă țară și acest lucru poate crea un risc crescut de neplată din cauza insolvenței clientului sau a nemulțumirii cu bunurile sau serviciile furnizate. Problemele cu comerțul internațional pot apărea din reglementările guvernamentale în domenii precum standardele produselor sau sănătatea și siguranța și posibilitatea intervenției politice sub formă de înghețare a fondurilor sau confiscarea proprietăților. De asemenea, poate exista un risc crescut de evenimente neprevăzute, cum ar fi războiul sau dezastrul natural.
Alte probleme cu comerțul internațional sunt cauzate de impunerea de taxe sau cote la import. Acest lucru poate face ca bunurile exportate în străinătate să fie mai puțin competitive pe piața de peste mări, unde guvernul țării străine ar putea dori să-și protejeze industriile interne. Deși s-au făcut multe pentru a elimina astfel de obstacole în calea comerțului internațional, barierele tarifare sunt impuse de multe țări pentru a proteja unele industrii interne. Unele țări industrializate și blocuri comerciale își protejează, de asemenea, sectoarele agricole cu tarife și subvenții.
Pot apărea probleme cu comerțul internațional sub formă de dispute comerciale, cu măsuri de răzbunare, cum ar fi taxele compensatorii impuse unor bunuri. Multe țări păstrează liste cu industrii în care investitorilor străini nu li se permite să investească. Acestea includ în mod normal industriile de apărare și strategice, dar se pot extinde și la sectoarele de retail, financiar și chimic. Reglementările privind licențele pot îngreuna pentru o companie să își extindă comerțul într-o țară străină.
Unele țări exportă mai mult în valoare decât importă, generând un excedent comercial ridicat, în timp ce alte țări vor avea un deficit comercial. Măsura în care aceasta poate deveni o problemă este contestată de economiști. Amploarea unui excedent sau deficit comercial va tinde să fie redusă de mișcările valutare în care monedele plutesc liber. În timp, totuși, o țară poate acumula o datorie națională mare, care poate deveni în sine o problemă. Astfel de dezechilibre în comerțul global pot duce la dispute internaționale și alte probleme cu comerțul internațional.