În cărțile Harry Potter, Departamentul Misterelor este un departament din cadrul Ministerului Magiei care se concentrează pe cercetarea sub acoperire și, eventual, pe dezvoltare. Se cunosc puține lucruri despre funcționarea Departamentului de mistere din comunitatea generală a vrăjitorilor, ceea ce face ca acest departament să fie analog cu alte departamente guvernamentale secrete din întreaga lume. Cititorii sunt introduși în Departamentul de Mistere din Harry Potter și Ordinul Phoenix.
Angajații Departamentului de Mistere sunt numiți „Nedescris”. La fel ca alți angajați ai organizațiilor clandestine, ei par să ducă o viață în mare parte închisă și privată și nu sunt prietenoși sau extroverti cu alți angajați ai Ministerului. Calificările pentru a fi un Unspeakable sunt necunoscute, dar se presupune că Unspeakables sunt cercetători și vrăjitori foarte talentați.
Pentru a accesa Departamentul de Mistere, vrăjitorii iau un lift al Ministerului până la al nouălea nivel al masivului complex subteran. O singură ușă se deschide către o cameră circulară mare, căptușită cu mai multe uși. Când o ușă este închisă, camera circulară se rotește, făcând imposibil să știi de unde a venit una. În Harry Potter și Ordinul Phoenix, Hermione Granger folosește foarte inteligent o vrajă pentru a face „X” mari în flăcări pe uși, permițând grupului de tineri vrăjitori să urmărească ușile pe care le-au încercat deja.
Numeroase camere diferite pot fi găsite în cadrul Departamentului de Mistere. Ele par a fi puse deoparte pentru cercetarea proiectelor complexe și a magiei foarte avansate. De asemenea, este posibil ca Departamentul de Mistere să ascundă obiecte potențial periculoase. Într-una dintre camere se află o putere „mai minunată și mai îngrozitoare decât moartea”, potrivit lui Albus Dumbledore, iar această cameră este întotdeauna ținută încuiată. Unele dintre camere sunt explorate în Harry Potter și Ordinul Phoenix, a cincea carte din serie.
Una dintre încăperile esențiale din cadrul Departamentului de Mistere este Sala Profeției, care conține profeții arhivate despre lumea vrăjitorilor, ținute în mici bile de sticlă. Profețiile pot fi revendicate doar de vrăjitorii implicați în ele. O altă cameră deține un rezervor mare de creiere cu gânduri legate, în timp ce una conține un sortiment de planete care plutesc în spațiu. Întoarcerile de timp și alte dispozitive legate de timp sunt păstrate în încăperi mari și sunt în mare parte distruse în timpul bătăliei din Minister. Personajele vizitează, de asemenea, o cameră care pare să se concentreze asupra morții în cartea a cincea, cu un văl misterios atârnând de o arcada mare.