Mucoasa duodenală este căptușeala secțiunii intestinului subțire care duce din stomac. Această parte a intestinului este cunoscută sub numele de duoden, iar mucoasa care o căptușește este alcătuită din epiteliu columnar simplu. Epiteliul columnar simplu este format dintr-un strat de celule înalte, aproximativ dreptunghiulare. În mucoasa duodenală, unele dintre aceste celule sunt preocupate de absorbția alimentelor din intestin, în timp ce altele produc mucus alcalin sau hormoni care afectează digestia. Mucoasa duodenală poate fi afectată de boala ulcerului peptic, unde apare un plasture crud în mucoasă, provocând uneori dureri abdominale care roade.
La om, duodenul trece de la stomac la jejun, ileonul formând ultima secțiune a intestinului subțire. Mucoasa mucoasei din intestinul subțire are anumite asemănări. Este aranjat în pliuri, sau pliuri, cunoscute sub numele de plicae, care ajută la creșterea suprafeței totale.
Ca și restul intestinului subțire, suprafața mucoasei duodenale este mărită și de prezența a numeroase proeminențe mici, în formă de degete minuscule și cunoscute sub numele de vilozități. Acestea, la rândul lor, sunt acoperite de proeminențe și mai mici în formă de deget numite microvilozități. Este important ca suprafața intestinului subțire să fie cât mai mare posibil pentru a maximiza cantitatea posibilă de absorbție. Imediat sub celulele mucoasei, un strat numit lamina propria conține o rețea de vase de sânge care preiau nutrienții absorbiți în circulație. Cea mai mare parte a absorbției de fier din organism are loc prin mucoasa duodenală.
Mici gropi tubulare cunoscute sub numele de cripte se află între vilozități, iar acestea sunt uneori denumite criptele lui Lieberkühn. În partea de jos a criptelor se află celule specializate, dintre care unele secretă enzime. Alte celule secretă hormoni precum serotonina, care afectează mișcarea intestinului. Celulele stem se găsesc și în interiorul criptelor și se împart și se maturizează continuu în diferite tipuri de celule de căptușeală intestinală pentru a le înlocui pe măsură ce sunt îndepărtate. Celulele sistemului imunitar cunoscute sub numele de limfocite pot fi prezente și în cripte.
Mucoasa duodenală diferă de mucoasa jejunului și ileonului prin faptul că conține relativ mai puține plicae și vilozitățile au aspect mai plat. În comun cu mucoasa restului intestinului subțire, mucoasa duodenală conține celule cunoscute sub numele de celule caliciforme. Acestea sunt punctate printre celulele absorbante și secretă mucus. Acest lucru ajută la protejarea mucoasei intestinale și lubrifiază intestinul, astfel încât alimentele să treacă mai ușor.