Sistemul cu trei domenii este o metodă de clasificare a vieții celulare care a fost propusă inițial de Carl Woese în 1990. În timp ce sistemul cu trei domenii a întâmpinat o oarecare opoziție inițială, de atunci a devenit larg acceptată, datorită descoperirilor științifice care au susținut propunerea lui Woese. . În cadrul sistemului cu trei domenii, toată viața celulară poate fi împărțită în trei domenii: Archaea, Bacteria și Eukaryota, iar fiecare domeniu poate fi împărțit în regate, phyla, clase și așa mai departe.
Acest sistem de clasificare face distincție între organisme eucariote, organisme care au celule care includ un nucleu și două tipuri de organisme procariote, organisme cu celule care nu au nucleu. Inițial, Archaea și Bacteria au fost adunate împreună ca procariote, deși fiecare grup avea propriul său regat. Woese a susținut că Archaea și Bacteria erau atât de distincte încât aparțineau de fapt unor domenii separate, nu doar unor regate separate.
Diferențele dintre Archaea și Bacterie au de-a face în primul rând cu genetica complexă. Când Woese și-a publicat pentru prima dată propunerea, cercetările genetice au părut să sugereze că cele două regate descindeau dintr-un strămoș comun și că erau suficient de asemănătoare încât să nu necesite domenii separate. Drept urmare, sistemul cu trei domenii a fost privit inițial cu scepticism.
Cu toate acestea, cercetările ulterioare au indicat că Woese avea de fapt dreptate și că aceste organisme erau atât de distincte genetic încât aveau nevoie de propriile lor domenii. Archaea și bacteriile sunt ambele procariote, dar structurile lor celulare sunt semnificativ diferite și au ARN ribozomal foarte distinct, ceea ce indică faptul că aceste domenii au diverjat cu foarte mult timp în urmă și nu sunt în mare măsură legate. Sistemul cu trei domenii pentru clasificarea organismelor pare a fi mai precis decât sistemele anterioare, acum că au fost descoperite dovezi care îl susțin.
În cadrul Archaea, există un singur regat, numit și Archaea. Domeniul Bacteria găzduiește, de asemenea, un singur regat, cunoscut sub numele de Bacteria. Eucariota poate fi împărțită în patru regate: animale, plante, ciuperci și protisti. În fiecare domeniu, există o mare diversitate de viață, de la arhee extremofile care prosperă în medii care ar ucide majoritatea vieții de pe Pământ până la orhidee tropicale fragile din regnul Plantelor.
Acest sistem este deosebit de important pentru oamenii care studiază organisme procariote, deoarece sistemul cu trei domenii subliniază diferența dintre bacterii și arhea. Cercetătorii se specializează de obicei într-unul sau altul, folosind cercetarea genetică pentru a afla mai multe despre organismele pe care le studiază. Unii oameni încă mai folosesc sistemul celor două imperii, care împarte viața celulară în Prokaryota și Eukaryota și apoi în regnurile respective, dar acest lucru devine din ce în ce mai rar.